A lo largo del siglo XVIII, las epidemias mermaron la poblaci�n,
principalmente de ind�genas, mestizos y castas. A partir de 1699 brot� una epidemia
(descrita solamente como gran enfermedad, por lo cual es dif�cil de identificar)
que alcanz� su punto m�ximo hacia 1705. En 1718 apareci� una epidemia no identificada,
pero que la poblaci�n atribu�a a "sus m�ltiples pecados". En 1737 y hasta 1741
hubo epidemia de matlaz�huatl, que se present� en sus dos variantes: fiebre
tifoidea y tifo, y fiebre tifoidea con hepatitis epid�mica, al grado que los
cuerpos amanec�an tirados en el cementerio. En 1746 hizo su aparici�n la viruela.
En 1748 y 1749 se registr� epidemia de tabardillo.
Los estragos entre la poblaci�n eran tan graves que, en 1758, por c�dula real las viudas ind�genas fueron relevadas del pago de tributo y se hizo alguna condici�n en favor de las no casadas.
La viruela regres� en 1762 y en 1780 se present� adem�s con tabardillo. En 1785 la epidemia de sarampi�n diezm� a la poblaci�n. El tabardillo apareci� nuevamente en 1787 y la epidemia de viruela de 1797 se registra como una de las peores pestes acaecidas.
Es importante no perder de vista que estas epidemias coincidieron con periodos de escasez de alimento, magnificados por la sequ�a, las heladas o las inundaciones. Las instituciones encargadas de cuidar a los enfermos y administrar tratamientos eran casi las mismas que un siglo antes; con el crecimiento de la poblaci�n, fueron insuficientes durante el cr�tico periodo de 1785 a 1786.
