Soslayada en un principio por el gobierno, la guerrilla cristera dentro del estado fue iniciada en el mes de enero de 1927 por los antiguos zapatistas Rafael Ramos, Jesús María Martínez y, sobre todo, Manuel Reyes. Incursionaban de Chalco a Tenancingo atravesando el sur del Distrito Federal, la región del Ajusco, donde fueron batidos, incluso con aviación. Sumáronse a la lucha Benjamín Mendoza, Maximiliano Vigueras y Victorino Bárcenas, que también operaban en puntos limítrofes de otras entidades por el sur y el occidente. Con los métodos de guerrilla acostumbrados tomaron transitoriamente Valle de Bravo, Tejupilco, Temascaltepec y Tenancingo.
La represión no se hizo esperar. Además de las fuerzas estatales, entraron 3 500 federales a patrullar el sur y el occidente de la entidad. El castigo de Tenancingo, completado con el incendio de San Martín, no se olvidaría. Pero Mendoza aniquiló la guarnición de Tonatico y al poco tiempo pasaban cristeros por Calimaya y Amanalco. Mientras, Maximiliano Vigueras incursionaba en la comarca de Chalco, y en Chalma se levantaban otros. Los dos jefes principales, Reyes y Mendoza, fracasaron en un segundo ataque a Tenancingo. Pero Mendoza marchó a Michoacán, donde tomó Zitácuaro, para volver en seguida a Ixtapan del Oro y Temascaltepec. Reyes, en cambio, fue capturado y fusilado en Toluca. Volvieron los alzados a Temascaltepec, tomaron Sultepec, Oculan y Valle de Bravo, en tanto que otro jefe cristero, Federico Fabila, incursionaba por El Oro. A fines de octubre de 1927 el general Vega Gil les infligió serio descalabro. Pero Mendoza se recuperó y reapareció desbaratando las tropas del general Urbalejo.
Entró Fabila en San Francisco del Progreso, atacó Atlacomulco y se reunió con Mendoza y Ocampo en Texcaltitlán. Derrotados en Ixtlahuaca de Rayón, se dispersaron para reunirse al punto y tomar Zacualpan, Ocuitlán, Tenango, Ixtapan de la Sal, Aculco y San José Allende. Estos éxitos no se debían a la inactividad de los federales, que se cansaban de correr tras un enemigo al que no podían echarle mano... El general Castrejón lanzó una gran ofensiva en la Sierra de Nanchititla, matando a los civiles y llevándose el ganado. Después de su paso por Tlacotepec, Zacualpan, Tejupilco y Valle de Bravo, el jefe de la zona cristera podía escribir que sus 480 soldados tenían a todos los pueblos de su parte, porque "el gobierno los ha ultrajado, despojado, asesinado".
El 28 de marzo el gobernador Riva Palacio reconocía la inexistencia de un gobierno municipal en Malinalco y Amanalco debido a que estas poblaciones estaban en manos de rebeldes. Admitía graves dificultades en el de Tlatlaya. Por su cuenta, el ejército federal deponía los ayuntamientos de Temascaltepec y San Simón de Guerrero, en virtud de su actitud hacia los cristeros.
Al mismo tiempo el mandatario velaba por "el exacto cumplimiento de las leyes expedidas en materia de culto, haciendo las investigaciones procedentes y [...] las consignaciones correspondientes". Tal lo había hecho con un convento de monjas en Toluca, del cual, según sus propias palabras, las religiosas fueron sacadas "con el oportuno auxilio de la Fuerza del Estado" y "entregadas a sus familiares, previo compromiso escrito de éstos de no volver a coartar la libertad de dichas interesadas".
