Tras la derrota del ej�rcito imperial, Miguel Lira y Ortega asumi� la gubernatura de Tlaxcala. Al recuperar su soberan�a, el estado fue divido en cinco distritos, entre los cuales ya no qued� el de Zacatl�n, puesto que fue devuelto al estado de Puebla, aunque en su lugar fue incorporado Calpulalpan. Este municipio pertenec�a con anterioridad al Estado de M�xico, pero en 1863 el presidente Ju�rez hab�a decidido anexarlo a Tlaxcala por razones de control militar. Terminada la guerra, el gobierno mexiquense trat� in�tilmente de recuperar ese territorio de aproximadamente 500 kil�metros cuadrados, pero en julio de 1871 Calpulalpan pas� de manera definitiva a formar parte del estado de Tlaxcala como uno de sus distritos. Los otros cuatro eran: Tlaxcala, Huamantla, Zacatelco y Tlaxco. Cada uno de ellos qued� formado por varios municipios, cuya organizaci�n y actividad fue regida por la Ley Org�nica del Poder Municipal, expedida por Lira y Ortega en 1868. Este gobernador escribi� una obra titulada precisamente El poder municipal, en la que hac�a consideraciones hist�rico-pol�ticas sobre el origen, naturaleza e importancia de lo que el mismo llam� "el cuarto poder".
No es de extra�ar que fuera en Tlaxcala donde surgieran tales principios en torno a la soberan�a de los municipios, ya que �stos ten�an su origen en los antiguos pueblos-cabecera de indios, y su fuente de inspiraci�n se hallaba en el cabildo indio de la ciudad de Tlaxcala, adem�s de que ambas entidades hab�an sido el reducto de la nobleza tlaxcalteca y de sus privilegios autonomistas, salvaguardados por la Corona durante el periodo virreinal. Sin embargo, como veremos m�s adelante, a partir de las �ltimas d�cadas del siglo XIX las unidades municipales tlaxcaltecas padecer�an una paulatina p�rdida de su autonom�a frente al autoritarismo del poder central.
Miguel Lira y Ortega, a quien se le otorg� el t�tulo de "benem�rito del estado" por su relevante papel como pol�tico, militar e intelectual, fue gobernador de Tlaxcala entre 1868 y 1872, y luego en su segundo periodo entre 1877 y 1880. En el cuatrienio intermedio ocuparon el cargo varios interinos. Esos 12 a�os pueden considerarse como un periodo de transici�n entre la �poca de guerras y la de pacificaci�n y recuperaci�n econ�mica. No obstante dicha caracter�stica, durante esa etapa se realizaron numerosas e importantes obras p�blicas y privadas, como fueron: la promulgaci�n de una nueva Constituci�n estatal que inclu�a las Leyes de Reforma; la expedici�n de la Ley de Instrucci�n Primaria y la creaci�n del Instituto de Agricultura; la publicaci�n de un peri�dico oficial del estado que primero recibi� el nombre de El Pueblo y posteriormente el de El Estado de Tlaxcala; la erecci�n de tres nuevos municipios; la inauguraci�n de la v�a f�rrea entre Santa Ana y Apizaco, y otra entre esta localidad y Veracruz; la construcci�n de media docena de f�bricas de hilados y tejidos, as� como la realizaci�n de numerosas obras de infraestructura.
Este periodo tambi�n se caracteriz� por una enconada lucha pol�tica entre los liberales triunfadores; esto es, entre los grupos juaristas, lerdistas y porfiristas. Con respecto a Tlaxcala, Benito Ju�rez y Porfirio D�az hab�an tenido conflictos hacia el t�rmino de la guerra a causa del nombramiento del gobernador de la entidad, aunque finalmente el presidente Ju�rez logr� imponerse al designar en el cargo a Miguel Lira y Ortega. A pesar de ello, D�az no dej� de tener ciertas influencias en el estado debido a que durante su jefatura en la segunda divisi�n del Ej�rcito de Oriente, Tlaxcala hab�a quedado bajo su jurisdicci�n. Cuando el general D�az se sublev� en 1871 en contra de la reelecci�n del presidente Ju�rez, l�gicamente Lira y Ortega apoy� a Ju�rez, por lo que a la muerte de �ste, ocurrida al a�o siguiente, Lira y Ortega tuvo que dejar la gubernatura y autodesterrarse en Puebla. El poder ejecutivo del estado fue ocupado entonces por el lerdista Melquides Carbajal, con lo que Tlaxcala qued� bajo el control pol�tico de Sebasti�n Lerdo de Tejada, quien era el presidente sustituto de la Rep�blica.
En 1876, el pa�s volvi� a quedar envuelto en una rebeli�n armada. Esta vez, el general Porfirio D�az desconoci�, mediante el Plan de Tuxtepec, la reelecci�n de Lerdo de Tejada. Entonces, el gobernador Carbajal se vio obligado a dimitir ante las presiones de los porfiristas tlaxcaltecas. Le sucedieron en el cargo tres interinos: Doroteo Le�n, Vicente M�rquez y Miguel Andrade P�rraga. Al quedar bajo el control de los porfiristas, el gobierno de Tlaxcala se adhiri� al Plan de Tuxtepec y exent� por diez a�os del pago del impuesto personal a todos aquellos ciudadanos que participaran en la defensa de dicho plan. La batalla final entre los grupos contendientes se efectu� precisamente en Tlaxcala: dentro de los terrenos de la hacienda de Tecoac, en Huamantla, el 16 de noviembre de ese mismo a�o. Con el triunfo de los tuxtepecanos, Porfirio D�az ascendi� a la presidencia de la Rep�blica, mientras que Lira y Ortega regresaba a ocupar por un segundo periodo la gubernatura de Tlaxcala. Su filiaci�n juarista no se lo impidi�, pues era parte de la pol�tica de conciliaci�n de D�az, adem�s de que el prestigio y experiencia de Lira y Ortega se impon�an sobre cualquier otro candidato.
Como el general D�az se hab�a levantado con la bandera de la no reelecci�n de presidente y gobernadores, Lira y Ortega ya no pudo continuar en el cargo otro periodo, como tampoco lo hizo de forma inmediata el mismo D�az. En 1881, el poder ejecutivo de Tlaxcala qued� en manos de Mariano Grajales, un hacendado que gozaba del apoyo del entonces presidente Manuel Gonz�lez. No obstante, Grajales tuvo que renunciar al cargo seis meses antes de terminar su periodo, debido, en gran medida, a las intrigas y pugnas sostenidas entre los simpatizantes de Lira y Ortega y los seguidores del propio Grajales. En aquel momento el gobernador tlaxcalteca ya no contaba con el apoyo del presidente Gonz�lez, porque �ste se encontraba en medio de una fuerte crisis pol�tica en su �ltima etapa de gobierno. En la renuncia de Grajales tambi�n pes� una acusaci�n en su contra por violar supuestamente las Leyes de Reforma, al haber participado en una procesi�n religiosa. Asimismo, poco popular fue la ley que Grajales promulg� durante su mandato para legalizar el peonaje por deudas en las haciendas.
Despu�s de un breve interinato de Teodoro Rivera, en enero de 1885 fue electo como gobernador del estado el coronel Pr�spero Cahuantzi. �ste, con el total apoyo del presidente D�az, asumir�a la gubernatura de Tlaxcala por siete periodos sucesivos, hasta acumular 26 a�os en el poder. A su largo tiempo de gobierno se le ha denominado recientemente el "prosperato", en virtud de que es un t�rmino que parafrasea el otro ya conocido, de "porfiriato", dentro del cual se circunscribe, a la vez que le otorga a ese periodo tlaxcalteca su propia especificidad. El r�gimen porfirista, aunque logr� imponer ciertas caracter�sticas comunes en todo el pa�s, no pudo impedir que se dieran tambi�n m�ltiples variantes a lo largo del territorio nacional, y �se fue el caso de Tlaxcala.
