En medio del faccionalismo que México vivió durante sus primeros años como nación independiente, destaca el alto grado de cohesión del grupo gobernante zacatecano, sobre todo entre 1825 y 1832. A pesar de que la Constitución estatal otorgó al Congreso amplias atribuciones en detrimento del Poder Ejecutivo, García Salinas logró ejercer un contrapeso efectivo. Hasta 1832, gran parte de las fisuras que acabarían con el exitoso experimento federalista zacatecano no tuvieron su origen, como era frecuente, en la relación entre los poderes Ejecutivo y Legislativo, sino en las diferencias que había entre los mismos diputados; además, los vínculos ya de por sí frágiles del gobierno estatal con el poderoso ayuntamiento de Aguascalientes y con un sector del clero se deterioraron.
Algunos diputados, que a la vez eran eclesiásticos, causaron severas fracturas en el Congreso estatal que se sumaron a otras que ya existían entre ellos. Unos eclesiásticos apoyaban las reformas liberales que afectaban fueros y privilegios del clero, otros se opusieron radicalmente. Hubo serios motivos de discordia, como las propuestas del Congreso para crear una dirección de diezmos para que la nación ejerciera el patronato, y prohibir que los eclesiásticos fueran electos diputados. Pero los motivos más graves fueron: en primer lugar, la publicación de la Disertación sobre la naturaleza y aplicación de las rentas y bienes eclesiásticos, de José María Luis Mora, que sintetizó la posición del gobierno estatal sobre la relación entre el clero y la Iglesia, así como el papel de ésta en la sociedad; y el proyecto de García Salinas para crear un banco agrícola, que disfrazaba una política desamortizadora y pretendía evitar la acumulación de la propiedad en pocas manos. El cabildo eclesiástico de Guadalajara, aliado al ayuntamiento de Aguascalientes, donde el clero gozaba de amplio ascendiente, protestó enérgicamente en contra de ambas cuestiones.
Así, se enfrentaban una mentalidad tradicional renuente a los cambios y otra innovadora, fundada en principios liberales. Esta situación hizo crisis en 1832 y 1835, al combinarse con otros sucesos de repercusión nacional.
