Fue la concertaci�n de diversos grupos lo que permiti� a Vadillo ser gobernador; sin embargo, a mediados de junio de 1921 se hizo patente la ruptura del grupo encabezado por Jos� G. Zuno y los miembros del Partido Liberal Jalisciense con el mandatario tras la destituci�n del presidente municipal de Guadalajara, Alfredo Romo, y la designaci�n para diferentes puestos administrativos de personas ajenas al medio pol�tico de la entidad. La secuencia de conflictos termin� el 14 de febrero de 1922, cuando el Congreso desafor� al gobernador. Vadillo solicit� un amparo, mas le fue negado a causa de las presiones zunistas. El 18 de marzo Antonio Valadez Ram�rez fue nombrado gobernador interino por la legislatura local.
Su primer acto fue promover a Luis C. Medina, amigo de Zuno, para presidir el ayuntamiento de Guadalajara; pero la actitud tolerante de Medina con los grupos socialistas que se manifestaban en la v�a p�blica, causando disturbios y chocando con las organizaciones cat�licas, ocasion� pronto su destituci�n. El propio Zuno ocup� entonces el cargo, perfil�ndose as� para el ulterior ascenso a la gubernatura.
En abril de 1922 hab�a tenido lugar en Guadalajara el Congreso Nacional Obrero, presidido por el arzobispo Francisco Orozco y Jim�nez, cuya celebraci�n autoriz� el mism�simo presidente. Tal actividad, junto a la realizaci�n de otros encuentros de obreros cat�licos, fortaleci� sobremanera la influencia clerical en los asuntos laborales, provocando algunos choques entre trabajadores cat�licos y "rojos". Los primeros ser�an apoyados por el empresariado, mientras que los �ltimos, principalmente por las autoridades estatales y los intelectuales que hab�an constituido el Centro Bohemio, que se hab�an convertido ya en aut�nticos rectores de la pol�tica local.
Zuno obtuvo un triunfo abrumador en las elecciones celebradas en noviembre de 1922, y asumi� el cargo el 1 de marzo siguiente en medio del entusiasmo general. No obstante, la unidad termin� abruptamente cuando lleg� el momento de elegir candidato a la presidencia de la Rep�blica, ya que Plutarco El�as Calles y Adolfo de la Huerta se repart�an las simpat�as en Jalisco.
En septiembre de 1923, De la Huerta renunci� al Ministerio de Hacienda para levantarse en armas, mientras que en Jalisco Enrique Estrada, su partidario, tomaba r�pidamente Guadalajara en abierta rebeld�a contra el presidente Obreg�n y el gobernador Zuno, al tiempo que �ste abandonaba la ciudad, dejando claramente establecida su filiaci�n obregonista.
A fin de cuentas, las fuerzas gubernamentales impusieron el orden y el 12 de febrero de 1924 instalaron nuevamente a Zuno en el Palacio de Gobierno. Por su parte, Estrada y De la Huerta huyeron a Estados Unidos, pero Manuel M. Di�guez fue capturado y pasado por las armas en Chiapas. Cabe destacar que, para salir triunfante, Obreg�n cont� con el auxilio de unos 10 mil agraristas.
No obstante, la victoria obregonista no trajo la tranquilidad a Jalisco, sobre todo porque el triunfante gobierno de Plutarco El�as Calles buscar�a el control completo de las entidades federativas. Varias organizaciones obreras dar�an su apoyo incondicional al gobernador, ayud�ndole a enfrentar los ataques del centro y de la propia CROM
.
En favor de los intereses gremiales, Zuno hab�a expedido el 31 de julio de 1923 la Ley del Trabajo del Estado de Jalisco, tendiente a reglamentar las relaciones obrero-patronales y el derecho de huelga. Asimismo, hab�a promovido la creaci�n de una nueva central obrera, tras la escisi�n de los sindicatos jaliscienses adheridos a la CROM
. As�, en septiembre de 1924, se form� un nuevo organismo, encabezado por Esteban Loera, que fue denominado Confederaci�n de Agrupaciones Obreras Libertarias de Jalisco (CAOLJ
).
El sindicalismo clerical estaba derrotado y ahora sobrevendr�a la pugna abierta de los "rojos" de la CAOLJ
con los "amarillos" de la CROM
. Esta �ltima contar�a con el benepl�cito de Calles y ser�a pr�cticamente dirigida por el ministro de Industria, Comercio y Trabajo, Luis N. Morones, mientras que la CAOLJ
estrechar�a lazos con la corriente obregonista, representada por Zuno.
Durante su gesti�n, Zuno procur� acelerar el reparto agrario. Sin embargo, en la mayor�a de los casos la tierra repartida era poco f�rtil, a lo que se sumaba la falta de riego y aperos de labranza, con lo que la situaci�n de los campesinos continu� siendo en verdad cr�tica.
Algunas disposiciones de Zuno en materia religiosa causaron irritaci�n entre importantes sectores de la poblaci�n, como lo fue prohibir que se reunieran agrupaciones de filiaci�n cat�lica. La situaci�n se agrav� cuando el presidente Obreg�n expuls� otra vez del pa�s a Orozco Jim�nez, en mayo de 1924, porque �ste no se aven�a a la idea obregonista de que contemporizaran la Iglesia y el Estado. Aparecieron entonces algunos brotes armados en Mazamitla y Sayula, haci�ndose necesario el desplazamiento del general L�zaro C�rdenas, jefe de operaciones militares en el estado, para imponer el orden.
En 1924 se propuso la reorganizaci�n de la educaci�n primaria conforme a los postulados del nacionalismo educativo y los principios de la llamada "escuela de acci�n", lo que mereci� tambi�n el repudio de la jerarqu�a eclesi�stica, que no dej� de azuzar a la feligres�a en contra de tales preceptos.
La pol�tica de Obreg�n respecto a las relaciones con la Iglesia no sirvi� de ejemplo a Calles. �ste, desde que tom� posesi�n, manifest� su claro deseo de "limitar los poderes de la Iglesia y la amplitud de su acci�n social", promoviendo la expedici�n y aplicaci�n de los requerimientos correspondientes a las leyes constitucionales del caso.
El gobernador Zuno, por su parte, no obstante sus conflictos con Calles, no vacil� en seguir su pol�tica anticlerical, con lo que se aviv� en Jalisco el enfrentamiento entre el gobierno y la Iglesia, aun antes de que el presidente Calles decidiera poner en vigor a rajatabla las leyes de 1917.
Lo anterior propici� que se organizara el Comit� de Defensa Religiosa a finales de 1924, encabezado por Anacleto Gonz�lez Flores. A principios de 1925, convertido en Uni�n Popular, emiti� un comunicado exhortando a una conducta firme, en�rgica y valiente para afrontar la persecuci�n religiosa. En febrero de ese mismo a�o, tuvo lugar en la ciudad de M�xico un intento por crear la llamada Iglesia Cat�lica Apost�lica Mexicana. A pesar de que result� fallido, sirvi� para que varias asociaciones cat�licas se cohesionaran y el 9 de marzo dieran forma a la Liga Nacional para la Defensa de la Libertad Religiosa (LNDLR
), que incit� abiertamente a pugnar por la derogaci�n de los art�culos constitucionales que lesionaban los intereses de la Iglesia. En Jalisco, Anacleto Gonz�lez Flores qued� como su delegado.
Frente a la actitud de Zuno en favor de que se cumplieran las leyes en materia religiosa, la liga llev� a cabo en Guadalajara un gran mitin de protesta por la "obra opresora del ejecutivo jalisciense". M�s tarde, en agosto, reclam� airadamente a Calles los atropellos a la Iglesia. Iba prepar�ndose as� el terreno para la gran revuelta cristera, prueba de ello es que a mediados de 1925, Juan J. Jim�nez y Victoriano Ram�rez, el Catorce, ya se hab�an insurreccionado en San Miguel el Alto.
Motivo fuerte de resentimiento por parte del clero fue la fundaci�n de la Universidad
de Guadalajara, el 12 de octubre de 1925, ya que el Estado asum�a con ello un
mayor control de la educaci�n superior. Para echar a andar la nueva casa de
estudios, Zuno reuni� a un buen n�mero de intelectuales que hab�an pertenecido
al Centro Bohemio, todos concordantes con la idea de "poner la cultura al alcance
del pueblo". Poco antes de su inauguraci�n, el 25 de septiembre, el gobernador
decret� la primera Ley Org�nica de la Universidad de Guadalajara, al tiempo
que designaba como su primer rector a Enrique D�az de Le�n.