Con lentitud y grandes dificultades pudo Manzanillo consolidarse a partir de la segunda mitad del siglo XIX. A partir de 1854, empezaron a arribar los vapores de las l�neas Nicaragua e Independiente, haciendo escala tanto de ida como de regreso entre San Francisco y San Juan del Sur y Panam�, cuando logr� el permiso del gobierno Guillermo Foster, estadunidense casado con una mexicana y residente en Manzanillo. Tambi�n fue factor de su desarrollo el establecimiento de las firmas prusianas de Bernhard Oetling y Teodoro Kunhardt, en un principio, a las que siguieron m�s tarde otras, las cuales, en paralelo a actividades comerciales plenamente legales, supieron beneficiarse del contrabando, sobre todo cuando la guerra se generaliz� en el pa�s.
En efecto m�s de un a�o despu�s de que se proclamara el Plan de Ayutla llegaron a Colima las fuerzas liberales con Ignacio Comonfort a la cabeza el 29 de julio de 1855; la plaza se rindi� de inmediato. Comonfort dirigi� una proclama al pueblo de Colima expresando su deseo de que los ciudadanos se acercaran a �l "como un padre diligente que anhela vuestro bienestar".
Despu�s de reunirse con algunos vecinos, mediante decreto, Comonfort nombr� por jefe pol�tico a Manuel �lvarez y erigi� una Junta Constituyente, integrada por Ram�n R. de la Vega —que resucitaba a la vida pol�tica—, Liberato Maldonado, Carlos Mar�a Saavedra, Francisco Vaca y Anselmo Cano —estos tres �ltimos ostentaban el t�tulo de licenciados—. Aquella junta se dedic� a elaborar el Estatuto Org�nico del Territorio, con la asesor�a de Santos Degollado, quien acompa�aba a Comonfort. A este decreto siguieron otros actos de gobierno: el 3 de agosto, el general Comonfort dio cumplimiento al despacho que, con fecha de 15 de julio pasado, hab�a girado Juan �lvarez desde su cuartel de Texca, confiriendo el grado de general de brigada del Ej�rcito Nacional al ciudadano Manuel �lvarez; el 9 de agosto se dio a conocer el anunciado Estatuto "para que os gobern�is por vosotros mismos", como dir�a el propio Comonfort en un mensaje de despedida a los habitantes de Colima antes de partir con el grueso de su tropa hacia Guadalajara. Tambi�n dispuso "un plan de hacienda equitativo" con "los decretos y disposiciones bastantes a libertaros de las alcabalas y otros impuestos odiosos", public� "la alza de prohibiciones y baja de derechos conforme al arancel Ceballos" y facilit� el comercio regional con "la clausura de la aduana terrestre y derogaci�n de peages", adem�s de dejar "en posesi�n y en ejercicio pleno de sus funciones [a] todas las autoridades".
Aquellas semanas de convivencia entre las fuerzas liberales y el vecindario de Colima, sin duda tuvieron efectos saludables en forma inmediata. En sus palabras de despedida, Comonfort hab�a insistido en que "si antes de ahora hubo divisiones y bander�as que mantuviesen el monstruo de la discordia entre vosotros, de hoy en m�s, deben desaparecer". No desaparecieron por completo las diferencias, pero s� amainaron al ser incorporados a la vida pol�tica local hombres como Ram�n R. de la Vega. Por otra parte, a�n no se exacerbaba el conflicto de conciencia que a�os despu�s provocar�a hondas divisiones. Es m�s, en el territorio de Colima el radicalismo no era precisamente una t�nica. Lo mismo que sucedi� d�cadas atr�s cuando la lucha insurgente, en Colima se apostaba siempre al ganador de turno. Ahora era la revoluci�n, y con ella se fueron autoridades y ciudadanos. Como se festejaron en su d�a el triunfo de Iturbide, su proclamaci�n imperial y su derrumbe, tambi�n ahora se hicieron grandes celebraciones al conocerse en Colima la noticia de la partida al exilio de Santa Anna y el pronunciamiento de la guarnici�n militar de M�xico en favor del ej�rcito restaurador de la libertad.
Adem�s, el general Manuel �lvarez, al frente de la jefatura pol�tica, tuvo suficiente tacto y olfato pol�ticos, a la vez que supo granjearse el afecto del pueblo con su generosidad para con los desvalidos y su desprendimiento para cubrir con su sueldo de jefe pol�tico e incluso con sus propios caudales obras de inter�s p�blico.
A fines de octubre o principios de noviembre de aquel mismo a�o de 1855 se recibi� la convocatoria expedida el 17 de octubre para integrar el Congreso Constituyente. El territorio de Colima ten�a el derecho de elegir un diputado propietario y su suplente. El 22 de diciembre se instal� el colegio electoral con su presidente —Antonio Brizuela— y tres escrutadores —Joaqu�n Campos, Sixto de la Vega y Miguel de la Madrid—, adem�s de 18 electores. Sin embargo el 5 de enero de 1856, v�spera de la elecci�n, hubo cambios en la mesa directiva, lo que caus� algunos sinsabores. Sal�a de ella Brizuela y entraba a formar parte de la misma Ram�n R. de la Vega. Tambi�n hubo algunos desacuerdos en el curso de la elecci�n celebrada en el Ayuntamiento de Colima el 6 de enero. Sea lo que fuere, los electos resultaron, como propietario, Juan Bautista Ceballos, y suplente, Antonio Brizuela.
En efecto, Colima pretend�a ser reconocido como estado libre y soberano, y necesitaba alguien diestro en la lid. Juan Bautista Ceballos hab�a nacido en Durango en 1811, titul�ndose de abogado en M�xico. Con una r�pida carrera hab�a llegado a ser ministro del Supremo Tribunal de Justicia de Michoac�n, gobernador de su estado natal, diputado y senador por el mismo, magistrado y presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Naci�n y por �ltimo, presidente de la Rep�blica (del 6 de enero al 8 de febrero de 1853). Entre sus actos de gobierno m�s notorios est� el famoso arancel que llev� su apellido. Adem�s, en 1845 hab�a venido a esta ciudad con motivo de un asunto judicial.
Por fin, en 1857, la nueva Constituci�n proclamada en Quer�taro otorgaba a Colima su ansiado sue�o: ser estado libre y soberano de la federaci�n. Para entonces, tras una secular lucha con los intereses de Michoac�n y Jalisco, se hab�a visto, poco a poco, reducido a estrechos l�mites territoriales. La marginalidad segu�a viva y operante, y los recursos para su desarrollo eran escasos, sobre todo porque estaba estrangulado por una end�mica debilidad: la falta de v�as de comunicaci�n que facilitaran el tr�fico de las mercanc�as que pudieran entrar o salir del puerto de Manzanillo, as� como sus productos agr�colas.
Tarea de Manuel �lvarez fue crear las estructuras de la nueva entidad federativa junto con la clase pol�tica local: Higinio �lvarez, Anselmo Cano, Jos� Mar�a C�rdenas, Miguel Escoto, Sebasti�n Fajardo, Miguel de la Madrid, Liberato Maldonado, Ricardo Palacio, Francisco G. Palencia, Gaspar Antonio Rocha, Antonio Rodr�guez, Carlos Mar�a Saavedra, Juan Manuel Salazar, Antonio M. Sol�rzano, Francisco Vaca, Ram�n R. de la Vega y Sixto de la Vega, entre otros, ocuparon los puestos p�blicos una vez que se celebraron las elecciones para gobernador y diputados constituyentes el 21 de junio.
