Entretanto, en Colima, el gobernador Palacio reprim�a la conspiraci�n del coronel Ignacio Mart�nez, jefe de las fuerzas republicanas en Colima, quien el 11 de julio fue pasado por las armas frente al convento de la Merced. Poco dur� en el cargo Ricardo Palacio. Como suced�a en otros estados, los gobiernos en manos de civiles fueron cediendo su lugar a gobernadores militares: el 7 de agosto Palacio renunci� para ser reemplazado por el tapat�o general Miguel Contreras Medell�n. �ste, a quien el Congreso le confiri� ampl�simas facultades, de inmediato suprimi� alcabalas, estableci� contribuciones, reorganiz� los diversos ramos de la administraci�n, mantuvo la tranquilidad p�blica, impuso un pr�stamo forzoso de 50 000 pesos, que tuvieron que pagar por partes iguales clero, comerciantes, industriales y propietarios, y exigi� en forma anticipada el pago de un a�o de r�ditos sobre capitales impuestos en favor de bienes eclesi�sticos y cofrad�as.
En diciembre, tronaron los ca�ones de nuevo en las barrancas. Miram�n se desplaz� desde Guadalajara, a la que hab�a ocupado, tras los rastros de Degollado. Pudo romper las defensas de Atentique y, por el paso de Novillos, cay� sobre la plaza de Colima el d�a de Navidad. El general Contreras Medell�n, gobernador del estado, hab�a evacuado la ciudad previamente junto con su guarnici�n. Al ser informado Santos Degollado que Miram�n estaba en Colima decidi� acudir en defensa de la ciudad, pero Miram�n le sali� al encuentro, desbaratando al ej�rcito federal en tierras de la hacienda de San Joaqu�n, el 26 de diciembre. Entre los hombres que cayeron prisioneros, estaban Daniel Larios, diputados por Colima al Congreso de la Uni�n y secretario general de gobierno, y Encarnaci�n Reyes, alcalde de la ciudad, que fueron fusilados. Tras tomar algunas medidas urgentes —como recuperar parque y armamento de las fuerzas liberales en las posiciones de la barranca de Beltr�n— el general Miguel Miram�n y sus tropas volvieron a Guadalajara donde fueron jubilosamente recibidos el 30 de diciembre. En Colima qued� como jefe pol�tico el coronel Jos� Mar�a Mendoza.
Hasta el 26 de marzo de 1859 estuvo Colima bajo r�gimen conservador. Ese d�a, sin disparar un solo tiro, Ogaz�n recuper� la plaza mientras que Calatayud hu�a con 1 300 hombres hacia Tepic por la costa. Urbano G�mez fue designado gobernador y convoc� a elecciones para la integraci�n de la II Legislatura local. Tambi�n impuso un pr�stamo forzoso por 6 000 pesos y confisc� algunos bienes eclesi�sticos. El 15 de septiembre expidi� un decreto declarando que San Francisco de Almoloyan se llamar�a en adelante Villa de �lvarez, en recuerdo del primer gobernador.
Urbano G�mez, con el objeto de afianzar el control liberal sobre la poblaci�n y el territorio del estado de Colima, coloc� en los puestos claves de la administraci�n a algunos amigos suyos jaliscienses con quienes constituy� un grupo pr�cticamente cerrado al que no ten�an acceso los pol�ticos locales. Esto provoc� descontentos que se hicieron m�s agudos cuando se opuso a convocar elecciones y reformar el art�culo 65 de la Constituci�n del Estado en donde se se�alaban las condiciones para ser gobernador, pretendiendo a su vez que el Congreso le prorrogara su periodo por seis meses m�s con el pretexto de la guerra civil que asolaba al pa�s. Los diputados Francisco Javier Cuevas, Sebasti�n Fajardo, Ignacio Alcal�, Sixto de la Vega y Jos� Mar�a Urz�a hicieron p�blico el 3 de noviembre un manifiesto acusando al gobernador G�mez de represivo, de hacer mal uso de los fondos p�blicos y de promover la anexi�n de Colima a Jalisco. Perseguidos como "personas turbulentas" por G�mez, suspendieron las sesiones del Congreso el 16 de noviembre y huyeron a Tonila.
El ayuntamiento de Colima apoy�, sin embargo, la actitud del gobernador. El 17 de noviembre, el cabildo donde figuraban Francisco Campos, Agust�n Alvarelli, Santiago C�rdenas, Francisco G�mez Palencia y Jos� Grijalva, declar� que los legisladores disidentes luchaban exclusivamente por sus propios intereses. Tambi�n los dem�s ayuntamientos de una u otra forma se adhirieron a G�mez. Para facilitar la salida pol�tica al conflicto, le ped�an convocar a elecciones para gobernador y para cubrir las vacantes del Congreso por el abandono de los diputados ausentes. Realizadas �stas, fueron electas personas afectas a Urbano G�mez. La Legislatura qued� formalmente integrada el 1º de diciembre. El propio G�mez result� elegido gobernador; rindiendo su protesta el 12 del mismo mes.
Los diputados rebeldes desconocieron la elecci�n de gobernador y nombraron como gobernador sustituto a Ricardo Palacio. La divisi�n se acentu� y cada bando se arm� para dirimir el conflicto por medio de las armas. Se logr� que ambos gobernadores se entrevistasen en la hacienda de San Joaqu�n, decidiendo que el gobierno central tomara el asunto en sus manos. Los Poderes de la Uni�n, entonces, desconocieron a las autoridades de Colima y nombraron a Ogaz�n gobernador de la entidad, quien al no poder atender el cargo, lo entreg� al coronel Salvador Brihuega el 16 de febrero de 1862. Al mes, Ogaz�n volvi� a intervenir nombrando en sustituci�n de Brihuega a Manuel F. Toro. Dos meses despu�s, Florencio Villarreal fue enviado desde M�xico para asumir el gobierno. Manuel F. Toro, sin embargo, al mando de un grupo que fue llamado los Rifleros, tom� la plaza y depuso a Villarreal, embarc�ndolo en Manzanillo.
Toro, en el poder y al frente de lo que �l llamaba "movimiento popular", utiliz� al Congreso para ser electo gobernador y repiti� la misma pol�tica que hab�a hecho fracasar a Urbano G�mez, a saber, gobernar con un cerrado grupo de advenedizos. Villarreal, mientras tanto, al llegar a M�xico inform� con todo detalle de los sucesos en Colima. Entonces, el gobierno federal envi� al coronel Julio Garc�a para tomar preso a Toro y restablecer el orden constitucional. Al negarse Toro a hacer entrega del cargo se produjeron incidentes entre las fuerzas locales y las de Garc�a, triunfando �stas. Detenido Toro y algunos de sus colaboradores, fueron remitidos a Guadalajara para ser sometidos a juicio militar. Mes y medio estuvo Julio Garc�a de gobernador; tiempo suficiente para decretar el servicio militar obligatorio para los hombres comprendidos entre los 18 y 50 a�os, derogar disposiciones de Toro y exigir un pr�stamo obligatorio de 20 000 pesos para gastos de guerra. Llamado para cumplir nueva misi�n, cedi� la gubernatura a Ram�n R. de la Vega, quien asumi� el cargo en forma interina del 25 de noviembre de 1862 al 7 de febrero de 1863 cuando, despu�s de convocar a elecciones, fue electo constitucionalmente.
Durante su administraci�n el gobierno federal hizo entrega del archipi�lago de las Revillagigedo como parte integrante del territorio estatal. Para tomar posesi�n leg�tima del mismo, don Ram�n R. de la Vega organiz� una expedici�n a la isla del Socorro. Adem�s de poner en orden la destartalada hacienda p�blica, puso particular empe�o en la educaci�n creando la Direcci�n de Instrucci�n P�blica y fundando el Liceo de Varones. Por otra parte, expidi� la Ley de Instrucci�n P�blica del estado, dividiendo a la ense�anza en primaria, secundaria y profesional. En el orden pol�tico se empe�� en hacer cumplir las disposiciones respecto a la elecci�n de ayuntamientos donde no se hubieran realizado; expidi� la convocatoria para elegir a los integrantes de la III Legislatura y reorganiz� la Guardia Nacional.
