El capit�n Gabriel Ortiz de Fuenmayor, a la muerte del capit�n Miguel Caldera,
ocurrida en San Juan del R�o hac�a 1595, fue nombrado justicia mayor. Ortiz
de Fuenmayor se distingui� por haber colaborado en la reducci�n de los chichimecas.
Ten�a a su cargo la provisi�n de carne y ma�z que se daba a los pobladores ind�genas
y misioneros por cuenta de la Real Caja. Como ya se ha se�alado, la pacificaci�n
de la regi�n fue uno de los procesos m�s largos del virreinato; la poblaci�n
ind�gena tard�, cuando lo hizo, varios a�os en acostumbrarse a las nuevas formas
de vida. Ruth Behar, en Las visiones de una bruja guachichil en 1599: hacia
una perspectiva ind�gena sobre la conquista de San Luis Potos�, registra
a finales del siglo XVI un pasaje singular que ilustra uno de tantos
momentos dif�ciles del proceso: la rebeli�n que promovi� en Tlaxcalilla una
hechicera guachichil, de la parcialidad del capit�n Nameguataaqu�, el domingo
18 de julio de 1599. La hechicera convoc� a los chichimecas de Agua del Venado,
Charcas, Bocas y San Miguel Mexquitic para que vinieran a Tlaxcala con el fin
de matar a los espa�oles. Destroz� las im�genes que hab�a en las iglesias de
tarascos y tlaxcaltecas y prometi� resucitar a los muertos y devolver la juventud
a los viejos. A pesar de que su abogado defensor trat� de anular la sentencia
de muerte, alegando embriaguez y locura, el justicia mayor, capit�n Gabriel
Ortiz de Fuenmayor, que hab�a pasado los �ltimos a�os luchando por el establecimiento
de la paz en el territorio chichimeca, se neg� a liberarla, pues "resultar�a
grand�simo da�o y de servicio a Dios nuestro se�or y a su magestad porque la
dicha yndia con la averiguaci�n que contra ella ay de que es hechizera trae
alborotada toda la gente guachichila y de su naci�n [...] porque ausent�ndose
la dicha yndia de la c�rcel en que la tiene e y�ndose se alborotar�a toda la
gente que est� de paz". La hechicera muri� en la horca que hab�a en el camino
entre el pueblo de San Luis y el de Tlaxcalilla.
En 1602, en la comarca meridional del R�o Verde se alzaron guazancores y samues; hacia 1622, los indios de la comarca volvieron a rebelarse. El virrey nombr� entonces a Bartolom� Moreno su capit�n protector. Para 1629 la revuelta se hab�a extendido a casi toda la regi�n. Los alaquines hab�an cometido asaltos y asesinatos y hab�an huido a la sierra. El alcalde mayor de San Luis, Mart�n del Pozo envi� al capit�n Gaspar Ib��ez de Agoitia a tratar la pacificaci�n; sin embargo, poco logr� con pl�ticas y fue necesario llevar algunos a prisi�n y castigar con la muerte a los que participaron directamente en las revueltas. Con el escarmiento, coyotes, mascorros, caisanes y guachichiles quedaron sosegados y se les repartieron tierras, aguas y solares. Adem�s, se les comenz� a dar carne al igual que a otras reducciones como Venado, Santa Mar�a del R�o y San Miguel Mexquitic. Sin embargo, por citar un ejemplo, varias de las fundaciones hechas por Juan Bautista Mollinedo se hab�an despoblado para 1637.
Hasta 1643 las misiones del R�o Verde hab�an crecido, pero a partir de ese a�o se inici� una lastimosa disminuci�n, provocada por la voracidad de los estancieros espa�oles y el desinter�s de los capitanes protectores de indios; solamente los franciscanos los defend�an. En varias ocasiones fue necesaria la intervenci�n de la autoridad virreinal para aminorar los abusos de los capitanes protectores sobre los indios.
Una de las mayores preocupaciones de los espa�oles que fundaron nuevos asentamientos
en el norte y que con sus exploraciones aumentaban el territorio del virreinato,
fue pacificar la regi�n. La migraci�n de familias tlaxcaltecas a fines del siglo
XVI ten�a ese prop�sito; esperaban que una vez mezclados con los
guachichiles, se emparentaran y casaran unos con otros a fin de que la naci�n
guachichil aprendiera las bondades de la vida sedentaria, del trabajo, de la
vida pol�tica y cristiana. Pero esto no se cumpli� salvo en raras excepciones,
pues no era f�cil que ninguno de los dos pueblos renunciara a su identidad y
tradiciones. Muchos guachichiles se retiraron a regiones inh�spitas, otros murieron
y algunos se quedaron y trabajaron en las haciendas y minas de los espa�oles
y se convirtieron al catolicismo. Hay informes del siglo XVII que
refieren que "se van muriendo los viejos que eran gente de guerra y los que
agora nacen se cr�an en doctrina y trato manso y cristiano". En 1650, los guachichiles
pr�cticamente hab�an desaparecido como pueblo en toda la jurisdicci�n de San
Luis. La mayor parte de la poblaci�n ind�gena que hab�a para entonces no era
ya la oriunda de la regi�n.
La convivencia en un mismo territorio de pueblos de origen distinto convirti� la religi�n y sus rituales en el lenguaje com�n que permiti�, a trav�s de las ceremonias religiosas, de las pr�cticas devocionales el primer atisbo de identidad compartida, aunque no borrara las desigualdades. Era en torno a esa expresi�n religiosa donde se pod�an encontrar las razones para mediar entre los grupos contrastantes.
