La diputación provincial declaró a Zacatecas estado libre y federado el 17 de junio, y el 19 de octubre de 1823 quedó instalado el primer Congreso estatal. Los tres poderes constituidos —Ejecutivo, Legislativo y Judicial— defendieron la autonomía del estado como condición para conservar la integridad nacional. Su postura se identificó con un confederalismo, opuesto a toda actitud separatista, y mantuvo la tradición constitucionalista y legalista que se había arraigado en Zacatecas entre 1810 y 1813. Las tareas más urgentes del primer Congreso fueron elaborar la constitución y mantener el estado a salvo de las pretensiones centralizadoras del gobierno nacional y, paradójicamente, de Guadalajara, que estaba interesada en conservar su antigua jurisdicción sobre Zacatecas. Dos de los principales temas de discusión de la legislatura fueron el manejo de los recursos económicos del estado, como garantía de su independencia y soberanía, y el equilibrio de los tres poderes.
En enero de 1825 se promulgó la Constitución política del estado libre de Zacatecas. Para su preparación, los legisladores analizaron las constituciones más avanzadas de la época, pero tuvieron una clara inspiración en la de Cádiz. La Constitución fue esencialmente un documento ideológico que estableció como forma de gobierno la república representativa popular federal y la división de los poderes; asimismo, definió los vínculos entre el estado y el resto de la nación. El territorio estatal quedó dividido en los partidos de Zacatecas, Fresnillo, Sombrerete, Aguascalientes, Juchipila, Nieves, Mazapil, Pinos, Jerez, Tlaltenango y Villanueva. A los ayuntamientos se les concedió mayor autonomía, con lo que ampliaron su participación en la vida política del estado. La consolidación de una nueva estructura administrativa, también señalada en el código, estuvo llena de dificultades, por lo que tomó la década de 1820 y parte de la siguiente.
La república federal, que en su fase inicial adoptó la forma confederal, representó para el conjunto de las provincias mexicanas la única vía para mantener su autonomía y conservar simultáneamente los vínculos entre ellas.
