Como la poblaci�n hab�a sido sometida a un proceso de cambio sin precedentes, los juicios inquisitoriales recayeron en castellanos, portugueses, mulatos, negros y pardos. Las acusaciones m�s frecuentes fueron las de bigamia y perjurio. Los juicios a los indios parec�an inexistentes, y s�lo se documentan expedientes de casos de brujer�a, en los que se buscaba aplicar medidas correctivas. Por ejemplo, en 1575 fray Diego de Landa, obispo de Yucat�n, denunci� ante los inquisidores de M�xico que los pueblos de la sierra de Tabasco estaban infestados de hechiceros; al parecer trataba de encontrar justificaci�n para castigar a los indios, pues exist�a la prohibici�n expresa de hacerlo, de acuerdo con la medida tomada por la Real Audiencia de M�xico el 12 de agosto de 1573.
Tal decisi�n se tom� para evitar hechos como el proceso de Man� en 1561, como relatan France V. Scholes y Eleanor B. Adams en su libro Don Diego Quijada, alcalde mayor de Yucat�n, 1561-1565, donde los autos de fe fueron tan crueles que el indio era azotado, luego "lo colgaban p�blicamente en la ramada de la iglesia, por las mu�ecas y ech�ndole mucho peso a los pies y quem�ndole la espalda y la barriga con hachas". Con el fin de escapar al suplicio, muchos indios se ahorcaron. Entonces sus libros eran quemados y sus �dolos destruidos. Hechos similares sucedieron en Cimat�n y en los pueblos de la Chontalpa, con el convencimiento de los misioneros de que, al arrasar los templos de los indios y las deidades que adoraban, hac�an un servicio a la fe y a la Corona de Espa�a.
Otra de las primeras acciones inquisitoriales del Santo Oficio en M�xico ocurri� en 1628 y es contada por Samuel Rico Medina en Los predicamentos de la fe. La Inquisici�n en Tabasco 1567-1811: el comisario residente en Tabasco destituy� por mal comportamiento a un sacerdote que actuaba como notario, y al alguacil por hacer cobros excesivos a los indios. Pero como se trataba de la �poca de mayor acoso de los piratas, el comisario deb�a "...inspeccionar cautelosamente a todas las naves que por all� traficaban, interrogando a sus tripulantes y registrando su cargamento".
Las autoridades inquisitoriales tuvieron mayor actividad durante el siglo XVII, y su mayor atenci�n recay� en peninsulares acusados de blasfemos, b�gamos y anticristianos. Asimismo, las denuncias fueron constantes contra frailes y sacerdotes solicitantes que sin recato alguno seduc�an a las doncellas en el confesionario. Por esta raz�n las autoridades eclesi�sticas establecieron que toda confesi�n deb�a realizarse con las puertas abiertas de la iglesia. No obstante, todav�a al finalizar el siglo XVIII segu�an present�ndose cargos contra cl�rigos solicitantes.
La rebeli�n de los tzeltales en 1712 puso de manifiesto la religiosidad de los indios de la regi�n, porque el hecho coincidi� con la supuesta aparici�n, en el pueblo de Cancuc, de una virgen que, seg�n la poblaci�n, anunciaba el fin de la opresi�n espa�ola. La advocaci�n al Cristo negro de Tila, de probable procedencia guatemalteca, era ya una costumbre previa que atra�a a m�ltiples peregrinos. El "tumulto" provocado por la mencionada anunciaci�n, sin embargo, termin� con el ahorcamiento y el destierro de varios de los involucrados por parte de la justicia del gobernador Joan S�nchez Andr�s, quien, aunque recibi� algunas cr�ticas por haber procedido sin consultar a las instancias correspondientes, sali� bien librado.
En 1727 corrieron rumores de que iba a presentarse una nueva rebeli�n en la cual estar�a implicada la misma virgen, "aparecida" ahora en Bachaj�n. La respuesta de las autoridades fue la de "poner en armas a toda la provincia" y aumentar la vigilancia sobre los indios, en particular los de Temoxiaca e Ixtapan. Sin que la revuelta se hubiese desatado, pese a las profec�as involucradas con los milenaristas, varios indios fueron confinados al presidio de la isla del Carmen, y sus bienes, que inclu�an haciendas de cacao, tomados por los espa�oles.
Otra advocaci�n importante de los tabasque�os es la del venerado se�or de Esquipulas,
que sobrevive hasta nuestros d�as. El Cristo negro fue llevado a la regi�n por
el obispo Diego de Peredo, quien muri� en 1775 cuando estaba de visita en la
provincia. La cruz del redentor med�a una vara de alto, y fue el padre Francisco
Barrera quien ofreci� la imagen a las familias que viv�an entre lomas y hondanadas
llenas de jahuactales y tintales, a cambio de que construyeran una ermita. All�,
en una de las escasas partes altas, formaron una iglesia con paja y setos de
15 varas de largo, seg�n la versi�n del padre Manuel Gil y S�enz en su famosa
Historia de Tabasco. Sin embargo, no prevaleci� el crucifijo fundador,
porque al poco tiempo fue cambiado por uno m�s grande, que se descompuso al
ser retocado y que fue sustituido por otro confeccionado en Campeche y tra�do
el 15 de enero de 1842 para la celebraci�n de su festividad.
