Adem�s de monopolizar la educaci�n y perseguir a los herejes, la Iglesia se hizo cargo de los hospitales. El primero de ellos fue creado en 1557, con el fin de atender exclusivamente a espa�oles, el cual se sostuvo hasta 1604 gracias a la buena voluntad de unos cuantos vecinos. Despu�s de esta fecha los juaninos se hicieron cargo de �l y se empez� a conocer como San Juan de Dios. Otra instituci�n de salud tapat�a fue el hospital de San Miguel, fundado en 1588, con el patrocinio del cabildo eclesi�stico. En Zacatecas, en 1608, comenz� a funcionar un hospital manejado tambi�n por los juaninos que se conoci� con el nombre de Veracruz.
Salvo una revuelta de los indios tepehuanes ocurrida a mediados del siglo XVII,
el ind�gena no cre� mayores problemas a los espa�oles durante la centuria y
fue incorpor�ndose paulatinamente a la vida impuesta por los colonizadores.
Pero en este ambiente de aparente tranquilidad, no dej� de haber algunos esc�ndalos
muy notorios por la conducta de altos funcionarios. Destaca entre ellos la disputa
del obispo Juan Ruiz Colmenero y el Cabildo Eclesi�stico, alrededor de 1650,
por la administraci�n de los diezmos. Pero las controversias m�s sonadas del
siglo XVII fueron protagonizadas por el obispo Juan de Santiago
de Le�n Garabito, quien gobern� la di�cesis de 1678 a 1695. Extravagante y ostentoso,
dicho prelado sancion� severamente a quien hac�a lo mismo que �l, profiriendo
amenazas de excomuni�n por doquier. Vale decir que rara vez perdi� un pleito
gracias al respaldo irrestricto que ten�a de las autoridades peninsulares. Garabito
tambi�n fue quien promovi� el culto a las im�genes de la Virgen de Zapopan y
de San Juan de los Lagos, con lo que respondi� a una necesidad popular.
