Despu�s de la guerra del Mixt�n, la mayor�a de los pueblos de indios de la provincia de Zacatecas se concentraron entre las ciudades de Guadalajara y Zacatecas. Al norte y al este de la provincia hab�a unos cuantos pueblos y los nuevos que poco a poco se fundaron ser�an organizados con ind�genas provenientes de otras �reas. En cambio, los antiguos pueblos de indios estaban abandonados o con escasa poblaci�n; hacia 1548 s�lo quedaban los pueblos de Jalpa, Nochistl�n, Suchitl�n, Mezquituta y Mesticac�n como herederos y sobrevivientes de los cazcanes. Todos los pueblos pagaban tributo y se dedicaban al cultivo del ma�z que vend�an a los carreteros espa�oles, quienes se encargaban de transportarlo hacia las minas.
Durante la segunda mitad del siglo XVI, debido a las guerras, epidemias y migraciones que diezmaron a los pueblos de indios, se propuso concentrar a sus habitantes en �reas protegidas de los indios belicosos y alejadas de la frontera de guerra, adem�s de aumentar el n�mero de sus pobladores con gente del centro de la Nueva Espa�a, como Tlaxcala.
El territorio localizado al norte de las minas de Zacatecas estaba despoblado de indios, mientras que al sur hab�a asentamientos que apenas reun�an, alrededor de las iglesias y conventos franciscanos, a los pocos sobrevivientes de los cazcanes, guachichiles y zacatecos. Para 1576 los pueblos del sur de Zacatecas hab�an perdido a sus se�ores tradicionales, a la nobleza ind�gena, y en su lugar gobernaban los llamados tequitlatos.
Los pueblos de Nochistl�n, Tlaltenango, Teocaltiche, Juchipila, Mesticac�n, Mezquituta, Suchitl�n y Jalpa, entre otros, permanecieron en estrecha relaci�n con Zacatecas y otros centros mineros durante toda la Colonia. Al norte y al este de Zacatecas se fundaron diversos sitios como Charcas, Venado, Saltillo, San Andr�s y Chalchihuites. La mayor�a de estos pueblos se fundaron con indios tlaxcaltecas, lo cual constitu�a una estrategia de poblamiento que buscaba atraer indios de paz y repeler a aquellos que causaban da�os en las poblaciones. Los pueblos de San Andr�s del Teul, algunos de los Mezquitales y las minas de Nieves y R�o Grande se hab�an poblado con indios de la zona, pero eran asentamientos inestables, pues a menudo se rebelaban contra los espa�oles.
Los m�todos agr�colas, de explotaci�n ganadera y minera introducidos por los espa�oles, alteraron el equilibrio de los pueblos de indios. La depredaci�n de los bosques en busca de madera para las minas fue s�lo un ejemplo. Las disposiciones para la conservaci�n de los montes fueron desobedecidas por la creciente necesidad de madera; los espa�oles se vieron precisados a recurrir a los montes de los pueblos indios, como San Pedro Susticac�n que acab� dedicado a proveer le�a a las minas.
