No s�lo en materia civil —entre ind�genas y espa�oles, o en el interior de sus propios conglomerados— hab�a disputas que sobrepasaban el poder de las autoridades locales, sino tambi�n en el terreno de las jurisdicciones administrativas: entre la audiencia de M�xico y la de Guadalajara, o en el interior de una misma audiencia, entre los alcaldes mayores. La disputa tambi�n se daba en las jurisdicciones religiosas entre el obispado de Michoac�n, el de M�xico y el de la Nueva Galicia, as� como entre las �rdenes religiosas. Por ejemplo, hasta 1603 los franciscanos trataron de impedir el establecimiento de los agustinos en el pueblo de San Luis, a pesar de que eran ministros en la lengua de los habitantes de San Miguel de la Sant�sima Trinidad, Santiago y San Sebasti�n, todos ellos de origen tarasco.
La jurisdicci�n sobre el Valle de San Francisco fue otra disputa muy acalorada entre las justicias de San Luis y de San Felipe. Lo mismo sucedi� con la jurisdicci�n del R�o Verde, entre Quer�taro y San Luis que, para 1600, era ya de San Luis, sin contradicci�n. Tambi�n se movi� pleito con la audiencia de Nueva Galicia por la jurisdicci�n de Sierra de Pinos; a pesar de los alegatos, las minas quedaron bajo la jurisdicci�n de la Nueva Galicia.
A principios del siglo XVII, como se desprende de la documentaci�n
de la �poca, todav�a no se fijaban los l�mites de la Provincia de San Luis;
tocaba, s�, al sur con los pueblos de Conc�, Puxinquia y Alpujarra, de indios
guazancores y samues. A mediados del siglo XVII, concretamente
en 1664,
corr�a y se entend�a el territorio y jurisdicci�n de las fronteras desde el pueblo de San Juan del R�o y r�o de �l hacia la ciudad de San Luis Potos�, seg�n la regulaci�n de los correos que se despachaban por cuenta de Su Majestad; porque desde M�xico hasta San Juan del R�o se les regulaba a veinte leguas, y de all� en adelante a quince, por reputarse desde all� las Chichimecas, como verdaderamente lo eran, y prosegu�an hasta la frontera de San Sebasti�n del Venado; siendo t�rmino y lindero de ellas por la parte del norte y hasta el oriente, Guadalc�zar y R�o Verde, desde donde segu�an m�s de ochenta leguas, hasta llegar a la vista de R�o Blanco, cordillera de Tampico.
Entre las querellas m�s frecuentes —las que suced�an entre espa�oles e indios— , podemos relatar el caso, por tratarse de uno caracter�stico, de los ind�genas negritos y guachichiles reducidos en Agua del Venado. Continuamente eran hostilizados por los espa�oles que, adem�s de disputarles las tierras, los despojaban de los bastimentos de ma�z, carne y sal que se les enviaban por cuenta del real haber tanto para ellos como para los religiosos. Introduc�an en sus sementeras caballos y mulas, entraban a cualquier hora a sus casas a molestar a sus mujeres e hijas. Adem�s, hab�a s�lo un ojo de agua, de cuyos beneficios tambi�n los despojaron. Esto provoc� que los ind�genas se alzaran, abandonaran la doctrina y se fueran unos al Agua de la Hedionda y otros al valle de San Antonio.
