Durante varias d�cadas se hab�an hecho diversos intentos para socavar el enorme poder econ�mico del clero, no obstante segu�a siendo el mayor latifundista. Los liberales consideraban que era uno de los principales obst�culos para el progreso y la modernizaci�n del pa�s, en tanto que buscaban promover el desarrollo y el incremento de peque�os propietarios rurales. Pero este af�n de favorecer la peque�a propiedad acab� lesionando tambi�n las posesiones comunales de los ind�genas, lo que dio lugar a que se crearan numerosos ranchos a su costa. Sin embargo, fueron los ayuntamientos, compuestos por los m�s adinerados de cada localidad o controlados plenamente por ellos, los que perpetraron los principales despojos a los indios, justific�ndose por la urgencia de atender el gasto p�blico o haciendo gala de toda suerte de trampas como el uso de escrituras falsas o el reacomodo de los linderos.
Adem�s de ganar tierras para fincar en las inmediaciones de las poblaciones, se persegu�a tambi�n eliminar al indio como competidor en el comercio agr�cola y convertirlo en fuerza de trabajo barata. Hacia 1847, el titular del gobierno estatal, Joaqu�n Angulo, hizo un primer intento para paliar este mal, disponiendo que los ayuntamientos devolviesen sus tierras a sus antiguos propietarios. Pero la mayor�a hizo caso omiso, lo que dio lugar a que los indios invadieran violentamente los predios de los que hab�an sido despojados. En consecuencia, el gobierno del estado se vio precisado a permitir que los hacendados se armaran y reclutaran mercenarios para rechazar los ataques. La contrarrespuesta no se hizo esperar en algunas partes. Ese a�o, campesinos de la regi�n del Tuito, encabezados por Ventura Castill�n, se sublevaron y causaron serios estragos en la comarca. En �sta y en otras partes fue necesaria una r�pida y contundente represi�n para que volviera la paz.
Otros inconvenientes emanados de las medidas adoptadas fueron el aumento del pillaje y del bandolerismo, nutrido de manera muy notable por indios y mestizos que hab�an sido privados de sus �nicas fuentes de subsistencia. Asimismo, creci� sensiblemente el n�mero de despose�dos que se hacinaban en las poblaciones grandes, en pos de limosnas y prestos a respaldar cualquier asonada que implicara saqueo o recompensa.
Como se dijo al ascender los conservadores al gobierno en 1834, lo primero que hicieron fue arremeter contra lo hecho por los liberales anteriormente. Tal fue el caso del Instituto del Estado, que fue suprimido para dar lugar a que se abriera de nuevo la universidad. La ense�anza elemental, por su parte, fue motivo de importantes reformas en Guadalajara por obra de Manuel L�pez Cotilla, a quien el gobernador Escobedo encarg�, en 1837, la conducci�n de la Junta Directiva de Instrucci�n Primaria.
En cambio, cuando los federalistas volvieron al mando en 1846, la educaci�n p�blica recibi� un nuevo impulso. As�, en septiembre de 1847, el gobernador Angulo dio a conocer su Plan General con la finalidad de incrementar y mejorar la instrucci�n. Para 1851 hab�a logrado ya que hubiera 112 primarias oficiales en la entidad, 32 de las cuales estaban ubicadas en Guadalajara. Pero con el advenimiento al poder de Santa Anna y posteriormente con la Revoluci�n de Ayutla y la Guerra de Tres A�os, la ense�anza sufri� graves da�os. De tal manera, en 1860, quedaban en Guadalajara s�lo 19 escuelas p�blicas y, en 1867, al finalizar la guerra contra el imperio de Maximiliano, s�lo subsist�an once.
De acuerdo con el �nimo industrializador, en 1842 se cre� en Guadalajara la Escuela de Artes y Oficios, a efecto de combatir la indigencia y capacitar oficiales en carpinter�a, herrer�a y tejedur�a, estos �ltimos requeridos en especial para los muchos telares que funcionaban en la ciudad y sus contornos.
Aunque durante alg�n tiempo los gobiernos conciliadores de Joaqu�n Angulo y
Jes�s L�pez Portillo mantuvieron funcionando conjuntamente la Universidad y
el Instituto del Estado, en 1853, argumentando penurias econ�micas, el gobierno
los fusion�. Luego, en 1855, Santos Degollado dispuso un cierre a la Universidad
que resultar�a pr�cticamente decisivo, pues la reapertura de 1860 dur� apenas
unos meses.
