Al comenzar 1862, se supo que Francia, Espa�a e Inglaterra preparaban una invasi�n armada a nuestro pa�s por causa de la suspensi�n de pagos dispuesta por el gobierno. Ogaz�n se aprest� a organizar un ej�rcito que se sumara a las tropas nacionales; pero a fin de cuentas tuvieron que afiliarse a las de Ram�n Corona para salir a pelear contra las huestes de Lozada. Por otra parte, Antonio Rojas rehus� ponerse a las �rdenes de Jos� L�pez Uraga. Ogaz�n pidi� entonces auxilio a su colega de Guanajuato, Manuel Doblado, quien asumi� el puesto del gobierno estatal en noviembre por indicaci�n del presidente Ju�rez. Pero tampoco tuvo �xito en poner orden, y dos meses despu�s Ogaz�n se hizo cargo de nueva cuenta hasta que fue sustituido el 26 de junio de ese mismo a�o por el general Jos� Mar�a Alteaga. Como �ste se rode� de notables ciudadanos, entre ellos Jes�s Camarena, Emeterio Robles Gil y Gregorio D�vila, en su inicio fue muy bien aceptado; mas el c�mulo de pr�stamos forzosos que impuso ante la imperiosa necesidad de allegarse fondos acab� por ganarle el repudio general.
Las tropas francesas finalmente tomaron Puebla, localidad de la que hab�an sido rechazadas el a�o anterior, y se posesionaron de la ciudad de M�xico el 10 de junio de 1863. Seis d�as despu�s, una Junta Superior de Gobierno, compuesta por encumbrados personajes de la capital, determin� que un triunvirato formado por Mariano Salas, Juan N. Almonte y el arzobispo Labastida y D�valos gobernara provisionalmente la naci�n. Esta junta dispuso el establecimiento de un r�gimen mon�rquico, cuya corona fue ofrecida al archiduque de Austria, Fernando Maximiliano de Habsburgo, quien se present� en M�xico en junio del a�o siguiente. Dirigieron toda la maniobra, por instrucciones de Napole�n III, el mariscal Federico Forey, jefe del ej�rcito invasor, y el ministro plenipotenciario de Francia en M�xico, Dubois de Saligny.
Asimismo, sendas divisiones del ej�rcito franc�s partieron a posesionarse de Morelia y Guadalajara. El mariscal Francisco Aquiles Bazaine y sus huestes arribaron a la capital jalisciense el 6 de enero de 1864. No hubo enfrentamientos porque Arteaga hab�a abandonado previamente la ciudad, pero tampoco se les dio la bienvenida que esperaban los franceses. Incluso el can�nigo Jos� Luis Verd�a hizo p�blico su repudio con palabras altisonantes.
Aquiles Bazaine organiz� de inmediato un gobierno provisional, encabezado por Mariano Morett, y dej� el mando militar a cargo del coronel Garnier, antes de emprender su regreso a M�xico; entre tanto, algunas figuras importantes del estado, como Jes�s L�pez Portillo, Juan Jos� Caserta y Vicente Ortigosa, entre otros, decidieron engrosar las filas imperiales. El sur de Jalisco, en cambio, se convirti� en refugio de insumisos; mas, a pesar de contar con militares de renombre, como el mismo gobernador Arteaga y Jos� L�pez Uraga, durante los primeros meses de 1864 no lograron causar mayores problemas a las tropas francesas. Quienes las hostilizaron con ah�nco, logrando darles algunos sustos y causarles da�os cuantiosos, fueron algunos bandoleros, como el Chino, la Simona Guti�rrez, y el propio Antonio Rojas.
Lozada, entre tanto, cobr� mayores br�os en favor de los mon�rquicos, facilitando que �stos dominaran completamente el camino de Guadalajara a Tepic y San Blas. A cambio, Maximiliano le concedi� el grado de general y Napole�n III la condecoraci�n llamada Legi�n de Honor.
Pero m�s al norte, en el sur de Sinaloa, Ram�n Corona, nombrado por Ju�rez general en jefe del Ej�rcito de Occidente, logr� ponerle freno lo mismo a la pretensi�n de Lozada de posesionarse del sur de Sinaloa que al ulterior avance de los franceses.
Debido a que L�pez Uraga desert� de las filas liberales a poco de ser nombrado comandante del Ej�rcito del Centro, el presidente Ju�rez design�, en julio de 1864, a Jos� Mar�a Arteaga en su lugar, y �ste al general Anacleto Herrera y Cairo como gobernador y comandante militar de Jalisco, cargos que luego recayeron en Jos� Mar�a Guti�rrez Hermosillo, quien tuvo que abandonar el estado ante el embate de sus enemigos.
En noviembre de 1864, los pocos jefes que quedaban en la entidad se reunieron en la hacienda de Zacate Grullo, cerca de Autl�n, para reorganizarse. Entre ellos estaban Anacleto Herrera y Cairo, Julio Garc�a y Antonio Rojas, quienes acordaron una especie de guerra a muerte contra los invasores y todos aquellos que colaborasen con ellos.
A fines de a�o lograron apoderarse de Ciudad Guzm�n y, m�s tarde, camino de Colima, arrasaron y cometieron infinidad de tropel�as por cuanto pueblo pasaban con la finalidad de allegarse dinero y v�veres. Mas no lograron su fin. Rojas muri� a manos del capit�n franc�s Berthelin en enero de 1865, y poco despu�s Anacleto Herrera y Cairo y Manuel Echegaray terminaron por deponer las armas ante la superioridad del enemigo. De cualquier manera, no faltaron guerrilleros que con sus ataques ocasionales y sorpresivos impidieron a los franceses dominar impunemente toda la ruta de Guadalajara a Manzanillo.
No obstante sus triunfos, la organizaci�n administrativa y gubernamental del Imperio en el departamento de Jalisco no lograba establecerse bien, como lo muestra el constante cambio de prefectos habido entre 1864 y 1865. Con la modalidad imperial, el Estado Libre y Soberano de Jalisco se hab�a transformado en varios de los cincuenta departamentos en que se dividi� el Imperio Mexicano. Asimismo, se crearon ocho grandes comisar�as imperiales. A Guadalajara le correspondi� encabezar la cuarta de ellas y Jes�s L�pez Portillo qued� al cuidado del desarrollo y la buena administraci�n "de los siete departamentos a su cargo". Otro baluarte del Imperio lo fue el prelado Pedro Espinoza y D�valos, quien hab�a vuelto a principios de 1864 estrenando el t�tulo de arzobispo de Guadalajara, que le hab�a concedido P�o IX para fortalecerlo.
Hacia septiembre de 1865, la legislaci�n imperial se endureci� contra los republicanos y castig� con severidad no s�lo a quienes peleaban contra las autoridades, sino tambi�n a quienes simplemente se negaran a colaborar con las tropas del emperador. A pesar del triunfalismo de El Imperio, el peri�dico oficial en Jalisco, dicha disposici�n era un s�ntoma de que las circunstancias comenzaban a ser mejores para los republicanos, como se hizo patente cuando surgieron problemas en Europa; adem�s, el mal resultado obtenido hasta el momento y lo costoso que estaba resultando la aventura obligaron a los franceses a retirar algunos efectivos de M�xico.
Nuevos pronunciamientos en favor de la Rep�blica surgieron por doquier, destacando en Jalisco el del coronel Miguel Brizuela, quien se adue�� de la sierra de Tapalpa. A su vez, por disposici�n de Ram�n Corona, algunas partidas comandadas por Donato Guerra, Eulogio Parra y Francisco Tolentino penetraron en Jalisco procedentes de Sinaloa. Favoreci� su tr�nsito el hecho de que Lozada, presintiendo el fin de Maximiliano, proclam� su Acta de Neutralidad y se qued� al margen de los ulteriores acontecimientos.
Una columna de franceses que sali� de Guadalajara hacia Ciudad Guzm�n para apoyar a la guarnici�n de este lugar, amenazada por Brizuela, fue interceptada y derrotada completamente por las fuerzas del general Eulogio Parra el 18 de diciembre de 1866, en las inmediaciones de la hacienda de La Coronilla, cerca de Acatl�n.
Con este triunfo, los liberales se convirtieron en due�os absolutos del sur de Jalisco y provocaron la huida apresurada de las autoridades imperiales establecidas en Guadalajara. Parra orden� al general Guadarrama ocupar de inmediato la capital jalisciense y preparar el recibimiento de Ram�n Corona, al frente de una tropa ordenada y respetuosa.
Corona nombr� gobernador de Jalisco a Antonio G�mez Cuervo, lo cual fue muy
bien recibido en virtud de su reconocida honradez. Mientras tanto, el Ej�rcito
de Occidente se sum� a los sitiadores de Quer�taro, donde Maximiliano y sus
principales jefes ofrecieron la �ltima resistencia hasta el 15 de mayo de 1867.
La Rep�blica qued� as� restaurada con base en la Constituci�n de 1857 y las
Leyes de Reforma, habiendo sido Benito Ju�rez el orquestador y gu�a indiscutible
de la gran resistencia nacional.