G�mez Cuervo emprendi� su gesti�n con �nimo sumamente conciliatorio, pero los problemas se le presentaron en cuanto empez� a tomar en cuenta lo estipulado por la legislaci�n ahora vigente: confirmar la validez de las operaciones de nacionalizaci�n y desamortizaci�n de las propiedades eclesi�sticas efectuadas en 1861 y 1862, asumir el control de los cementerios y prohibirle al clero pedir limosna sin su autorizaci�n. En consecuencia, surgieron nuevos brotes de rebeld�a, mas la noticia de la captura de Maximiliano y luego de su fusilamiento calmaron los �nimos. Incluso Lozada se manifest� sumiso al gobierno republicano en julio de ese a�o. Ju�rez, por su parte, dispuso el 7 de agosto la creaci�n del distrito militar de Tepic, dependiente en forma directa del presidente de la Rep�blica, con lo cual quedaba Lozada protegido de las arremetidas y venganzas de los dirigentes de Jalisco y apaciguados los secesionistas de Tepic.
El 14 de agosto de 1867 se lanz� la convocatoria para renovar los poderes ejecutivos de la federaci�n, del estado y del Congreso local, lo que dio lugar a la formaci�n de dos grupos principales. Uno de ellos, la Uni�n Liberal, apoyaba a Ignacio L. Vallarta para gobernador; el otro, conocido como el Club Republicano Progresista, agrupaba a los liberales m�s identificados con Ram�n Corona y sosten�a al propio G�mez Cuervo, quien a la postre result� ganador y tom� formal posesi�n el 8 de diciembre de 1867.
G�mez Cuervo se manifest� a favor de un desarrollo del comercio y la industria que diera mayor impulso tanto al campo como a la ciudad; prometi� castigar severamente a quienes atentaran contra el orden p�blico y critic� con dureza el fanatismo religioso, al que se propuso combatir mediante la creaci�n de una vasta red de escuelas en las que imperara el criterio cient�fico.
En otro �mbito, Benito Ju�rez fue reelecto como presidente de la Rep�blica por voto mayoritario del Congreso; pero qued� entre dos bandos antag�nicos surgidos de las propias filas liberales: uno encabezado por el mismo vicepresidente Sebasti�n Lerdo de Tejada y el otro por el general Porfirio D�az.
En Jalisco, esta situaci�n result� en favor de la Uni�n Liberal que no dej� de hostigar a G�mez Cuervo, descalificando en general su pol�tica y acus�ndolo de ser el causante principal del caos hacendario, del bandolerismo y de la miseria reinante. Pidi� incluso esta agrupaci�n al Congreso federal que G�mez Cuervo fuera desconocido como gobernador, pero dicha asamblea se declar� incompetente para resolver el caso. No obstante, los ataques no cejaron, encabezados por el propio Vallarta que, primero como diputado federal y luego como ministro de Gobernaci�n, escribi� buen n�mero de art�culos sobre el tema en El Monitor Republicano de la capital.
A causa del bandolerismo imperante, el Congreso de Jalisco aprob� la pena de muerte a todo aquel que fuera sorprendido en actos delictivos. Esta medida fue bien vista en un principio, pero a largo plazo le acarre� serios problemas al gobierno estatal. El gobernador, por ejemplo, por ordenar su cabal cumplimiento, fue removido y sometido a juicio por el Congreso de la Uni�n. La oportuna intervenci�n de los partidarios de G�mez Cuervo ante el vicepresidente Lerdo de Tejada y el apoyo que consiguieron de �ste ayudaron para que se le exonerara de los cargos y pudiera recuperar su puesto. En consecuencia, el propio Vallarta se vio obligado a renunciar al Ministerio de Gobernaci�n en septiembre de 1868.
G�mez Cuervo se tom� un tiempo para volver; pero en cuanto lo hizo, el 15 de febrero de 1869, se reanudaron los conflictos. S�lo que en esta ocasi�n se sumaron a los ataques de la Uni�n Liberal, los alzamientos de Trinidad Garc�a de la Cadena contra Ju�rez en Zacatecas y, a principios de 1870, la revuelta de Eufrasio Carre�n en el sur de Jalisco, quien abander� el Plan de Sayula, que rechazaba al gobernador. Gracias a la actuaci�n del general S�stenes Rocha, se evit� que Garc�a de la Cadena se adue�ara de Guadalajara; finalmente fue derrotado por completo cerca de Tamazula, el 22 de febrero de 1870, y Carre�n convencido de que aplazara su protesta. Pero nuevos problemas surgieron de inmediato para G�mez Cuervo, pues la nueva legislatura estatal, instalada el 9 de abril de 1870, qued� compuesta mayoritariamente por simpatizantes de Vallarta. Entre otras cosas, a principios de junio, una comisi�n de diputados le pidi� que aclarara las condiciones de las finanzas p�blicas. Ante la negativa del mandatario, so pretexto de haber terminado el periodo ordinario de sesiones del Congreso, la asamblea procedi� a desconocerlo y nombrar en su lugar a Jes�s L. Camarena.
G�mez Cuervo hizo caso omiso y se mantuvo adjudic�ndose facultades extraordinarias, de modo que la discrepancia entre el ejecutivo del estado y los diputados lleg� hasta la capital del pa�s en busca de apoyo presidencial. Vallarta y Ferm�n Gonz�lez Riestra ped�an a toda costa la destituci�n de G�mez Cuervo, mientras que Alfonso Lancaster Jones y Jos� Mar�a Vigil lo defend�an. G�mez Cuervo continu� en el poder gracias al respaldo que le brind� la gran mayor�a de los ayuntamientos del estado, pero su mandato lleg� a su fin sin que hubiera lanzado la convocatoria para nuevas elecciones. Aurelio Hermoso —nombrado gobernador interino por el Congreso— design� a Camarena como suplente mientras se celebraba el sufragio, que fue convocado para principios de mayo. G�mez Cuervo, a fin de cuentas, abandon� Jalisco cuando Corona recibi� instrucciones de M�xico de que respaldara a Camarena.
En los comicios, la Uni�n Liberal apoy� a Emeterio Robles Gil, el Club Jalisciense propuso a Rafael Jim�nez y el general Ram�n Corona y sus seguidores postularon a Ignacio L. Vallarta. Este �ltimo result� electo no sin que se hubiesen presentado algunas irregularidades y hechos violentos durante la votaci�n; no obstante, el 28 de septiembre de 1871 asumi� formalmente la gubernatura en una situaci�n muy incierta.
El 8 de noviembre de 1871 Porfirio D�az se levant� en armas contra Ju�rez promulgando el Plan de la Noria, el cual encontr� muchos adeptos en Jalisco. Al terminar el a�o, por Atotonilco, Ahualulco y Tototl�n hab�a ya grupos en franca rebeli�n, pero D�az no pudo convencer al cabecilla Manuel Lozada de que se sumara a su lucha. Gracias a pr�stamos voluntarios o forzosos de los acaudalados tequileros, el gobierno de Vallarta pudo formar un ej�rcito que, a partir de febrero de 1872, a las �rdenes de Ram�n Corona, infligi� las primeras derrotas a los insurrectos en suelo jalisciense.
Porfirio D�az se traslad� a Jalisco, donde permaneci� oculto en espera de encontrar m�s seguidores. Se asegura que el Plan de Ameca, promulgado el 3 de abril de 1872 en dicha poblaci�n, fue obra de �l mismo, pues era esencialmente igual al Plan de la Noria. D�az intent� entonces pactar de nuevo con Lozada, pero el l�der ind�gena no le hizo caso.
As� las cosas, el 18 de julio de 1872 falleci� el presidente Benito Ju�rez y desapareci� el motivo principal de la revuelta. Sebasti�n Lerdo de Tejada asumi� el cargo y procedi� de inmediato a amnistiar a los rebeldes, con excepci�n de D�az, al tiempo que lanzaba la convocatoria para elegir mandatario.
Desde su creaci�n, en 1867, el distrito militar de Tepic hab�a conservado una relativa calma; sin embargo, en agosto de 1868 casi todos los ayuntamientos y pueblos del cant�n de Tepic hicieron la petici�n formal al Congreso de la Uni�n de separarse de Jalisco y, m�s tarde, en octubre, una segunda.
Durante 1869, Lozada, quien se hab�a erigido en la mayor autoridad de esa regi�n, se ocup�, junto con su colaborador m�s cercano, Domingo Nava, de restituir a los indios las tierras que les hab�an quitado los terratenientes, lo que dio ocasi�n a que peri�dicos tapat�os y de la ciudad de M�xico lo atacaran duramente, argumentando que sus acciones eran contrarias a la ley y que pretend�a incluso crear la "Rep�blica de Occidente". Despu�s de la muerte de Ju�rez, el gobierno federal le retir� su protecci�n y m�s bien fue azuzado por Lerdo. De manera que, el 17 de enero de 1873, Lozada, a pesar de no estar tan convencido como sus seguidores, lanz� su Plan Libertador en el que conminaba a todos los despose�dos del pa�s a tomar las armas.
El 24 de enero, cinco mil rebeldes se dirigieron rumbo a Mazatl�n y tres mil m�s hacia Zacatecas. Lozada, por su parte, se puso al frente de un contingente mayor y march� sobre Tequila con miras a tomar Guadalajara.
El general Ram�n Corona, m�xima autoridad militar en Jalisco, sali� a combatir al enemigo y lo venci� en un predio conocido como La Mojonera, en Zapopan, el 28 de enero de 1873. Tambi�n fue derrotada en Rosario la columna que pretend�a apoderarse de Mazatl�n, y las huestes encabezadas por Dionisio Alamillo se retiraron sin pelear antes de llegar a Zacatecas. El acoso a Lozada esta vez s� tuvo �xito; fue capturado cerca de Tepic el 19 de julio de 1873 y ejecutado poco despu�s.
Aunque los rebeldes del Nayar no se apaciguaron por completo con la derrota de el Tigre de Alica, se pas� a vivir una cierta calma en el resto del estado; de este modo, la atenci�n se centr� de nuevo en el gobernador Vallarta y en sus desavenencias con Lerdo de Tejada, quien, por cierto, mantuvo al distrito militar de Tepic separado de Jalisco. Pronto se manifest� tambi�n una abierta oposici�n a las disposiciones hacendarias del gobierno, avivadas por agrias criticas de peri�dicos tapat�os como La Prensa Libre, Juan Panadero y El Jud�o Errante.
El problema m�s serio que enfrent� Vallarta y que lo oblig� a solicitar una licencia para separarse temporalmente del cargo, tuvo lugar despu�s de las elecciones de noviembre de 1873 para diputados y alcaldes, cuando fue acusado de fraude y abuso de autoridad ante el Congreso de la Uni�n. A fin de cuentas, las imputaciones fueron declaradas improcedentes y el mandatario sali� fortalecido.
Pero en septiembre de 1874, cuando se public� la convocatoria para elegir gobernador, las incriminaciones arreciaron. Esta vez se le imputaba haber promovido que Corona dejara la jefatura militar de Jalisco cuando fue nombrado ministro plenipotenciario de M�xico en Espa�a. Corona retorn� al pa�s diez a�os despu�s con amplias posibilidades de aspirar a la presidencia de la Rep�blica, pero a Vallarta s� le afect� que Corona se marchara. Efectuados los comicios con un abstencionismo enorme, result� electo el vallartista Jes�s Leandro Camarena, quien tom� posesi�n el 1 de marzo de 1875; sin embargo, los lerdistas fueron compensados con la llegada del general Jos� Ceballos, en abril de 1875, como nuevo comandante militar del estado.
Otro enfrentamiento se produjo en diciembre de 1875 cuando lleg� el momento de elegir diputados. La junta escrutadora dio el triunfo a los vallartistas, pero los lerdistas, respaldados ahora por Ceballos, argumentaron fraude electoral e instalaron una C�mara paralela. El conflicto lleg� hasta los m�s altos niveles, pero fue relegado por causa de otro pronunciamiento de Porfirio D�az, en diciembre de 1875, enarbolando el Plan de Tuxtepec. D�az acusaba ahora a Lerdo de malversar los fondos p�blicos y pretender perpetuarse en el poder. Reiteraba tambi�n que se estableciera el precepto de "No Reelecci�n".
En Jalisco, Donato Guerra respald� a D�az en Lagos y Teocaltiche; por tanto, el gobierno federal dispuso que Ceballos declarase en estado de sitio a la entidad y asumiese su mando pol�tico, dejando a Camarena y dem�s vallartistas fuera de la jugada, lo que provoc� nuevos alzamientos en favor de los "tuxtepecanos". Tal fue el caso de Pedro A. Galv�n, en Ahualulco. El gobernador protest� en�rgicamente por el atropello en el Senado de la Rep�blica —restaurado desde 1873—, donde se acord� que tan pronto cesara el problema se nombrar�a un nuevo dirigente para Jalisco. Mientras tanto, en abril de 1876, las tropas de Donato Guerra fueron derrotadas por completo, Galv�n fue aprehendido y se sofoc� aparentemente la rebeli�n en la entidad.
Lerdo parec�a ser el triunfador, cuando repentinamente Jos� Mar�a Iglesias,
presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Naci�n, declar� nulas las elecciones
de octubre de 1876, se proclam� presidente provisional y se encamin� a Guanajuato
para defender desde ah� su causa. Estos acontecimientos originaron una confusi�n
tal que muchas tropas lerdistas acabaron apoyando la rebeli�n de Tuxtepec, como
fue el caso del general Francisco Tolentino, en Tepic. Por su parte, Garc�a
de la Cadena se puso del lado de Iglesias, mientras Ceballos se manten�a fiel
a Lerdo. Finalmente, el 16 de noviembre de 1876, el ej�rcito del gobierno fue
derrotado en Tecoac, lo que caus� la huida del presidente Lerdo de la capital
del pa�s. Ceballos se adhiri� entonces a Iglesias, quien se reuni� m�s tarde
con �l en Guadalajara, creyendo poder enfrentar aqu� al ej�rcito de D�az. Mas
al ver la superioridad del enemigo, ambos partieron rumbo a Manzanillo para
embarcarse hacia los Estados Unidos. Crisp�n S. Palomares qued� al frente de
Jalisco, pero Porfirio D�az le orden� el 8 de enero que regresara inmediatamente
el mando a Jes�s L. Camarena, quien convoc� a los diputados y todos juntos reconocieron
a D�az como presidente provisional de la Rep�blica. Al mes siguiente se realizaron
elecciones y D�az result� formalmente electo para concluir el periodo de cuatro
a�os que hab�a comenzado el 1 de diciembre anterior.
