La Nueva Galicia qued� sujeta a partir de entonces a la autoridad militar del virrey de la Nueva Espa�a y a un r�gido control hacendario por parte de �ste y de las autoridades espa�olas, las cuales enviaron, en 1544, un visitador para que hiciese un an�lisis de la situaci�n. Fue �l quien plante� la necesidad de erigir un obispado y establecer una Real Audiencia, sugerencia que no tard� en ser escuchada.
En 1547, Pedro G�mez Maraver, primer obispo efectivo de Nueva Galicia, lleg� a Compostela, asentamiento oficial de la mitra, aunque se volvi� de inmediato a Guadalajara debido a lo inh�spito de aquel lugar. Cuatro a�os despu�s lo sorprendi� la muerte en Espa�a, cuando hac�a gestiones para cambiar su sede episcopal de Compostela a Guadalajara.
Por su parte, la Real Audiencia de Nueva Galicia comenz� a tomar forma en 1547 cuando fueron nombrados sus cuatro primeros oidores. Al principio tendr�an que remitirse a la Audiencia de M�xico los asuntos mayores de 300 pesos o que pudieran implicar la pena capital, mas no tard� en ganar completa autonom�a.
Los oidores de la audiencia neogallega tambi�n ejerc�an el cargo de alcaldes mayores, destacando la en�rgica acci�n en contra de los abusos de los encomenderos que emprendi� Lorenzo Lebr�n de Qui�ones, quien gozaba de la protecci�n de don Luis de Velasco, a la saz�n virrey de la Nueva Espa�a.
Las actividades econ�micas m�s importantes de esta zona fueron pronto la agricultura y la ganader�a, tareas a las que se dedicaban los espa�oles en sus tierras de origen: Andaluc�a, Extremadura y las dos Castillas, principalmente.
La mano de obra ind�gena fue la base de toda la actividad productiva, en tanto que los espa�oles consideraban generalmente el trabajo manual denigrante para su hidalgu�a. Los encomenderos y propietarios, por otro lado, no pod�an aspirar a ser altos empleados de la Corona, ya que �stos se nombraban en Espa�a y sol�an abusar de sus amplias facultades, motivo por el cual eran mal vistos por quienes aqu� resid�an.
El trabajo excesivo, los malos tratos, la p�sima alimentaci�n y las nuevas enfermedades fueron el azote de los ind�genas durante la colonizaci�n. Se calcula que entre 1550 y 1650 su poblaci�n se redujo en 90% aproximadamente, de modo que lleg� incluso a temerse su completa extinci�n, como hab�a sucedido en las Antillas. Debido a esto, se increment� la compra de negros, quienes se sumaron al mestizaje regional y llegaron a desempe�ar un papel de cierta importancia en Nueva Galicia durante el siglo XVII.
A fines de 1560, Guadalajara se convirti� en capital, luego de autorizarse el establecimiento en ella de las primeras autoridades civiles y eclesi�sticas. Mas no por ello gan� armon�a, pues de inmediato se produjeron sonados pleitos entre el obispo Pedro de Ayala y la audiencia, los cuales terminaron con la expulsi�n del impetuoso prelado. Tras su muerte, ocurrida en 1571, uno de sus antiguos enemigos, Francisco G�mez de Mendiola, funcionario de la Real Audiencia, fue nombrado su sucesor.
Tambi�n abundaron en el siglo XVII las disputas entre la audiencia
y el ayuntamiento. Este �ltimo se quejaba de que la primera interfer�a en sus
asuntos y hasta pugn� por su desaparici�n. Dependientes de la audiencia eran
las Cajas Reales de Zacatecas y Guadalajara: la primera instituida en 1552,
a ra�z de las ricas vetas de plata descubiertas en las cercan�as de la Bufa.
Sin embargo, su ubicaci�n geogr�fica y las instrucciones del virrey provocaron
que, desde principios del siglo XVII, el manejo directo de estos
caudales se hiciese en M�xico.
