A finales de 1911 y principios de 1912, los brotes de insurrecci�n ya hab�an alcanzado San Ciro, Xich�, Valles, Xilitla, Tamazunchale, San Vicente Tancuayalab, San Mart�n Chalchicuautla, San Antonio, Tampamol�n, Tancanhuitz, Huehuetl�n, Tula, Ciudad del Ma�z, Lagunillas, Cerritos, Rioverde, Ray�n, Ciudad Fern�ndez, Charcas, Santo Domingo, Catorce y Venado. En 1912 la compa��a azufrera de Guaxcam�, en la jurisdicci�n de Cerritos, suspendi� sus labores y despidi� a 700 trabajadores que se unieron a los rebeldes; tambi�n estall� una huelga de trabajadores en la Compa��a Metal�rgica Mexicana de San Luis Potos�.
Los motines y enfrentamientos aparecieron en todo el estado. Se trataba de acciones de car�cter pol�tico, b�squeda de libertades en los �mbitos locales o ajustes de cuentas con autoridades y caciques, especialmente con aquellos que se hab�an hecho notables por sus abusos y su larga permanencia en el poder. Durante el gobierno constitucional de Cepeda, la participaci�n de los sectores medios en el escenario pol�tico y administrativo no tuvo mucho peso; tanto en los partidos como en los municipios, los cargos m�s importantes siguieron en manos de porfiristas. Los trabajadores y campesinos siguieron alejados del poder y �ste no se extendi� m�s all� de las mismas �lites.
Para combatir los focos subversivos desarrollados durante su r�gimen, Cepeda procedi� a la formaci�n de los cuerpos de rurales y de "voluntarios" que, a pesar de su virulencia, no lograron apaciguar el estado. Muchos de estos cuerpos armados se separaron del gobierno para aliarse a las causas de grupos antimaderistas provenientes de la clase terrateniente que se defend�a ante la amenaza de sus intereses.
Por lo general, se admite que surgieron muchas tensiones de la voluntad de Madero por conservar la estructura del ej�rcito porfirista; no obstante, �stas tambi�n provinieron del r�pido desmantelamiento de las tropas participantes en la revoluci�n maderista, que se alistaron en diversos movimientos locales, en pie de lucha por la definici�n de sus espacios de influencia.
En San Luis Potos� algunos dirigentes antiporfiristas e incluso funcionarios maderistas se sublevaron por rivalidades e inconformidades con el gobierno de Cepeda. Entre estas sublevaciones tiene especial significado, por la gran movilizaci�n militar que alcanz� en la Huasteca as� como por su estrecha relaci�n con el presidente Madero, la de la familia Santos.
La separaci�n de Pedro Antonio de los Santos del gobierno de Cepeda dej� a este �ltimo, de hecho, sin aliados regionales de importancia; su gobierno se mantendr�a por espacio de unos meses al amparo de la cada vez m�s debilitada presidencia de la rep�blica y sustentado por sus v�nculos virtuales con los pol�ticos coahuilenses, esfera de la cual proven�a. Juan Barrag�n, en sus Memorias de Venustiano Carranza escribe:
El d�a 6 de marzo [1913] estaba cenando el doctor [Cepeda] con algunas personas de su amistad en el Casino de Ajedrecistas, del que era presidente y yo secretario, cuando se present� el coronel federal Enrique P�rez, jefe del treceavo regimiento, y llam� a una pieza contigua al gobernador. Seguramente hablaron ah� los dos sobre las instrucciones que el coronel hab�a recibido de sus superiores; pero el caso es que al poco rato volvi� a nosotros don Rafael para decirnos que iba con el coronel al cuartel general de la zona al arreglo de un asunto urgente. Al salir del casino pudimos ver que en todas las bocacalles del centro de la ciudad estaban apostadas fuerzas de caballer�a y que numerosas patrullas recorr�an la plaza. El palacio de gobierno del estado fue ocupado militarmente y el gobernador Cepeda qued� prisionero en el cuartel general. Al siguiente d�a se hizo cargo del gobierno, por designaci�n de la Legislatura, bajo consigna, el jefe de la zona, general Agust�n Garc�a Hern�ndez. Pocos d�as despu�s, el doctor Cepeda era conducido a M�xico.
El gobierno de Madero hab�a ca�do en el episodio conocido como La Decena Tr�gica. El golpista, Victoriano Huerta, retir� a Cepeda del gobierno y cerc� la entidad con fuerzas federales. Los seguidores de Madero se dividieron para formar o adherirse a las facciones que ya protagonizaban el levantamiento nacional generalizado y la etapa m�s sangrienta de la revoluci�n mexicana.