A ra�z de la conquista militar, y con igual grado de intensidad, se da lo que Robert Ricard ha llamado la conquista espiritual de la Nueva Espa�a Su fin principal era la incorporaci�n de los naturales al mundo cristiano de Occidente por medio de la religi�n cat�lica.
En 1523 desembarcaron los primeros franciscanos: fray Juan de Tecto, fray Juan de Aora y fray Pedro de Gante, quienes comenzaron otro periodo en la historia del dominio de la Nueva Espa�a.
Se establecieron en Texcoco e iniciaron desde all� la evangelizaci�n de los naturales. Fray Pedro de Gante, junto a sus tareas misionales, estableci� la primera escuela para ni�os ind�genas donde se ense�aba m�sica, artesan�as, lectura, escritura y doctrina cristiana. La acci�n evang�lica se enfoc� hacia los menores por la mayor facilidad de acci�n entre ellos, ya que pod�an aprender con gran rapidez la lengua castellana y a su vez ense�ar n�huatl a los misioneros. Aunque algunos adultos hablaron pronto el idioma de Castilla, su catequizaci�n se retras� por su modo de vida basado en antiguas creencias.
Al a�o siguiente llegaron "los doce", bajo el mando de fray Mart�n de Valencia. Celebraron su primera misa en Texcoco, donde percibieron c�mo la labor de fray Pedro de Gante empezaba a dar frutos. Los misioneros desempe�aron el papel de constructores del nuevo orden establecido. Quiz�, sin quererlo, fueron el instrumento definitivo de la dominaci�n, pues poco a poco, pero con gran eficacia, transformaron al ind�gena en s�bdito espa�ol.
La gigantesca tarea de cristianizaci�n de los nativos del Nuevo Mundo consider� la satisfacci�n de las dos partes, el conquistador y el conquistado, a fin de que la obra no se perdiera ni quedara aislada. Hubo de enfrentar un mosaico de climas y lenguas aut�ctonas complejas: n�huatl, otom�, matlatzinca, mazahua, ocuilteca y, en las fronteras con Michoac�n, tarasco. Se pusieron en pr�ctica algunos vocabularios, gram�ticas y m�todos especiales para ense�ar la doctrina. Se utilizaban indios instruidos en la doctrina cristiana, seguramente triling�es, que reun�an cada domingo grupos de ind�genas con la misma lengua. El catequista de cada grupo durante una hora ense�aba primeramente en lat�n y despu�s en la lengua nativa. Hab�a sesi�n de preguntas y respuestas. Al final, el cura oficiaba la santa misa y predicaba el serm�n, de preferencia en n�huatl.
En 1525 tuvo lugar "la primera batalla al demonio"; los frailes ahuyentaron a todos los que estaban en los templos ind�genas y persiguieron la idolatr�a que se ocultaba tras las im�genes cat�licas. Empezaron la evangelizaci�n sistem�tica administrando los sacramentos de la penitencia (confesi�n) y el matrimonio, instruyendo convenientemente a los nuevos feligreses. Se combati� la poligamia acostumbrada desde los tiempos prehisp�nicos. Los principales ind�genas tuvieron que decidir cu�l de sus numerosas mujeres ser�a la leg�tima. Para dar mayor importancia social al matrimonio, en Texcoco �ste fue solemne y con grandes festejos.
Conforme aceptaban el cristianismo, los indios se mostraban diligentes en la construcci�n de los nuevos templos. Ellos mismos cargaban las piedras y las vigas, hac�an la cal, los adobes y los ladrillos. Para 1541, fecha en que Motolin�a escribi� sus Memoriales, este fraile cont� m�s de 400 templos cristianos erigidos en los pueblos importantes de las cabeceras de Texcoco, Tlalmanalco y Chalco; Tenayuca, Cuautitl�n, Otumba, Tepeapulco y Cempoala.
Texcoco, uno de los principales conventos de la provincia del Santo Evangelio, trabaj� afanosamente en los primeros 20 a�os de evangelizaci�n. En este lugar la labor misional de fray Pedro de Gante dej� huellas tan profundas entre la poblaci�n que el arzobispo Mont�far lleg� a decir: "El arzobispo de M�xico no soy yo, sino fray Pedro de Gante."
En la regi�n de Chalco, un incendio fue el preludio de la evangelizaci�n. Los templos ind�genas de Amaquemecan, Tlalmanalco y Tenango se consumieron en llamas. Sobre sus cenizas, a�n calientes, el agua de los bautismos apagar�a la idolatr�a. As� empezaron los franciscanos. Despu�s vendr�a la labor de convencer a los nobles de que dejaran la poligamia y se casaran con una sola mujer.
A partir de 1524 se empezaron a fundar conventos en los grandes centros ind�genas de importancia pol�tica y religiosa. Los franciscanos abrieron brecha al apostolado en el M�xico central, sus fundaciones se multiplicaron entre 1525 y 1531, y con la llegada de las otras dos �rdenes mendicantes —dominicos en 1526 y agustinos en 1533— se hizo una red de comunicaci�n entre los diversos conventos establecidos en la Nueva Espa�a.
Se fund� la custodia del Santo Evangelio en 1524, cre�ndose como provincia en 1535. M�xico fue promovido a arquidi�cesis en 1546, quedando sujetas a ella todas las catedrales de Am�rica. Las tres �rdenes mendicantes acordaron su delimitaci�n geogr�fica. Los franciscanos se establecieron en la regi�n de Puebla y en el Centro de M�xico, en lo que ser�an los futuros estados de M�xico, Morelos, Hidalgo y Tlaxcala. Los dominicos extendieron su actividad a los lugares vacantes del valle de M�xico, Puebla y Morelos, adem�s de toda la zona mixteca-zapoteca con Oaxaca como Centro. Los agustinos sembraron la fe en tres direcciones: un �rea meridional, otra septentrional, entre los otom�es, y la �ltima occidental, hacia Michoac�n. Se establecieron en la regi�n fronteriza de los actuales estados de Guerrero y Morelos, y en los a�os de 1537 y 1543 se instalaron en Ocuilan y Malinalco, respectivamente, en el valle de Toluca, y en algunos lugares del valle de M�xico como Acolman, Ayotzingo, Tecamac y Tepexpan de acuerdo con el cap�tulo de 1540; por esa misma �poca fundaron casa en Capulhuac, Tianguistenco y Zacualpan, y en Toluca dos conventos.
A la provincia del Santo Evangelio, com�nmente llamada de M�xico, pertenec�an los valles de Toluca y M�xico. Ten�a una extensi�n geogr�fica de 40 leguas de norte a sur, y de 80 leguas de oriente a poniente, abarcando desde el puerto de San Juan de Ul�a, en Veracruz, hasta el convento de Zinacantepec. En 1585, cuando el padre comisario general visit� la provincia, contaba con 69 casas entre grandes y peque�as: 38 conventos estaban sujetos al arzobispado de M�xico, 30 al de Tlaxcala y uno al de Cuba.
Un convento o una iglesia parroquial serv�a de sede a un �rea geogr�fica interrelacionada con pueblos menores, con objeto de mantener una comunicaci�n con la poblaci�n ind�gena aleda�a a dicha cabecera. Las sedes fueron seleccionadas por el tama�o, por el estatus de sus comunidades o por la densidad de la poblaci�n, sin tener en cuenta las fronteras tribales.
En el valle de Toluca los franciscanos escogieron como cabeceras de doctrina a Toluca, Zinacantepec, Calimaya, Jilotepec y Metepec. En cada lugar se construy� una iglesia con dinero del encomendero o por donaci�n de los mismos naturales. Seg�n el padre Chauvet, la primera fundaci�n fue Toluca en 1529-1530; luego Jilotepec en 1530; m�s tarde, alrededor de 1569, Metepec y Zinacantepec, y por �ltimo Calimaya en 1577, aunque algunas fuentes se�alan que esta �ltima se fund� en 1561.
Aparte de las primeras fundaciones franciscanas y agustinas se sabe que el clero secular administr� varios pueblos del valle de Toluca a partir de 1535. Almoloya, Amatepec, Atarasquillo, Atlacomulco, Atlapulco, Chapa de Mota, Huitzizilapan, Ixtapan de la Sal, Ixtapan del Oro, Jalatlaco, Jocotitl�n, Ocoyoacac, Otzoloapan, Tecualoyan, Temascalcingo, Temascaltepec, Tenango del Valle y Zumpahuacan, entre otros. Sin embargo, fueron los franciscanos quienes dominaron la regi�n y controlaron su econom�a. El clero diocesano qued� relegado al poniente y sur del valle de Toluca.
En el siglo XVI, en el valle de M�xico, el clero regular estableci� conventos en Santiago Chalco, San Andr�s Chiautla, San Miguel Coatlinchan, San Buenaventura Cuautitl�n, San Crist�bal Ecatepec, San Luis Huexotla, La Pur�sima Concepci�n Ozumba, San Juan Teotihuacan, San Antonio de Padua Texcoco, San Luis Obispo Tlalmanalco, Corpus Christi Tlalnepantla y San Lorenzo Tultitl�n, asentamientos que luego se ampliaron en el siglo XVII.
En 1528 los dominicos se establecieron en Chimalhuac�n, Chalco, Ecatzingo, Ixtapaluca, Tepetlaoxtoc, Tenango Tepopola y Amecameca. Aprovechando la fertilidad de la zona y la abundancia de la fuerza de trabajo, desarrollaron la agricultura y dieron auge a actividades econ�micas importantes como la arrier�a, el corte de madera y la fabricaci�n de carb�n.
Por su parte, los agustinos se establecieron en San Agust�n Acolman en 1555, Ayotzingo, Tecamac y Tepexpan. Los jesuitas llegaron en 1572 a la Nueva Espa�a. No se hicieron cargo de curatos o doctrinas en nuestro territorio, como tampoco en lugar alguno de la Nueva Espa�a. En cambio, hicieron sentir su influencia desde el colegio de Tepotzotl�n, internado de indios y noviciado de la orden, en el suntuoso edificio que es muestra de su riqueza.
En general, el clero regular control� la mayor parte del actual Estado de M�xico. Llama la atenci�n que el clero secular no tuviera ninguna injerencia en el valle de M�xico, que era el m�s rico y poblado en el momento de la Conquista. Dentro de la Iglesia, los frailes mendicantes regulares y el clero secular comprend�an dos grupos poderosos de oposici�n que lucharon por el control de los pueblos. En el primer momento de la evangelizaci�n se hab�an confiado a las �rdenes religiosas poderes parroquiales y sacramentales para la realizaci�n de metas misionales, facultades tradicionales de los cl�rigos de la jerarqu�a episcopal que consideraban el control parroquial por el clero regular como una intromisi�n no autorizada.
A fines del periodo novohispano, la Iglesia era ya una instituci�n rica y compleja. Sus doctrinas recib�an ingresos de rentas de tierras, hipotecas, cofrad�as, hermandades, organizaciones caritativas y otros fondos e inversiones, adem�s de las contribuciones regulares de los miembros de la parroquia. Todo esto condujo a que las fricciones se acrecentaran cada vez m�s, por lo que al cambiar la dinast�a Habsburgo por la Borb�nica, y con las reformas de gobierno, se decret� en 1756 la secularizaci�n de varios de los conventos que estaban en manos de los mendicantes, entre los que se encontraban casi todos los monasterios del valle de Toluca y de M�xico, pasando a formar parte de la arquidi�cesis y quedando controlados por el clero secular, con lo que termin� un cap�tulo importante de la labor misional de la Iglesia.
As�, la conquista militar someti� a los ind�genas al poder del imperio espa�ol. Algo semejante ocurri� en el terreno espiritual. Clero regular y secular predicaron el evangelio entre los antiguos adoradores de dioses sangrientos. Si bien se suprimieron los sacrificios humanos, se presentaron nuevas formas de religiosidad que no lograron desplazar del todo a las antiguas.
