Ya se�alamos que junto con los misioneros iban soldados espa�oles como escoltas, destinados a la formaci�n y la conservaci�n de los pueblos de misi�n. Los medios persuasivos que usaron los jesuitas no fueron suficientes para convencer a los indios de que se reunieran a vivir en pueblos y de que permanecieran en ellos sometidos a una disciplina que antes no conoc�an. La coacci�n de los militares fue un elemento necesario para la formaci�n de las misiones; as�, el presidio de Sinaloa desempe�� tambi�n un importante papel en esta fase de la conquista y dominaci�n de los cahitas.
Este presidio se fund� en 1595, con la llegada del capit�n Alonso D�az a la provincia. Contaba entonces con 18 soldados cuyo numero aument� a 32 a fines del siglo y, aun cuando sigui� creciendo, nunca super� el n�mero de 60 soldados. Parece imposible que una guarnici�n tan corta pudiera mantener la dominaci�n sobre los ind�genas que se contaban por decenas de miles, pero esta incongruencia se aclara si sabemos que el presidio actuaba en combinaci�n con la misi�n y que los capitanes desplegaron las estrategias adecuadas a las circunstancias del momento.
Tenemos mayor informaci�n de la historia del presidio entre 1599 y 1626, cuando Diego Mart�nez de Hurdaide fue su capit�n y tambi�n alcalde mayor de la provincia. Durante estos a�os se fundaron las misiones de Sinaloa. Los cronistas jesuitas idealizaron la figura de Hurdaide como el prototipo del capit�n cristiano porque fue eficiente como militar y guard� lealtad sin reservas a los misioneros. En estos primeros tiempos de las misiones hab�a armon�a entre los jesuitas y los funcionarios del rey porque a�n no aparec�an los intereses econ�micos que hab�an de provocar las desavenencias.
Diego Mart�nez de Hurdaide control� con su autoridad el ejercicio de la violencia entre los indios sometidos; reprimi� severamente las luchas entre los abor�genes ya cristianizados, pero aprovech� las antiguas enemistades entre los grupos vecinos cuando trat� de dominar a alguno. En Sinaloa, como en otros lugares de la Nueva Espa�a, muchos ind�genas se aliaron con los espa�oles y los ayudaron a vencer a otros nativos. El capit�n sofren� con mayor fuerza los alzamientos contra los espa�oles, y la ejecuci�n de los l�deres era inexorable. Tambi�n us� la diplomacia y realiz� pactos con indios gentiles para ayudarlos en sus luchas contra otros grupos vecinos.
Cuando creci� el sistema de misiones, el capit�n traslad� la sede del presidio al R�o Zuaque, donde por orden del virrey conde de Montesclaros se construy� una fortaleza llamada Fuerte de Montesclaros (1609), por lo que el r�o tom� el nombre de El Fuerte, como todav�a lo conocemos. Debido a que los soldados del presidio —llamados presidiales— llevaban consigo a sus familias, el Fuerte se convirti� en un n�cleo de poblaci�n que atra�a colonos espa�oles por la seguridad que ofrec�a y la posibilidad de desarrollar alg�n trabajo para la atenci�n de los militares. Adem�s del presidio de Sinaloa hubo en el siglo XVII dos m�s: el de Mazatl�n, del que ya hablamos, y otro de breve existencia establecido en San Sebasti�n para contener a los indios xiximes que merodeaban en la provincia del mismo nombre.
