La Corona organiz� la administraci�n gubernamental de la Nueva Espa�a siguiendo la pr�ctica castellana; tom� para el gobierno ind�gena dos caminos: uno, dejar a los naturales la direcci�n del sector local, o sea la administraci�n municipal, y dos, retener la direcci�n de los sectores provincial y general, es decir, dividir el gobierno en dos esferas: una aut�noma, con autoridades ind�genas, y otra dependiente, con autoridades espa�olas.
En el gobierno dirigido por los espa�oles hubo tres secciones: la distrital o provincial, que encabezaban los corregidores y alcaldes mayores; la general o central novohispana, a cuyo frente estaba el virrey o un representante —como el presidente de la Audiencia o los gobernadores en los grandes distritos —, y, por �ltimo, la general o central hispana, que presid�an el rey y el Consejo de Indias.
As�, el corregimiento fue una instituci�n establecida para gobernar las ciudades y administrar justicia en las comarcas que depend�an del rey. Con el paso del tiempo, y ante la decadencia de la encomienda, fue cobrando importancia hasta llenar el hueco dejado por los encomenderos al finiquitar sus mercedes.
La jurisdicci�n de los corregidores se inici� con los naturales, y a partir de 1580, por real c�dula, se extendi� a los espa�oles. Como agentes del poder central, tuvieron un estrecho contacto con los indios: eran los encargados de recaudar los tributos; vigilar la administraci�n y empleo de los bienes de la comunidad, la moral p�blica y privada, la contrataci�n y el transporte; castigar sumariamente a los criminales; imponer contribuciones a las pulquer�as para sufragar los presupuestos locales; regular las pesas, medidas y precios para evitar abusos de los mercaderes; convocar a los principales vecinos para resolver problemas importantes. El corregidor "[...] conferenciaba con los eclesi�sticos para erigir templos y conventos; cuidaba de proveer medidas para el buen trato de los indios".
El principal deber de los corregidores era hacer ejecutar puntualmente las �rdenes del cabildo; en ocasiones aprobaban en los cabildos las medidas que a ellos les interesaba establecer, y sus sugerencias sobre la inversi�n de los fondos eran tomadas como �rdenes. Las amplias facultades de los corregidores se estimaban perjudiciales desde los tiempos del virrey don Antonio de Mendoza quien, considerando las quejas presentadas contra ellos, pidi� al rey abolir el oficio y remplazarlo por el de alcalde mayor. Con el tiempo se sustituyeron sin llegar a desaparecer por completo. Posteriormente se nombraron tambi�n tenientes, alguaciles y escribanos.
El corregimiento exigi� por su misma naturaleza una delimitaci�n de zona, lo que conllev� un trazo del espacio geogr�fico; para ello, las unidades cabecera-sujeto fueron nuevamente la base esencial. El trazado del mapa de corregimiento result� dif�cil de hacer e incluso no se pudo fijar en forma permanente por las encomiendas. Fue hasta 1550 cuando el corregimiento logr� plena autoridad pol�tica sobre las �reas de la encomienda.
En teor�a, los corregimientos eran limitados en tama�o, bien demarcados y contiguos unos a otros. Pero en la pr�ctica los espa�oles, como los ind�genas antes que ellos, hicieron distinciones m�s exactas de fronteras en las tierras bajas del valle de M�xico y de Toluca con mayor densidad de poblaci�n, que en las zonas monta�osas remotas y dispersamente pobladas.
As� se organiz� en 1531 el corregimiento de Otumba, de donde sali� en 1544 el corregimiento de Oztotipac. En ese mismo a�o se form� el corregimiento de Tequisistl�n, de donde surgir�a en 1600 el corregimiento de Teotihuacan, al que se le anexar�a Acolman en 1640, al transformarlo en alcald�a mayor. Un a�o despu�s se delimit� geogr�ficamente el corregimiento de Chiconautla, el cual fue sustituido en 1640 por la alcald�a mayor de San Crist�bal Ecatepec. En 1563 se fund� el corregimiento de Chalco, cuyos l�mites se movieron constantemente entre 1533 y 1553 entre Tlayacapan y Tlalmanalco. En 1534 Coatepec era cabecera de corregimiento. Hasta 1546 se delimit� a Tepotzotl�n con siete pueblos de la regi�n del lago del norte como corregimiento, y en 1566 se anex� parcialmente Jaltocan. De este corregimiento se desprendi�, durante el siglo XVII, la alcald�a mayor de Tenayuca y el corregimiento independiente de Zumpango. Por �ltimo, alrededor de 1560 se delimit� el corregimiento de Zumpango de la Laguna, en el valle de M�xico, que se transform� en alcald�a mayor en 1640.
La distribuci�n geogr�fica de los corregimientos en el valle de Toluca fue la siguiente: en los primeros a�os de la d�cada de 1530 la zona m�s poblada era la ribera de la laguna del Lerma, conocida como laguna de Matalcingo o R�o Grande, la cual fue reclamada por el marqu�s del valle de Oaxaca como subordinada a su villa de Toluca. En 1534 la Audiencia tom� esa �rea como parte de la Corona, siendo el corregimiento de Metepec y Tepemachalco, Talasco, Teutenango y Jiquipilco y, a�os m�s tarde, Ixtlahuaca. Todas estas poblaciones fueron unidas alrededor de 1550 bajo un mismo corregimiento que denominaron alcald�a mayor del valle de Matalcingo, con su capital en Toluca. La extensi�n de la zona impidi� su control y facilit� el surgimiento de corregimientos independientes, como el de Ixtlahuaca y Metepec. �ste fue el m�s grande e importante de la zona, y su alcalde mayor era nombrado directamente por el rey.
En 1532 Malinalco era la capital de la provincia de esa zona e inclu�a Atlatlauca y Suchiaca, que pronto fueron separadas en corregimientos independientes en 1534 y 1537, respectivamente. Por cuestiones geogr�ficas la Audiencia anex� Tenango a Atlatlauca en 1550 para dar fluidez administrativa, pero al ver que no funcionaba se determin� asignar Tenango al valle de Matalcingo y Atlatlauca a Malinalco, ambas con la categor�a de alcald�as mayores. Como los resultados fueron buenos, en 1558 se determin� que Suchiaca tambi�n quedara como alcald�a mayor anexa a Malinalco. En el siglo XVII la zona sufri� variaciones alrededor de 1647; en 1675 se volvi� a combinar la jurisdicci�n de Tenango como cabecera, y en el siglo XVIII se transfirieron varias villas de Metepec a Tenango. Cerca de la ciudad de M�xico se form�, en 1535, el corregimiento de San Mateo Atarasquillo, el cual pas� �ntegramente a la ciudad de Lerma en el siglo XVII al ser fundada dentro de la jurisdicci�n.
En la provincia de la Plata, al sur del valle de Toluca, se crearon en 1536 los primeros corregimientos en Texcaltitl�n y Amatepec. Posteriormente se fundaron dos alcald�as mayores, una en Sultepec en 1540 y otra en Temascaltepec. La primera fue al mismo tiempo corregimiento de Amatepec y Sultepec, con todas las villas indias de la regi�n. Por su parte, Temascaltepec tuvo su propia jurisdicci�n en los vecinos del corregimiento de Tuzantla, cerca de Maravatio. En 1715 las dos alcald�as mayores fueron fusionadas en una: Temascaltepec-Sultepec. Zacualpan e Ixtapan, por su parte, se enlistaron como corregimientos en 1544. En 1563 el �rea estuvo bajo la alcald�a mayor de las minas de Zacualpan. La jurisdicci�n fue ampliada en 1578 por la transferencia de Coatepec y Cuitlapilco, que pertenec�an a Sultepec, y alrededor de 1589 se le anex� Ixcateupan (que hoy corresponde al estado de Guerrero), quedando as� conformada la zona del sur del valle.
En el norte del valle de Toluca la Corona tuvo que enfrentar algunas dificultades con los encomenderos para poder controlar la zona administrativamente. Alrededor de 1548 se nombraron justicias para los chichimecas tomando como base la provincia de Xilotepec; pronto se cre� una alcald�a mayor con una inmensa jurisdicci�n, que se extend�a hacia el occidente de los l�mites de Nueva Galicia, pues hacia el norte nunca se defini� su frontera. Abarcaba Sich� y Pusinquio (San Luis de la Paz), Guanajuato. Tlalpujahua, San Miguel y Quer�taro fueron separadas al final del siglo XVI en alcald�as mayores que se ci�eron a Cimapan (Hidalgo). La parte noroeste de la provincia de Jilotepec sufri� cambios en 1640 al separarse Hueychiapa y formar una alcald�a mayor independiente.
En los siglos XVII y XVIII, con el desarrollo de la vida econ�mica colonial, la importancia de los corregimientos se acentu� a�n m�s a causa de las prerrogativas y oportunidades que brindaban para enriquecerse. Lejos de aspirar a un buen sueldo, los corregidores buscaban hacer negocios que les redituaran buenas utilidades aprovechando, por supuesto, su posici�n. Sin embargo, se abolieron los corregimientos legalmente por las leyes de intendericia, siendo asumidas las posiciones de corregidores por subdelegados bajo la supervisi�n de intendentes.
Los ayuntamientos se establecieron en cuanto se fundaron las ciudades y villas. El cabildo o concejo municipal estaba integrado por alcaldes y regidores, cuya cifra variaba (uno o dos) en funci�n del n�mero de habitantes de la comunidad. Al principio eran elegidos por los vecinos, pero al paso del tiempo la Corona otorg� los cargos a perpetuidad y despu�s fueron vendibles y renunciables. El cabildo legislaba localmente: exped�a las ordenanzas municipales, cuidaba de las obras p�blicas, de mejorar las condiciones y la calidad del trabajo y la ense�anza elemental, de abastecer a la ciudad, as� como de representarla en los pleitos que cualquier tribunal emprendiera en su contra y defender sus privilegios.
La administraci�n de justicia tanto civil como criminal era competencia de los alcaldes ordinarios. Su jurisdicci�n era ordinaria y com�n, es decir, estaban exentos de ella los individuos que gozaban de alg�n fuero. Vigilaban la ciudad usando la vara de justicia, "incluso en la noche, por medio de rondas en las que tambi�n participaban el corregidor y el alguacil, y, temporalmente, en los caminos cuando desempe�aban el cargo de alcaldes de la Santa Hermandad".
Los integrantes del ayuntamiento ten�an facultades espec�ficas. El alcalde mayor ejerc�a las funciones judiciales de primera instancia. El alguacil procuraba preservar el orden en la ciudad. El mayordomo administraba los propios; el s�ndico cuidaba los intereses de la corporaci�n. Otros miembros del cabildo eran el abogado y el escribano; �ste deb�a ser "real", es decir, con t�tulo de la Corona en las ciudades y villas de importancia.
El patrimonio de los ayuntamientos se formaba con tierras llamadas propias y con otros bienes: los arbitrios, que consist�an en alquileres de casas y tierras; el servicio personal de los indios en las obras p�blicas; las multas impuestas al ganado, y las licencias para fiestas de toros, gallos, juegos de azar y otros.
En un principio los pueblos ind�genas mantuvieron sus antiguos modelos prehisp�nicos de gobierno local. Los caciques con t�tulo de gobernadoryotl reg�an desde la cabecera, y los principales estaban bajo su tutela administrando los sujetos, barrios o estancias con la ayuda de los tequitlatos.
El virrey don Antonio de Mendoza fue el primero en nombrar gobernadores y alcaldes ordinarios para los pueblos ind�genas. A mediados del siglo XVI ya hab�a cabildos en varios de ellos. En 1618 Felipe III fij� el n�mero de integrantes de los cabildos ind�genas. S�lo en Cierta medida el ayuntamiento de los pueblos ind�genas se ajust� al de las ciudades y villas espa�olas.
Los cabildos ind�genas constaban de los oficiales de rep�blica: el gobernadoryotl o juez-gobernador, alcaldes, regidores y alguacil, conocido m�s com�nmente como topil. Adem�s, seg�n las necesidades del pueblo, pod�a haber mayordomos, escribanos y alguaciles de doctrina, quienes formaban parte, a veces, de los peque�os concejos dependientes del cabildo municipal.
La elecci�n de las autoridades no sigui� la forma espa�ola, ya que exist�an variantes regionales seg�n la costumbre ind�gena. El sistema de elecci�n siempre era muy solemne. Estos cabildos fueron la c�lula del gobierno municipal al combinarse la tradici�n ind�gena de elecci�n entre los miembros m�s destacados de la comunidad, y la espa�ola en su variante m�s democr�tica.
