Recién llegado al poder, en mayo de 1887, Ramón Corona expidió un Reglamento para la Instrucción Primaria y creó escuelas nocturnas para adultos. Más tarde, en 1889, expidió la Ley Orgánica de Instrucción Pública, que dividió la educación oficial en tres niveles: primaria u obligatoria, secundaria o preparatoria y profesional o superior.
Ese mismo año se llevó a cabo el Primer Congreso Nacional de Instrucción en la capital del país, con la finalidad de unificar programas; Luis Pérez Verdía, presidente de la Junta Directiva de Estudios, asistió con la representación de Jalisco. Luego se celebró otro, en febrero de 1891, que pretendía mejorar la preparación de los maestros. Esto dio como fruto la creación de la Escuela Normal de Jalisco, el 1 de noviembre de 1892, gracias al entusiasmo de un grupo encabezado por Enrique C. Rébsamen, y desde enero de 1893, la reorganización de los planteles oficiales de enseñanza primaria con arreglo al funcionamiento de la escuela práctica anexa a la Normal. Además, en junio de ese año, se creó la Dirección de Instrucción y Beneficencia Pública.
Corona promovió también una reestructuración a fondo de la educación superior, que hizo cursar la carrera de medicina en cinco años y la de farmacia en cuatro, equipándose a la escuela con bibliotecas, anfiteatros y laboratorios. Además, la enseñanza se dividió en dos secciones: que se recibiría en las aulas y otra en el Hospital de Belén a manera de práctica.
La Escuela de Jurisprudencia, en cambio, no fue objeto de grandes reformas y su población escolar se mantuvo más estable. En la Ley Orgánica de 1889 se dispuso que dichos estudios duraran seis años. Funcionó también en Guadalajara una Escuela de Jurisprudencia de la Sociedad Católica.
Un tercer establecimiento de educación superior en Guadalajara fue la Escuela de Ingenieros, donde se seguían carreras de ingeniero electricista, topógrafo y geógrafo; pero el número de matriculados fue mínimo y su presupuesto mayor al de la Escuela de Jurisprudencia, lo que dio lugar a su cierre en 1896.
La Escuela de Artes y Oficios, motivo de interés especial por parte de Ramón Corona, continuó mantenida por el erario, aunque obtenía algunos ingresos adicionales con la venta de objetos que ahí fabricaban.
Durante la administración de Corona hubo importantes reformas educativas y aumentó el número de alumnos; sin embargo, al iniciar el gobierno de Luis C. Curiel se observó un cierto descenso. Comoquiera, a partir de 1903 nuevos bríos se dejaron sentir en el ramo educativo, llegando la población escolar a 50 mil alumnos.
En 1894 se reorganizaron a fondo los liceos y se estableció un ciclo de cinco años. El de varones preparaba para las carreras profesionales existentes y en el de niñas se cursaban las carreras de normal, telegrafista y contador. Asimismo, se modificó la Ley Orgánica de la Enseñanza de la Medicina, dictada por Pedro A. Galván en 1891, al incluir los estudios para dentista, partera y enfermera, con duración de dos años.
En 1903 el coronel Miguel Ahumada emitió una nueva Ley Orgánica que dividió la educación oficial en tres secciones: primaria, secundaria y profesional. Dispuso además la clausura del Liceo de Niñas, quedando únicamente el Liceo de Varones como institución de segunda enseñanza, mismo que tomó el nombre de Liceo del Estado. Al suprimirse el plantel educativo para niñas, las dos normales se fusionaron en una sola; había, además, otras dos instituciones particulares formadoras de docentes incorporadas al gobierno: la Escuela Normal Católica y el Instituto Colón.
Debido al carácter prioritariamente comercial de Guadalajara y queriendo llenar el vacío que dejó la clausura del Liceo de Niñas, el gobernador Ahumada decidió, en 1906, la creación de la Escuela Comercial e Industrial para Señoritas, que años más tarde preparó también auxiliares de farmacia. Aunque esta escuela matriculó en su año de apertura 284 alumnas, para 1909 estaban inscritas sólo 260.
Los maestros empezaron a asociarse para mejorar su papel en la sociedad. En
1905 se fundó la Sociedad Cooperativa de Profesores y Empleados de Instrucción,
donde los docentes depositaban un porcentaje de su sueldo y accedían a préstamos
y pequeñas utilidades. Un hecho importante registrado en septiembre de 1910,
en la celebración del centenario de la Independencia, fue el Primer Congreso
Pedagógico Jalisciense, donde se hizo explícita la preocupación por "mejorar
la raza indígena" y organizar las escuelas primarias.
