Como dijimos, Nu�o de Guzm�n pretendi� organizar la sociedad de Culiac�n y Chametla seg�n el modelo que Cort�s hab�a impuesto en el altiplano central de M�xico y que hab�a producido muy buenos resultados para los conquistadores. Esto es, fund� villas espa�olas, nombr� gobernantes, reparti� a las comunidades ind�genas en encomiendas y otorg� mercedes de tierras y aguas a los vencedores, a cada uno seg�n las aportaciones que hab�a hecho para la empresa; obviamente, reserv� para s� lo mejor de lo arrebatado a los vencidos. Las condiciones culturales y demogr�ficas de los totorames y los tahues eran semejantes a las de los ind�genas del altiplano central y del occidente de M�xico, as� que hab�a fundadas esperanzas de que esta dominaci�n diese a los espa�oles los resultados apetecidos; sin embargo, las cosas no ocurrieron de ese modo porque situaciones imprevistas vinieron a frustrar las expectativas de los conquistadores, como ahora veremos.
El acontecimiento m�s grave que sobrevino a la entrada de los espa�oles fue la propagaci�n de las enfermedades transmitidas por las huestes de Nu�o de Guzm�n: viruela, sarampi�n y fiebres intestinales. La mayor epidemia de que se tiene noticia ocurri� en los a�os de 1535 y 1536 en ambas provincias. De los 200 000 ind�genas tahues que, seg�n se calcula, hab�a en 1530, s�lo quedaban 16 000 en 1548 y se redujeron a 8 000 en 1570. De los 210 000 totorames que hab�a en 1530 quedaban 5 000 en 1565, despu�s de otra epidemia que azot� a la regi�n; en 1572 s�lo hab�a 2 000 totorames. La muerte de los indios por las enfermedades contagiadas por los espa�oles ocurri� en todos los lugares a donde �stos llegaron; las pestes se propagaban r�pidamente entre los habitantes que carec�an de defensas biol�gicas contra las enfermedades europeas. En mayor o menor grado, todos los indios conquistados sufrieron contagios, pero en el caso de los totorames y los tahues la epidemia fue tan grave que bien puede calificarse de catastr�fica.
En la provincia de Culiac�n los indios sobrevivientes quedaron sujetos a encomienda, dedicados a las actividades agr�colas artesanales y de servicio a los espa�oles. Los vecinos de la villa de San Miguel viv�an de los tributos pagados por los indios de sus encomiendas; algunos se dedicaron a la ganader�a y los menos al laboreo de minas, porque fueron muy pocas las que se encontraron en la provincia. La m�s grande de las minas se llam� Las V�rgenes, y quiz� se ubic� en el sitio donde hoy est� Cosal�. La provincia de Culiac�n era sumamente pobre en comparaci�n con las provincias de la Nueva Espa�a. La raz�n principal de tal atraso fue la falta de poblaci�n, no s�lo de trabajadores ind�genas, sino tambi�n de espa�oles. En efecto, la villa de San Miguel se fue despoblando por muerte o deserci�n de los vecinos; de los 96 espa�oles que hab�a en 1531 s�lo quedaban 25 en 1550. La provincia de Culiac�n no ofrec�a atractivos para los buscadores de riqueza pronta y f�cil.
En la provincia de Chametla la situaci�n fue peor que en Culiac�n. Los espa�oles de la villa del Esp�ritu Santo desertaron en su totalidad; los indios totorames se extinguieron a causa de las enfermedades, y muchos xiximes bajaron de la sierra para ocupar los lugares ahora deshabitados. Hacia mediados del siglo XVI,
la provincia de Chametla dej� de existir y el territorio entre los r�os Piaxtla y De las Ca�as volvi� a ser tierra de guerra fuera del control de los espa�oles.
Nu�o de Guzm�n hab�a dejado al cl�rigo Alonso Guti�rrez en la villa de San Miguel de Culiac�n para que atendiera a los espa�oles y evangelizara a los indios, pero nada m�s sabemos de �l. Por un informe del obispo de Guadalajara, a cuya di�cesis pertenec�a la provincia de Culiac�n, sabemos que en 1545 hubo un convento de frailes franciscanos en la villa de San Miguel, pero que desapareci� a fines del siglo XVI.
Otros religiosos de la misma orden se establecieron en Acaponeta, hoy estado de Nayarit, desde donde se ocupaban de la evangelizaci�n de los ind�genas que habitaban en lo que hab�a sido la provincia de Chametla. En las provincias de Culiac�n y de Chametla los eclesi�sticos tuvieron una presencia muy escasa y casi nula intervenci�n en asuntos pol�ticos y econ�micos, a diferencia de otras regiones de Nueva Espa�a, donde la participaci�n de cl�rigos y religiosos fue predominante.