Soslayada en un principio por el gobierno, la guerrilla cristera dentro del estado fue iniciada en el mes de enero de 1927 por los antiguos zapatistas Rafael Ramos, Jes�s Mar�a Mart�nez y, sobre todo, Manuel Reyes. Incursionaban de Chalco a Tenancingo atravesando el sur del Distrito Federal, la regi�n del Ajusco, donde fueron batidos, incluso con aviaci�n. Sum�ronse a la lucha Benjam�n Mendoza, Maximiliano Vigueras y Victorino B�rcenas, que tambi�n operaban en puntos lim�trofes de otras entidades por el sur y el occidente. Con los m�todos de guerrilla acostumbrados tomaron transitoriamente Valle de Bravo, Tejupilco, Temascaltepec y Tenancingo.
La represi�n no se hizo esperar. Adem�s de las fuerzas estatales, entraron 3 500 federales a patrullar el sur y el occidente de la entidad. El castigo de Tenancingo, completado con el incendio de San Mart�n, no se olvidar�a. Pero Mendoza aniquil� la guarnici�n de Tonatico y al poco tiempo pasaban cristeros por Calimaya y Amanalco. Mientras, Maximiliano Vigueras incursionaba en la comarca de Chalco, y en Chalma se levantaban otros. Los dos jefes principales, Reyes y Mendoza, fracasaron en un segundo ataque a Tenancingo. Pero Mendoza march� a Michoac�n, donde tom� Zit�cuaro, para volver en seguida a Ixtapan del Oro y Temascaltepec. Reyes, en cambio, fue capturado y fusilado en Toluca. Volvieron los alzados a Temascaltepec, tomaron Sultepec, Oculan y Valle de Bravo, en tanto que otro jefe cristero, Federico Fabila, incursionaba por El Oro. A fines de octubre de 1927 el general Vega Gil les infligi� serio descalabro. Pero Mendoza se recuper� y reapareci� desbaratando las tropas del general Urbalejo.
Entr� Fabila en San Francisco del Progreso, atac� Atlacomulco y se reuni� con Mendoza y Ocampo en Texcaltitl�n. Derrotados en Ixtlahuaca de Ray�n, se dispersaron para reunirse al punto y tomar Zacualpan, Ocuitl�n, Tenango, Ixtapan de la Sal, Aculco y San Jos� Allende. Estos �xitos no se deb�an a la inactividad de los federales, que se cansaban de correr tras un enemigo al que no pod�an echarle mano... El general Castrej�n lanz� una gran ofensiva en la Sierra de Nanchititla, matando a los civiles y llev�ndose el ganado. Despu�s de su paso por Tlacotepec, Zacualpan, Tejupilco y Valle de Bravo, el jefe de la zona cristera pod�a escribir que sus 480 soldados ten�an a todos los pueblos de su parte, porque "el gobierno los ha ultrajado, despojado, asesinado".
El 28 de marzo el gobernador Riva Palacio reconoc�a la inexistencia de un gobierno municipal en Malinalco y Amanalco debido a que estas poblaciones estaban en manos de rebeldes. Admit�a graves dificultades en el de Tlatlaya. Por su cuenta, el ej�rcito federal depon�a los ayuntamientos de Temascaltepec y San Sim�n de Guerrero, en virtud de su actitud hacia los cristeros.
Al mismo tiempo el mandatario velaba por "el exacto cumplimiento de las leyes expedidas en materia de culto, haciendo las investigaciones procedentes y [...] las consignaciones correspondientes". Tal lo hab�a hecho con un convento de monjas en Toluca, del cual, seg�n sus propias palabras, las religiosas fueron sacadas "con el oportuno auxilio de la Fuerza del Estado" y "entregadas a sus familiares, previo compromiso escrito de �stos de no volver a coartar la libertad de dichas interesadas".
