Hasta mediados del siglo XVI
el movimiento por las costas neogallegas fue apenas el que hab�a entre Culiac�n y Barra de Navidad. Pero en 1557 lleg� una orden de que zarpara de este puerto una gran expedici�n en pos de las Molucas y de una ruta que permitiera ir y venir de las Filipinas. La preparaci�n de la empresa, al mando de Miguel L�pez de Legaspi, atrajo una gran derrama econ�mica a la comarca, pero los duros trabajos ocasionaron gran mortandad entre los indios.
La expedici�n se hizo a la mar el 21 de noviembre de 1564 y lleg� a su destino en marzo de 1565. Legaspi procedi� en seguida a instalar una colonia que en el futuro proveer�a de productos asi�ticos a Am�rica, en tanto que el 1 de junio de 1565 el fraile Andr�s de Urdaneta, piloto de la expedici�n, emprendi� el tornaviaje que culmin� el 3 de octubre en Acapulco. Se abri� as� una ruta comercial transpac�fica que traer�a en seguida grandes beneficios a los comerciantes de Nueva Espa�a y de C�diz, aunque no a los de Nueva Galicia.
No se tienen noticias de contratiempo alguno en este trayecto hasta que, en 1579, el pirata ingl�s Francis Drake penetr� en el Pac�fico y asalt� la nao de China frente a las costas de California. En 1587, su paisano, Thomas Cavendish, atac� el litoral neogallego, despu�s de apoderarse del gale�n de Manila, destrozando las precarias instalaciones de Chacala, Chamela y Mazatl�n. Esto ocasion� la suspensi�n de expediciones que pretend�an explorar California.
A pesar de que en 1580 hab�an comenzado las incursiones formales a California en busca de perlas, no fue sino hasta 1596 cuando se encarg� a Juan Sebasti�n Vizca�no reconocer detalladamente su litoral. En 1602, Vizca�no realiz� otro viaje de exploraci�n y levant� una vasta cartograf�a, recorri� la isla de Cedros y fonde� la bah�a que llamaron San Bernab�. Luego, en el mes de diciembre, fund� m�s al norte un puerto con el nombre de Monterrey.
Esta incursi�n trajo la idea de que California era una isla, error que perdur� casi cien a�os. Adem�s, atrajo gente de Matanch�n, Chacala y Mazatl�n, quienes coadyuvaron a establecer un incipiente comercio con algunos peque�os poblados ind�genas de sudcalifornia.
Hacia 1561 una fracci�n del territorio de la Nueva Galicia pas� a formar parte de la Nueva Vizcaya. Fue una extensa franja al noroeste, limitada por los r�os Piaxtla y Ca�as, en la que una nueva expedici�n al mando de Francisco de Ibarra logr� establecimientos de espa�oles m�s formales. Pero con esta acci�n la provincia de Culiac�n qued� desmembrada del resto del reino. Asimismo, con la creaci�n del obispado de Durango, en 1521, la jurisdicci�n de la prelatura tapat�a se redujo sensiblemente, y lesion� en forma considerable sus ingresos.
Por otro lado, para proteger de los guachichiles el transporte de la plata zacatecana a M�xico y participar de los beneficios que �sta dejaba en su camino, la Audiencia de Guadalajara determin� en 1564 la creaci�n de una poblaci�n que llevar�a por nombre Santa Mar�a de los Lagos. Con el mismo fin dispuso, en 1575, el establecimiento de la villa de Aguascalientes.
En 1572, con la llegada del virrey Mart�n Enr�quez a la Nueva Espa�a, la audiencia
tapat�a qued� pr�cticamente supeditada a su autoridad; sin embargo, dos a�os
m�s tarde ganar�a absoluta independencia administrativa del virrey, a la vez
que su presidente, hasta fines del siglo XVIII
, desempe�ar�a al
mismo tiempo el cargo de gobernador de la Nueva Galicia.