Ju�rez se declar� entonces presidente de M�xico y se dirigi� a Guanajuato, mientras que en Jalisco se le reconoc�a la legitimidad y se elaboraba un documento en favor de la Constituci�n de 1857. Adem�s, se promovi� la creaci�n de la Confederaci�n de Estados Coligados que inclu�a, aparte de Jalisco, a Michoac�n, Guanajuato y Zacatecas. Su objetivo era combatir a los golpistas poniendo todos sus recursos bajo las �rdenes de Anastasio Parrodi, quien supl�a a Degollado temporalmente. Dicha confederaci�n sesion� por primera vez en Guadalajara el 18 de enero de 1858 y, despu�s de la salida de Parrodi al frente del ej�rcito liberal, Jes�s Camarena qued� al mando del gobierno.
La ciudad de Guanajuato fue hospitalaria con Ju�rez, pero �ste prefiri� mudarse a la capital de Jalisco atendiendo a la invitaci�n expresa de su gobierno. La comitiva arrib� el 14 de febrero de 1858 y se instal� en el Palacio de Gobierno, convirti�ndose as� Guadalajara en la capital de la naci�n.
A pesar de la confianza que se ten�a en el ej�rcito liberal, a cargo de Parrodi, pronto lleg� la noticia de que el 9 de marzo hab�a sufrido una severa derrota en Salamanca a manos de las tropas comandadas por los generales conservadores Miguel Miram�n y Tom�s Mej�a. El resultado fue un acusado desconcierto entre los liberales jaliscienses, el cual anim� sobremanera a los partidarios tapat�os del Plan de Tacubaya, como el cl�rigo Rafael Homobono Tovar, quien se coludi� con el coronel Antonio Landa, jefe de la Guardia de Honor del presidente, y aprisionaron a �ste junto con sus ayudantes m�s cercanos, el 13 de marzo de 1858. Al d�a siguiente, cuando los liberales atrincherados en los contornos del palacio, encabezados por Miguel Cruz Ahedo, trataron de rescatar a Ju�rez y a sus colaboradores, por poco y sus captores los asesinan. Dice Guillermo Prieto, ministro de Hacienda, que su oportuna intervenci�n evit� la tragedia, al persuadir al batall�n de no disparar contra el presidente y sus acompa�antes, al grito de "los valientes no asesinan".
D�as despu�s, el 20 de marzo de 1858, ante el inminente arribo a Guadalajara de las tropas conservadoras, Ju�rez y su gabinete se trasladaron a Colima. En consecuencia, el ej�rcito conservador del general Luis G. Osollo pudo entrar pac�ficamente a la capital de Jalisco, designando de inmediato a Urbano Tovar para que asumiera la gubernatura.
Los liberales procedieron entonces a fortalecerse en el sur de Jalisco, en tanto que, desde Colima, Benito Ju�rez hac�a diversos nombramientos para enfrentar la dif�cil situaci�n: a Santos Degollado le confiri� el cargo de general en jefe del ej�rcito federal y a Pedro Ogaz�n el de gobernador de Jalisco, estableci�ndose este �ltimo de manera provisional en Zapotl�n el Grande, denominado ya Ciudad Guzm�n.
En aras de instalarse en un lugar mejor comunicado y con mayor posibilidad de disponer de recursos econ�micos, el 14 de abril de 1858, Ju�rez y compa��a se embarcaron en Manzanillo con rumbo a Panam�, para pasar luego a Veracruz, donde asent� su gobierno hasta que pudo retornar a la ciudad de M�xico.
Degollado, entre tanto, el 5 de junio se dio a la tarea de arremeter contra Guadalajara. Logr� apoderarse de algunos edificios p�blicos de la localidad; pero la noticia de que se acercaba Miguel Miram�n al frente de un gran ejercito, hizo que se retirara de nuevo al sur de Jalisco. El 25 de octubre Degollado volvi� a la carga, apoyado por las tropas norte�as de Jos� Mar�a S�nchez Rom�n y Esteban Coronado; finalmente logr� tomar Guadalajara, pas� por las armas a Jos� Mar�a Blancarte, jefe militar de los conservadores, y dej� a Ogaz�n establecido en la ciudad.
Pero, el 14 de diciembre de 1858, las tropas conservadoras, al mando de Miram�n y Leonardo M�rquez, derrotaron a los liberales en las inmediaciones de Poncitl�n y los obligaron a evacuar Guadalajara y tomar nuevamente el camino del sur, hasta donde fueron perseguidos y derrotados el 24 de diciembre. Degollado y Ogaz�n partieron entonces a Michoac�n; donde permanecieron por alg�n tiempo antes de reorganizar sus fuerzas.
Miram�n retorn� a Guadalajara el 30 de diciembre, donde fue recibido con gran j�bilo. Poco despu�s se enter� del levantamiento del general Miguel Mar�a de Echegaray, quien pretend�a conciliar a liberales y conservadores mediante el Plan de Navidad. Miram�n se neg� a secundarlo y acus� a Echegaray de traidor. Por su parte, el 23 de enero de 1859, Mariano Salas, nuevo general en jefe del ej�rcito conservador, decret� el restablecimiento de F�lix Zuloaga como presidente interino. Sin embargo, seis d�as despu�s, �ste declar� que era facultad suya nombrar presidente sustituto y design� a Miram�n como primer magistrado del pa�s. Ogaz�n, por otro lado, tom� Colima el 13 de abril y se adue�� as� del camino a Manzanillo y de los recursos de su aduana.
Entre tanto, en el cant�n de Tepic, financiado por Barr�n y Forbes, Manuel Lozada, adem�s de hostilizar a los competidores de dicha empresa, procedi� en contra de los liberales. Esto dio pie a que Ram�n Corona, a la saz�n empleado de la Casa Casta�os y de la familia G�mez Cuervo, tomara las armas para enfrentarlo.
El gobierno juarista, por su parte, establecido ya en el puerto de Veracruz, expidi� entre el 12 y el 30 de julio de 1859 las llamadas leyes de Reforma que, entre otros puntos, dispon�an la nacionalizaci�n de los bienes eclesi�sticos, la creaci�n del registro civil y la secularizaci�n de los cementerios.
Desde mediados de 1859 hasta marzo de 1860 continuaron los enfrentamientos en Jalisco, hasta que Ogaz�n recuper� en el sur la fuerza suficiente para volver sobre Guadalajara, poni�ndole otra vez sitio el 24 de mayo. Pero de nueva cuenta la proximidad de Miram�n lo hizo replegarse a Zacoalco.
Estando cerca de Sayula tras de los liberales, Miram�n recibi� la noticia de la derrota del general Ram�rez a manos de Jes�s Gonz�lez Ortega en las inmediaciones de Aguascalientes. Miram�n retrocedi� entonces hasta Guadalajara y, de all�, tom� el rumbo de la ciudad de M�xico con �nimo de que los liberales no le ganaran el acceso. Sin embargo, el 10 de agosto fue derrotado en el Baj�o por el propio Gonz�lez Ortega y su tropa lleg� a la capital muy mermada. Mientras, algunos ricos tapat�os, el obispo Espinosa y otros cl�rigos huyeron de Guadalajara en busca de mayor seguridad; y otros prelados, encabezados por el arzobispo de M�xico, Antonio de Labastida, reunieron una fuerte suma de dinero para que Miram�n volviera al ataque.
Por su parte, el ej�rcito triunfador determin� que Guadalajara deb�a ser recuperada antes que otra cosa; para ello, se destac� una fuerte columna al mando de Ignacio Zaragoza, quien se aperson� frente a ella el 26 de septiembre de 1860. M�rquez se abalanz� entonces sobre Guadalajara para ayudar a su defensa, pero tuvo que recular debido a las intervenciones de Epitacio Huerta y Leandro Valle. Ante el inminente triunfo liberal, varios jefes conservadores de Guadalajara optaron por ponerse a las �rdenes de Leandro Valle, mientras que otros prefirieron la huida. Al comenzar noviembre, Ogaz�n pudo establecerse en Guadalajara mientras sus tropas se sumaban al grueso del ej�rcito, encabezado por el general Jes�s Gonz�lez Ortega, para arremeter contra la capital del pa�s. En Calpulalpan, el 22 de diciembre de 1860, el ej�rcito conservador fue vencido por completo y el presidente Benito Ju�rez pudo finalmente asentarse en la ciudad de M�xico.
Entre tanto, el gobernador Ogaz�n se daba en Jalisco a la tarea de aplicar las leyes de Reforma. El 1 de mayo de 1861 comenz� a funcionar el registro civil y se pusieron a la venta los bienes del clero con la consecuente agitaci�n citadina. Junto con otros cuatro obispos, el de Guadalajara fue expulsado del pa�s a causa de su insurrecci�n. Por otro lado, dos focos de rebeli�n capitaneados por Remigio Tovar en Mascota y Manuel Lozada en el cant�n de Tepic, obligaron a movilizar de nuevo a las tropas. Tovar fue sometido con relativa facilidad, pero con Lozada la empresa fracas� por completo.
