La distancia geogr�fica con la metr�poli virreinal dificultaba la cabal aplicaci�n de las disposiciones tomadas por las autoridades de Nueva Espa�a. Reiteradamente, los distintos grupos sociales aplicaron la ley con gran demora y lentitud, o conforme al crecimiento de los intereses particulares, sobre todo en lo tocante a los derechos de los ind�genas y a las concesiones de explotaci�n de los recursos naturales.
Las figuras de gobierno, eclesi�sticas, militares y civiles que primero se establecieron en la regi�n estuvieron ligadas a los procesos de pacificaci�n y evangelizaci�n de las comunidades ind�genas, recientemente demarcadas por las misiones o por la dotaci�n de nuevas tierras para su asentamiento en la cercan�a de centros de producci�n o de las fronteras ind�genas a�n no pacificadas. As�, al teniente de capit�n general correspond�an todos los asuntos de guerra y, como proveedor, el mantenimiento y conservaci�n de todos los indios reducidos. Deb�a visitar su jurisdicci�n para verificar su estado, nombraba un capit�n protector en cada pueblo, a quien encargaba el cuidado de los ind�genas as� como el reparto de carne y ma�z que se les daban por mandato real. Sin embargo, el cargo de protector de las fronteras chichimecas debi� traer buenos beneficios personales, ya que en lugares de la mayor importancia por su numerosa poblaci�n ind�gena, como el Valle de Tlaxcalilla y Mexquitic, para la d�cada de 1630 no inclu�a salario.
Del teniente de capit�n general de San Luis Potos� y fronteras chichimecas depend�an los alcaldes mayores de San Miguel el Grande, Quer�taro, San Luis de la Paz, Guadalc�zar, el capit�n protector del R�o Verde, la justicia mayor de San Sebasti�n Agua del Venado y su protector. Desde 1594 hubo dos diputados elegidos entre los mineros por el alcalde mayor, y tambi�n se eleg�a un alcalde de la Santa Hermandad.
Estas formas de autoridad contribuyeron al establecimiento de instrumentos de administraci�n, justicia, conciliaci�n o beneficencia; entre ellos, el dep�sito del ma�z que se cre� bajo el gobierno del alcalde mayor Mart�n de Mendalde y que permiti� controlar los precios e impedir que los mercaderes lo alzaran excesivamente. Destaca tambi�n la fundaci�n del convento y hospital de San Juan de Dios, en 1611, por petici�n y donativos de Juan de Zavala, en donde se pod�an curar gratuitamente los enfermos pobres de las minas, tanto espa�oles como ind�genas.
Estas autoridades contribuyeron a la acelerada fundaci�n de nuevos poblados —en donde el clero tuvo un papel preponderante— sin embargo, se encontraban muy lejos de establecer el control que hubieran deseado: regular la principal actividad econ�mica, la miner�a, y dirimir en lo concerniente a la disputa por el territorio.
