Una vez configurado el federalismo en Tabasco, los problemas no se superaron; era necesario reestructurar el poder pol�tico y reorganizar la econom�a. Desde el 8 de mayo de 1824 el gobierno provisional qued� en manos del cunduacanense Agust�n Ruiz de la Pe�a, quien emprendi� una carrera pol�tica que estar�a vinculada al desarrollo ulterior de su estado. Pero, sin adivinar los problemas que se generar�an m�s tarde, el coronel Jos� Antonio Rinc�n qued� al mando de las tropas, en representaci�n del supremo gobierno, lo cual motiv� un enfrentamiento entre ambos, pues Rinc�n hab�a reunido a un grupo de adeptos y se hab�a negado a acatar las disposiciones del Congreso local, as� como a obedecer al gobernador. Por las pugnas internas, el ayuntamiento de Villahermosa hubo de trasladarse a Cunduac�n, y por medio de una conjura Rinc�n fue relevado y sometido a prisi�n durante dos meses.
Enterado de la conflictiva situaci�n en Tabasco, el presidente Victoria envi� al batall�n de l�nea dirigido por el coronel Francisco Hern�ndez, quien asumi� el mando como comandante general de Tabasco, apoyado por 400 hombres del coronel Antonio Facio y del capit�n Ricardo Toscano; juntos derrotaron a los oponentes. Pero finalmente el gobernador Ruiz de la Pe�a fue despojado de su cargo por �rdenes del general Manuel Mier y Ter�n, secretario de Guerra, y enviado para ser juzgado a la ciudad de M�xico. Al resolverse esos conflictos, el 5 de febrero de 1825 se promulg� la primera Constituci�n Pol�tica del Estado de Tabasco.
Como una evidencia de las dificultades internas que privaron entonces en Tabasco, los senadores electos se quejaban de no poder realizar sus funciones. As�, don Jos� Mar�a Alpuche e Infante se lamentaba de que su compa�ero senador segundo por Tabasco, don Jos� Salvador Calc�neo, no hab�a podido presentarse a la C�mara porque el ayuntamiento de Teapa le hab�a entorpecido el viaje, en virtud de que ten�a pendiente "una contrata que hizo de techar la iglesia, que podr�a cumplir el a�o entrante concluida su comisi�n", seg�n una carta del 20 de septiembre de 1825 localizada en el ramo Gobernaci�n. Luego de una explicaci�n del mismo Calc�neo de que los del pueblo no le hab�an entregado las maderas sobrantes, y de que los jornaleros fallaron al negarse a trabajar por 2 reales, como se pagaba en todo el pa�s, lleg� incluso a mencionar que su casa hab�a sido atacada en varias ocasiones. No obstante, el ayuntamiento respondi� que nunca hab�a negado auxilio al senador segundo; de cualquier modo, �ste no pod�a forzar a los operarios a trabajar por ese salario, pues exig�an 2 reales y medio. Alegaba adem�s que Calc�neo hab�a tenido el abasto de carne por un a�o para cumplir con la obligaci�n de techar la parroquia que hizo con el com�n. Finalmente se decidi� que la obra fuera concluida en agosto para que el senador segundo pudiera luego dar cumplimiento a sus obligaciones pol�ticas.
Para 1827 dos grupos pol�ticos se disputaron la conducci�n del estado. Por un lado se encontraban los liberales-federalistas, vinculados a los diputados que formaron parte de la Segunda Legislatura, encabezados por el gobernador Agust�n Ruiz de la Pe�a; y, por el otro, los centralistas, que al renovarse la C�mara obtuvieron la mayor�a de las curules. Este grupo reconoc�a en Marcelino Margalli, entonces vicegobernador, a su l�der.
Desde ese cargo, Margalli dio a conocer varios decretos, que seguramente contaron con el aval del gobernador, y que atend�an las inquietudes del clero, que pr�cticamente no hab�a aumentado en n�mero: en 1822 ten�a 55 miembros m�s que en 1794, cuando registr� 626 cl�rigos, seg�n datos del ramo Justicia Eclesi�stica; adem�s, despu�s de la Independencia su presencia disminuy� casi a la mitad. Los controles que se estatuyeron seguramente hicieron poca gracia a las autoridades eclesi�sticas, porque el gobierno estableci� como su facultad proveer los templos, lo que antes era decisi�n del vicepatronato del estado de Yucat�n. Para llenar las vacantes del nuevo patronato, el gobierno eclesi�stico metropolitano deb�a hacer llegar una lista de los candidatos al gobernador de Tabasco; asimismo se cre� una junta de diezmos constituida por el vicario general del estado, el vicegobernador y el administrador de rentas particulares.
En las medidas hab�a ya una clara disposici�n para buscar la independencia del clero tabasque�o respecto de la di�cesis de Yucat�n, si hemos de tomar como prueba la activa presencia del vicario Jos� Mar�a Alpuche e Infante. Esto se desprende de varios documentos que el mismo presb�tero suscribi�. A mediados de 1827 preguntaba al ministro de Justicia Miguel Ramos Arizpe acerca de la inquietud del vicario general, don Jos� Eugenio Quiroga, y del gobernador de Tabasco de que a pesar de estar prohibido por la Constituci�n Federal "... la data en propiedad de piezas eclesi�sticas [...] vienen de Yucat�n al estado de Tabasco curas propios y beneficiados despachados con t�tulo expreso y colocaci�n can�nica cuando de hecho y de derecho en ninguna di�cesis se ha dado esta clase de beneficio sino en interinato hasta que se arregle el ejercicio del patronato".
Al mismo tiempo se dio a conocer la prohibici�n de una serie de libros por parte del papado, aunque �stos dif�cilmente pod�an afectar la vida cotidiana de los tabasque�os, porque varios de ellos fueron publicados en lenguas diferentes a la castellana. Destacaban: O Cidadao Lucitano, Breve Compendio en que se demostrao os frutos da Contitu�ao, � os deberes do Cidadao Constitucional y Difesa del Purgatorio dallo moderne opinioni o ass�a il Purgatorio vendicato dalle impostura. De las producidas en la lengua de uso fueron: Carta escrita al Papa P�o VII, y Disertaci�n sobre el poder que los reyes espa�oles coercieron hasta el siglo duod�cimo en la divisi�n de obispados y otros puntos concisos de la disciplina eclesi�stica, pero probablemente los m�s le�dos fueron la Colecci�n de cuentos divertidos en verso y prosa con algunas f�bulas y Cuentos en verso castellano, este �ltimo de Tom�s Hermenegildo de las Torres.
De nuevo reaccion� el presb�tero Alpuche, quien solicit� al ministro de Justicia se investigara sobre dicha prohibici�n que el p�rroco del Sagrario de M�rida remiti� al vicario general del estado de Tabasco. A tal requisitoria, el gobierno eclesi�stico de Yucat�n respondi� a don Jos� Eugenio Quiroga, vicario de Tabasco:
...que no he recibido Bula, Breve, ni rescripto alguno de la Curia romana que el celo ordinario de esta Diócesis no me hubiera permitido circular [...] sin el pase correspondiente del Gobierno Supremo de la Naci�n. Lo que se remiti� en correspondencia personal al Vicario de Tabasco es copia de varios libros prohibidos por la Sagrada Congregaci�n del �ndice con aprobaci�n de Le�n XII, con fecha 6 de septiembre de 1824.
Pocos a�os m�s tarde, despu�s del fallido intento de Tabasco por alcanzar la independencia eclesi�stica de Yucat�n en 1829, el Congreso General dio a conocer un decreto el 15 de abril de 1834 por medio del cual se reconoc�a que, luego de escuchar a los gobernadores de Yucat�n y de Tabasco, adem�s de la Santa Sede, la silla episcopal deb�a ser ocupada por "un eclesi�stico mexicano por nacimiento, de conocida virtud e ilustraci�n". El documento fue firmado por el senador Alpuche y por el resto del senado, as� como por Valent�n G�mez Far�as y Andr�s Quintana Roo.
