AL PLANTEARSE EN NIVEL NACIONAL la necesidad de aplicar una reforma de las estructuras y, por ende, de una nueva constituci�n, la diputaci�n del territorio de Colima se pronunci� el 20 de enero de 1847 en favor de que se consignase la existencia de los territorios, entre ellos Colima, ya que estaba geogr�ficamente aislado de los estados vecinos, con clima y costumbres distintas de �stos, con riqueza propia y eficientemente poblado como para formar por s� mismo un estado. En el caso hipot�tico de que fuera anexado a Michoac�n o a Jalisco, el estado beneficiado adquirir�a mucho m�s poder y riqueza, rompiendo el equilibrio de fuerzas en el interior de la federaci�n. El �xito de aquellas gestiones result�. Restablecida la Rep�blica Federal y puesta en vigor de nuevo la Constituci�n de 1824, Colima recuper� su situaci�n de territorio, fue segregada de Michoac�n, expidi� su nuevo Estatuto Org�nico y se restableci� el servicio de cabotaje en Manzanillo de inmediato. Dos a�os despu�s, este puerto fue considerado apto para el comercio nacional y extranjero.
Pero debido a informes recibidos en M�xico, el secretario de Hacienda Manuel Payno present� en julio de 1850 una propuesta al Congreso General para clausurar el puerto de Manzanillo debido, entre otros motivos, a la inseguridad de los caminos, su adverso clima y los altos �ndices de contrabando, favorecido �ste ciertamente por el hecho de que la Aduana estaba en Colima. Para oponerse a tal dictamen, los colimenses solicitaron apoyo de Manuel Aliphat, extranjero que conoc�a perfectamente las condiciones reales del puerto y que supo destacar la prosperidad de aquellas tierras, pocos a�os antes des�rticas, al mismo tiempo que subrayaba la fidelidad de los habitantes del territorio al gobierno, que jam�s hab�an levantado la voz faltando a las leyes, mientras que otro cantar era lo que acontec�a en Mazatl�n y otros puertos, donde se alteraba con frecuencia el orden p�blico.
La situaci�n general, no obstante que se logr� detener la moci�n del ministro Payno, segu�a siendo adversa, porque el puerto de Mazatl�n, donde se hab�an establecido diversas casas comerciales alemanas y francesas, desde los cuarenta hab�a tenido gran auge opacando a San Blas, Guaymas y Manzanillo. En realidad tambi�n Mazatl�n era campo propicio del contrabando y de la corrupci�n aduanal en la costa del Pac�fico, al mismo tiempo que ten�a bajo su campo de influencia regiones muy extensas.
Apenas se sali� de aquella dif�cil coyuntura, estall� una airada lucha por el control pol�tico interno contra don Ram�n R. de la Vega, el gran promotor del desarrollo colimense. Los sucesos tomaron forma cuando �ste decidi� viajar a los Estados Unidos para traer la maquinaria de la f�brica textil de San Cayetano, en donde fung�a como director. En su lugar qued� al frente en la jefatura pol�tica el zamorano Jos� Mar�a Guti�rrez. Tan pronto como De la Vega se ausent�, se procedi� a cubrir varias vacantes en la diputaci�n con personas contrarias a don Ram�n que, a su vez, ten�an tambi�n su propio proyecto para Colima. Ellos eran Manuel �lvarez, Jacinto Grageda, Ignacio Bravo, Antonio Ferrer y Francisco Brizuela. Detr�s de las bambalinas se mov�an dos jueces: Ignacio de la Madrid y Gaspar Antonio Rocha. De inmediato procedieron a suspender al ayuntamiento de Colima sin permitir por el momento nuevas elecciones. Quienes protestaron fueron conducidos a la c�rcel, por instrucciones de Jos� Mar�a Guti�rrez, mientras que otros se ocultaron o prefirieron huir de la capital temiendo alg�n atentado.
En mayo de 1851 echaba anclas en Manzanillo el buque americano Sylvina, en el que regresaba Ram�n R. de la Vega, quien reasumi� la jefatura pol�tica y procur� apaciguar los �nimos, intentando paliar los inevitables efectos que el caso producir�a sobre la clase pol�tica y los habitantes del territorio. Al no lograr su objetivo, solicit� licencia para retirarse del cargo, permiso que se le neg�. Tiempo despu�s y de improviso, el presidente de la Rep�blica Mariano Arista lo destituy� con el pesar del grueso de la poblaci�n y de los vecinos m�s caracterizados, quienes abrieron campa�as para rehabilitar al ilustre ca�do.
Pero todo fue in�til. Desprestigiado, enfermo y empobrecido, Ram�n de la Vega qued� marginado de la pol�tica local durante a�os. Las dos figuras emergentes eran, a la saz�n, Jos� Mar�a Guti�rrez y Manuel �lvarez.