Durante el periodo en que M�xico fue gobernado por la Regencia y luego por el emperador Agust�n de Iturbide, la divisi�n territorial del pa�s qued� pr�cticamente igual a la que exist�a en la �ltima etapa colonial. Despu�s de la ca�da de Iturbide se form� un Congreso constituyente que se propuso organizar al pa�s bajo un r�gimen republicano y de estados soberanos en un sistema federal; fue entonces cuando Puebla solicit� a dicho Congreso que Tlaxcala quedara incluida dentro del estado de Puebla, supuestamente porque aquella ex provincia carec�a de los elementos necesarios para convertirse en una entidad soberana, a saber poblaci�n numerosa y poder econ�mico suficiente. De inmediato surgieron inconformidades entre los tlaxcaltecas, sobre todo en los antiguos pueblos de indios, herederos de la experiencia de las luchas autonomistas frente al gobierno virreinal. Sin embargo, tambi�n hab�a tlaxcaltecas que estaban en favor de la propuesta anexionista; tal es el caso de los obrajeros, comerciantes, hacendados y parte del clero, que en su gran mayor�a eran espa�oles y criollos. �stos, a quienes se uni� el ayuntamiento de Huamantla, se opon�an, entre otras cosas, a los fuertes gastos que Tlaxcala tendr�a que hacer para mantener una administraci�n propia en caso de convertirse en un nuevo estado soberano, lo cual se traducir�a en la creaci�n y recaudaci�n de m�s impuestos.
El grupo defensor de la autonom�a, encabezado por el prestigiado Jos� Miguel Guridi y Alcocer, present� una airada protesta ante el Congreso, con lo que logr� frenar la decisi�n anexionista. Finalmente, en 1824, dicho Congreso tom� una decisi�n "salom�nica" o de tipo intermedio: reconoci� la independencia a la que Tlaxcala ten�a derecho en relaci�n con Puebla, pero no le concedi� la categor�a de estado soberano, sino la de "territorio" es decir, quedar�a sujeta a los poderes federales y ser�a gobernada por un jefe pol�tico nombrado por el presidente de la Rep�blica. Si por ahora no era posible obtener la autonom�a, al menos mantendr�a su integridad territorial ante las ambiciones poblanas, adem�s de que ese tipo de vinculaci�n que se le daba con respecto al poder central de la Rep�blica iba m�s de acuerdo con su experiencia hist�rica de 300 a�os como pueblo "realengo". Tlaxcala qued� entonces dividida en siete partidos, los mismos que ten�a al t�rmino del periodo colonial: Tlaxcala, Ixtacuixtla, Huamantla, Nativitas, Chiautempan, Tlaxco y Apizaco.
Diez a�os m�s tarde, esa situaci�n pol�tico-administrativa ser�a modificada dr�sticamente y sin que mediara ning�n tipo de consulta ni hubiera oportunidad de protesta alguna. Con el giro pol�tico impuesto al pa�s por el general Antonio L�pez de Santa Anna entre 1834 y 1845, la organizaci�n federal por estados fue sustituida por la centralista de departamentos. Tlaxcala, que entonces contaba con unos 80 000 habitantes, no pudo impedir el ser incorporada en su totalidad al Departamento de M�xico, en calidad de uno de sus distritos, quedando gobernada por un prefecto. A su interior fue dividida en s�lo tres partidos: Tlaxcala, Huamantla y Tlaxco, a la cabeza de los cuales hab�a subprefectos.
Con el derrocamiento de Santa Anna y la vuelta al federalismo en 1846, Tlaxcala recobr� su categor�a de territorio, aunque los tlaxcaltecas no tardaron en pedir la de estado soberano. Sin embargo, este cambio de organizaci�n pol�tica fue aplazado a causa de la guerra entre M�xico y los Estados Unidos, ocurrida entre aquel a�o y el de 1848. En tales acontecimientos, la posici�n geoestrat�gica de Tlaxcala tuvo un duro impacto sobre ella, pues las tropas norteamericanas la invadieron con el fin de asegurar sus comunicaciones entre el puerto de Veracruz y el centro del pa�s. Destaca el sitio sufrido por la ciudad de Huamantla en octubre de 1847, debido a la participaci�n heroica que en su defensa hizo un grupo de mujeres al lado de las fuerzas armadas comandadas por Eulalio Villase�or. Cabe mencionar que un tlaxcalteca, el coronel Felipe Santiago Xicot�ncatl, era quien comandaba el batall�n de San Blas, el cual particip� en la defensa del Castillo de Chapultepec, donde murieron la mayor�a de sus componentes, incluido el coronel Xicot�ncatl.
Terminada la guerra mexicano-estadunidense, las pretensiones de Puebla por anexar el territorio de Tlaxcala se reavivaron; se alegaba de nueva cuenta que �sta no ten�a el desarrollo econ�mico ni la cantidad de poblaci�n suficientes para alcanzar su autonom�a. La diputaci�n tlaxcalteca ante el Congreso de la Uni�n defendi� tenazmente sus derechos y se opuso a los intentos anexionistas. Mediante varios documentos trat� de probar que la antigua provincia pose�a una econom�a sana y floreciente que justificaba su existencia como territorio y, m�s a�n, le permit�a aspirar en un futuro pr�ximo a la de estado soberano. Es probable que esos informes estad�sticos estuvieran abultados, ya que ten�an un objetivo pol�tico muy claro, y no otro de tipo cient�fico. Esta deducci�n tambi�n se apoya en otras fuentes, las cuales, como se ver� m�s adelante, permiten apreciar que en aquel momento la situaci�n econ�mica de Tlaxcala era poco pr�spera.
De cualquier manera, la insistencia de los pol�ticos tlaxcaltecas consigui� por fin, en 1849, que se le confirmara a Tlaxcala la categor�a pol�tico-administrativa de territorio, y que se le concedieran m�s libertades de las que ten�a con anterioridad. Mediante un nuevo estatuto org�nico tuvo derecho a ser gobernada por una diputaci�n local y un jefe pol�tico, adem�s de poder tomar ciertas decisiones con respecto a su administraci�n interior; por ejemplo, en las �reas de educaci�n primaria, polic�a, caminos y erario p�blico. Al poco tiempo, Tlaxcala logr� cubrir la cuota fiscal que le asignaba el gobierno federal, con lo que demostr� tener una aceptable capacidad de recaudaci�n tributaria. Era claro que estaba haciendo grandes esfuerzos para conseguir el suficiente nivel de desarrollo que m�s tarde le diera la posibilidad de convertirse en un estado soberano. En 1851, el presidente de la Rep�blica, Mariano Arista, acept� que el territorio de Tlaxcala ya ten�a capacidad de ser gobernado por s� mismo como estado de la federaci�n. No obstante, tal reconocimiento oficial a�n tendr�a que esperar algunos a�os m�s.
En enero de 1853, el territorio de Tlaxcala, encabezado por su jefe pol�tico, Ignacio Ormaechea y Ern�iz, apoy� la asonada que llevar�a una vez m�s a la presidencia de M�xico al general Antonio L�pez de Santa Anna. Esta adhesi�n se debi� a que los rebeldes ofrec�an a Tlaxcala la anhelada soberan�a estatal a cambio de su respaldo. Sin embargo, la promesa no se cumpli�, pues una vez que el dictador tom� el poder, nuevamente impuso al pa�s el sistema centralista, con lo cual Tlaxcala qued� con su categor�a de territorio.
En marzo de 1854 fue proclamado el Plan de Ayutla con el fin de derrocar la dictadura de Santa Anna y restablecer el gobierno federal. Tlaxcala no pudo adherirse a dicho plan sino hasta un a�o despu�s, ya que estaba controlada militarmente por las fuerzas centralistas. El licenciado Guillermo Valle fue reconocido como el dirigente de la rebeli�n de Ayutla en Tlaxcala, y como tal asumi� de hecho la jefatura pol�tica, integr� un consejo de gobierno y decret� un estatuto org�nico provisional con el objeto de organizar pol�ticamente al territorio.
Con el triunfo de la rebeli�n de Ayutla se convoc� a un Congreso nacional constituyente, en el que a Tlaxcala correspondieron dos diputados y sus respectivos suplentes. Ellos, sobre todo Mariano S�nchez, hicieron una larga y tenaz defensa de los derechos que asist�an a Tlaxcala para erigirse en estado, con el argumento de que su situaci�n econ�mica y demogr�fica hab�a mejorado, adem�s de poner �nfasis en la larga tradici�n autonomista que pose�a. Esta raz�n de tipo hist�rico, m�s que la econ�mica, fue quiz�s la que tuvo mayor peso en el cambio de categor�a, aunque no se dej� de reconocer que la entidad ya hab�a comprobado poseer capacidad fiscal para cubrir su presupuesto. Por fin, en diciembre de 1856, el Congreso de la Uni�n aprob� con una mayor�a abrumadora la proposici�n de convertir a Tlaxcala, por primera vez, en estado libre y soberano de la federaci�n. Al a�o siguiente, el Congreso constituyente del nuevo estado nombr� como primer gobernador a Guillermo Valle, y el 4 de octubre de 1857 promulg� la Constituci�n pol�tica del estado de Tlaxcala. La entidad, que para entonces ten�a unos 100 000 habitantes, fue dividida en prefecturas, subprefecturas y municipalidades con sus respectivos ayuntamientos.
As�, Tlaxcala entraba con plenos derechos al escenario de la igualdad jur�dica de la naciente Rep�blica, pero en donde ya no contar�an los antiguos privilegios proteccionistas que hab�a tenido, primero como pueblo realengo vinculado directamente con la Corona, y luego como territorio dependiente del poder federal. La tradici�n hist�rica de autonom�a tlaxcalteca cristalizaba en una nueva forma pol�tica, pero sujeta ahora a diferentes fuerzas y reglas que no siempre le ser�an favorables.
