No fue circunstancial que los dos primeros obispos de estas tierras fueran franciscanos. Su orden se ocup� de la evangelizaci�n en el occidente y, para 1560, ya ten�a numerosos conventos por la regi�n, donde los frailes hallaban suficientes moradores para su mantenimiento. Como los indios hablaban varios idiomas y dialectos y la comunicaci�n con ellos y entre ellos se hac�a muy dif�cil, los franciscanos se preocuparon por aprender el n�huatl y terminaron por ense�arlo a todos los naturales, para simplificar su labor evangelizadora. De esta manera, evitaban que tanto el clero secular como los laicos tuviesen intercambio con los indios. M�s tarde, al declinar el siglo XVII, con la paulatina incorporaci�n de los abor�genes a la nueva sociedad, el castellano desplaz� gradualmente a la lengua nativa.
La Iglesia se hizo tambi�n cargo de la educaci�n de los dem�s habitantes y ejerci� un estricto control ideol�gico sobre ellos. En los inicios se trabajaba con peque�os grupos en sacrist�as y conventos, pero durante las tres �ltimas d�cadas del siglo XVI, el n�mero de posibles educandos en Guadalajara y Zacatecas amerit� que comenzaran a fundarse algunos centros educativos m�s formales. Para 1570 ya funcionaba en Guadalajara el Colegio Seminario del Se�or San Pedro pero su existencia termin� al finalizar 1586 cuando llegaron los Jesuitas y se hicieron cargo de casi todos los estudiantes.
A diferencia de los agustinos, a quienes se pusieron muchas trabas para establecerse en la ciudad, la Compa��a de Jes�s cont� con todas las facilidades, incluso le fue cedida la hacienda de Toluquilla para su sostenimiento. Hacia 1680, problemas econ�micos debidos a la escasez de mano de obra casi provocan que la Compa��a cerrara sus escuelas; sin embargo, la Real Audiencia intervino consiguiendo los brazos ind�genas necesarios de donde fuera.
Esta orden religiosa lleg� a ofrecer estudios de latinidad, los m�s elevados de Guadalajara, en el Colegio de Santo Tom�s; tambi�n instituyeron varias escuelas de primeras letras para ni�os y se hicieron cargo de la ense�anza y doctrina de muchos indios de la comarca. Adem�s, en 1616, fundaron en Zacatecas el Colegio de San Luis Gonzaga. Por otra parte, hacia 1586, el primer colegio para ni�as empez� a funcionar bajo la advocaci�n de Santa Catalina de Siena y el gobierno eclesi�stico de Francisco G�mez de Mendiola. En los siglos XVI y XVII, a los ni�os se les ense�aba a leer y escribir y un poco de gram�tica. Pero si alguno pretend�a cursar grados m�s altos ten�a que trasladarse a la ciudad de M�xico.
Para castigar la herej�a, desde los tiempos del obispo Pedro G�mez Maraver, se instal� en Guadalajara la Santa Inquisici�n, aunque �nicamente para procesos de importancia menor, pues los mayores deb�an seguirse en la ciudad de M�xico. Los casos m�s frecuentes atendidos por este tribunal fueron la blasfemia, el juda�smo, la hechicer�a y las palabras malsonantes. Tambi�n fue com�n enjuiciar a cl�rigos por violaci�n al voto de castidad y a laicos por bigamia.
