Ya señalamos que junto con los misioneros iban soldados españoles como escoltas, destinados a la formación y la conservación de los pueblos de misión. Los medios persuasivos que usaron los jesuitas no fueron suficientes para convencer a los indios de que se reunieran a vivir en pueblos y de que permanecieran en ellos sometidos a una disciplina que antes no conocían. La coacción de los militares fue un elemento necesario para la formación de las misiones; así, el presidio de Sinaloa desempeñó también un importante papel en esta fase de la conquista y dominación de los cahitas.
Este presidio se fundó en 1595, con la llegada del capitán Alonso Díaz a la provincia. Contaba entonces con 18 soldados cuyo numero aumentó a 32 a fines del siglo y, aun cuando siguió creciendo, nunca superó el número de 60 soldados. Parece imposible que una guarnición tan corta pudiera mantener la dominación sobre los indígenas que se contaban por decenas de miles, pero esta incongruencia se aclara si sabemos que el presidio actuaba en combinación con la misión y que los capitanes desplegaron las estrategias adecuadas a las circunstancias del momento.
Tenemos mayor información de la historia del presidio entre 1599 y 1626, cuando Diego Martínez de Hurdaide fue su capitán y también alcalde mayor de la provincia. Durante estos años se fundaron las misiones de Sinaloa. Los cronistas jesuitas idealizaron la figura de Hurdaide como el prototipo del capitán cristiano porque fue eficiente como militar y guardó lealtad sin reservas a los misioneros. En estos primeros tiempos de las misiones había armonía entre los jesuitas y los funcionarios del rey porque aún no aparecían los intereses económicos que habían de provocar las desavenencias.
Diego Martínez de Hurdaide controló con su autoridad el ejercicio de la violencia entre los indios sometidos; reprimió severamente las luchas entre los aborígenes ya cristianizados, pero aprovechó las antiguas enemistades entre los grupos vecinos cuando trató de dominar a alguno. En Sinaloa, como en otros lugares de la Nueva España, muchos indígenas se aliaron con los españoles y los ayudaron a vencer a otros nativos. El capitán sofrenó con mayor fuerza los alzamientos contra los españoles, y la ejecución de los líderes era inexorable. También usó la diplomacia y realizó pactos con indios gentiles para ayudarlos en sus luchas contra otros grupos vecinos.
Cuando creció el sistema de misiones, el capitán trasladó la sede del presidio al Río Zuaque, donde por orden del virrey conde de Montesclaros se construyó una fortaleza llamada Fuerte de Montesclaros (1609), por lo que el río tomó el nombre de El Fuerte, como todavía lo conocemos. Debido a que los soldados del presidio —llamados presidiales— llevaban consigo a sus familias, el Fuerte se convirtió en un núcleo de población que atraía colonos españoles por la seguridad que ofrecía y la posibilidad de desarrollar algún trabajo para la atención de los militares. Además del presidio de Sinaloa hubo en el siglo XVII dos más: el de Mazatlán, del que ya hablamos, y otro de breve existencia establecido en San Sebastián para contener a los indios xiximes que merodeaban en la provincia del mismo nombre.
