Para cerrar este capítulo, examinaremos los hechos ocurridos en la etapa final del periodo, de 1808 a 1821, y que llamamos la crisis de la independencia, porque el resultado fue la ruptura del lazo que ligaba a la Nueva España con la metrópoli. Los acontecimientos que desataron la crisis ocurrieron fuera de la intendencia de Arizpe concretamente en el centro del virreinato, pero fue tal su magnitud que repercutieron en todo el ámbito de la Colonia. Examinaremos brevemente en qué consistieron y cómo influyeron en nuestra región. Nos referiremos a tres hechos principales: el conflicto criollos y gachupines de la ciudad de México en 1808; la revolución insurgente de 1810 acaudillada por Miguel Hidalgo, y el movimiento trigarante de 1821 encabezado por Agustín de Iturbide.
En 1808 Napoleón Bonaparte invadió España, apresó al rey y al heredero y nombró a su hermano José Bonaparte monarca de España. El pueblo español respondió con una insurrección general en contra de los franceses. Cuando en la Nueva España se supo que el reino estaba acéfalo, los "criollos" de la ciudad de México, encabezados por el ayuntamiento, trataron de ganar la participación política que los reyes borbones les habían negado. Los criollos, los españoles nacidos en Nueva España, estaban en conflicto con los gachupines llegados de la península para el desempeño de los puestos del gobierno colonial. Los reyes borbones habían postergado a los criollos al negarles la participación en el gol de su propia patria como ellos decían y otorgar los puestos importantes a los peninsulares. Éstos respondieron con un armado que dominó a los criollos, pero que no resolvió el conflicto político.
Hasta donde tenemos noticia, el enfrentamiento entre criollos gachupines no se dio en la Intendencia de Arizpe, pues no se mostró esa escisión del grupo dominante, lo que indica que los intereses de los miembros de la elite estaban mejor concertados que en la ciudad de México. Podemos señalar que aquí la política de los borbones favoreció al grupo de españoles, tanto criollos como peninsulares; los mercaderes perjudicados por los cambios estaban fuera de la Intendencia, principalmente en México y Guadalajara. Los ricos de la Intendencia de Arizpe no habían sido tan maltratados por el rey como los de otras regiones.
En 1810 estalló la revolución social protagonizada por indios y castas que afectó una amplia zona de la Nueva España que prendía las intendencias más pobladas del centro, occidente y sur del virreinato: Guanajuato, Valladolid, Guadalajara, Puebla, Oaxaca, Veracruz y México. En la guerra insurgente también participaron algunos criollos, sobre todo clérigos y militares, que actuaron como caudillos y guerrilleros. La rebelión fue sofocada en 1817 por el ejército borbónico, pero no extinguida.
El movimiento insurgente no tuvo importantes adhesiones en la Intendencia de Arizpe. Si bien Miguel Hidalgo comisionó a José María González de Hermosillo para propagar la insurrección en estos territorios, fue poco lo que logró. Las fuerzas insurgentes ocuparon El Rosario el 24 de diciembre de 1810 y saquearon la Real Caja tras vencer a las fuerzas realistas comandadas por el coronel Pedro de Villaescusa. Luego avanzaron hacia el norte con la intención de tomar Cosalá y en el trayecto recibieron la adhesión de los mulatos del presidio de Mazatlán. González de Hermosillo atacó San Ignacio Piaxtla el 7 de febrero de 1811, pero fue completamente derrotado por las fuerzas realistas al mando del brigadier Alejo García Conde, intendente de Arizpe. González de Hermosillo, con los restos de su tropa, volvió a Jalisco. En el noroeste dejó su nombre a la ciudad que hoy es la capital del estado de Sonora.
En la zona serrana, en Badiraguato, hubo otro movimiento de indígenas y mestizos capitaneado por Apolonio García, levantado en armas a principios de marzo de 1811. El día 13 los insurrectos enfrentaron a los realistas en Charay, donde fueron derrotados y se desbandaron. Queda aún por averiguar si este movimiento tuvo relación directa con los insurgentes de González de Hermosillo o fue una rebelión provocada por los problemas sociales propios de la región. El obispo de Sonora, fray Francisco Rousset de Jesús, había condenado al movimiento insurgente en 1810, y del clero de su diócesis sólo fray Agustín José Chirlín trabajó en favor de la difusión de las ideas insurgentes. Los efectos más notables de la guerra insurgente en la Intendencia de Arizpe fueron de tipo económico, pues las comunicaciones terrestres entre México, Guadalajara y la intendencia quedaron interrumpidas entre 1810 y 1817, dado que no había seguridad para los arrieros transportistas. Esta circunstancia provocó el aumento del comercio de contrabando en toda la costa de la intendencia.
La lucha del pueblo español contra los invasores franceses tuvo otra importante faceta que fue el combate por los derechos políticos de los individuos, que la monarquía española desconocía. En ausencia del rey, se reunieron en la ciudad de Cádiz las Cortes, el Congreso de Representantes del reino, y elaboraron una constitución liberal que consagraba los derechos políticos de los españoles de todo el imperio. Esta constitución se llamó "de Cádiz" o "de 1812" porque fue promulgada en marzo de dicho año. Cuando Fernando VII volvió de su prisión en Francia fue reconocido como legítimo rey de España, pero se encontró con una constitución vigente en la península y en las colonias americanas.
De los ordenamientos de la Constitución de Cádiz, dos fueron los que mayor repercusión tuvieron en las colonias: la restauración del régimen municipal y la creación de la Diputación de Provincia, que era un cuerpo formado por diputados electos en cada provincia y cuya función era proponer a las autoridades las medidas convenientes para el buen orden de los asuntos locales. La vigencia de la constitución fue breve, porque el rey la desconoció en 1814, y no hubo tiempo para aplicarla en la Intendencia de Arizpe; pero en 1820 se restauró y con ella se inició la creación de ayuntamientos en las ciudades de la intendencia y la instalación de una diputación de provincia en Arizpe con jurisdicción local y sobre ambas Californias. Este hecho es importante porque tanto los ayuntamientos como la diputación fueron los instrumentos con los cuales los mineros, comerciantes y otros personajes importantes empezaron a ejercer funciones políticas reconocidas por la autoridad.
El año de 1821 surgió en el centro de la Nueva España el movimiento trigarante que acaudilló Agustín de Iturbide. Fue un proyecto nacido de un sector de la elite novohispana de la región central que, con una débil concertación entre las diversas fuerzas sociales, logró imponerse el 27 de septiembre de 1821 y desde la capital proclamó la independencia de México. Cuando el movimiento trigarante aún no triunfaba, ya en la Intendencia de Arizpe hubo adhesiones al Plan de Iguala que Iturbide había proclamado, cosa que también ocurrió en muchos otros lugares de la Nueva España. El 16 de julio de 1821, el teniente coronel Fermín de Tarbé y el párroco fray Agustín José Chirlín juraron el Plan de Iguala en el real de El Rosario. A fines del mes de agosto, el brigadier Alejo García Conde, que ahora era comandante general de las provincias internas, también lo respaldó. En septiembre lo juraron el teniente coronel Arvizu, en Tucsón, y Antonio Narbona, en Arizpe. Antonio Cordero era intendente de Arizpe por estas fechas, pero prefirió renunciar a su cargo para no jurar el Plan de Iguala. Como la aceptación del plan se generalizó en la Intendencia, el ahora obispo de Sonora, fray Bernardo del Espíritu Santo, ordenó a los párrocos de la diócesis que no se opusieran a la proclamación de las adhesiones.
Así, en menos de tres meses la gente importante de la intendencia de Arizpe se había adherido al Plan de Iguala. Es sorprendente la rapidez con que se difundió la información sobre el movimiento trigarante y su plan, y no menos extraordinaria la celeridad con la que fue aceptado en la Intendencia. Más que una decisión de las autoridades parece que fue una opción de las personas importantes de la intendencia, que del poder económico habían pasado a ejercer el poder político. Estas personas, que se llamaban "los notables", desempeñarían un papel muy importante en la historia de Sinaloa y de Sonora durante el siglo XIX.
Este punto de la historia sinaloense no está suficientemente investigado. Falta encontrar la razón que ayude a explicar el cómo y el porqué de la aceptación del movimiento trigarante por los notables de la Intendencia de Arizpe. La investigadora Rina Cuéllar Zazueta propone la hipótesis de que los masones, que se habían extendido en la intendencia por lo menos desde 1816, desempeñaron un papel en la difusión de la información y actuaron como organización política para concertar las decisiones de sus miembros, Esta explicación parece factible y convincente porque coincide con los hechos posteriores, que examinaremos en los siguientes capítulos.