Para los primeros gobernantes de México, el fomento a la educación era condición indispensable para lograr el desarrollo y el progreso en todos los ámbitos de la vida nacional. Los zacatecanos formularon leyes para ampliar la cobertura de la enseñanza, considerada la base para formar ciudadanos industriosos que serían la clave del progreso de la región. Sin embargo, los numerosos problemas políticos y económicos de la época impidieron que esta idea se cumpliera cabalmente; la inversión en educación fue escasa y los logros apenas perceptibles.
La Constitución estatal de 1825 estableció que todos los pueblos contarían con escuelas de primeras letras, donde los alumnos aprenderían a leer, escribir y contar, y estarían bajo el cuidado de los ayuntamientos. Por su parte, la legislatura prepararía el plan general de enseñanza e instrucción pública para todo el estado, de acuerdo con el método lancasteriano que consistía en que los estudiantes más avanzados transmitieran sus conocimientos al resto de sus compañeros.
Sin embargo, durante los primeros años del periodo independiente hubo pocas escuelas para la educación de los niños, tanto en la ciudad capital como en el resto del estado donde incluso la situación fue mucho más precaria. Algunas escuelas sólo abrían por cortas temporadas; otras eran sostenidas por los mismos maestros, quienes en numerosas ocasiones dejaron de percibir sueldo. Además, los maestros no siempre tenían la preparación necesaria para enseñar.
Luego de superar graves obstáculos por falta de recursos y de personas idóneas, se fundó en 1825 la escuela normal de enseñanza mutua con el nombre de Escuela de la Constitución, para formar a los futuros preceptores en el sistema de enseñanza mutua. Al concluir su primer año de labores el número de alumnos de la escuela llegó a 297; pero esta cifra era insuficiente para cubrir las necesidades de profesores que aplicaran el método lancasteriano.
El Colegio de San Luis Gonzaga, fundado en 1754 y que había estado a cargo de los jesuitas, fue la única institución que ofrecía instrucción posterior a la de las primeras letras.
Quizá la mayor contribución de Zacatecas al país en materia educativa durante esta época haya sido el Plan de Enseñanza Pública para el Estado de Zacatecas, decretado en 1831, el cual propuso el establecimiento de escuelas y colegios de enseñanza pública, financiados por el gobierno estatal, donde los alumnos de ambos sexos recibirían educación gratuita. El Plan fue un documento progresista que no pudo ser cabalmente aplicado sino después de transcurridos más de 20 años de su elaboración.
La llegada del centralismo significó un retroceso para la educación, porque los pocos fondos que antes se le asignaban fueron destinados a otros fines. El aumento en el número de escuelas públicas fue muy lento, pasó de 18 en 1826 a 30 en 1850. En 1826 las escuelas particulares sumaban 136; para 1849 eran sólo 123, pero para el siguiente año habían aumentado a 131; siete años después se registraron 186 en todo el estado.
La matrícula de las escuelas tuvo fuertes altibajos, sobre todo porque las privadas, que superaban con mucho en número a las públicas, se caracterizaron por la inestabilidad y el atraso en los métodos pedagógicos. A esto se sumó la clausura de la Escuela de la Constitución en 1835, lo que influyó en el deterioro de la educación estatal.
Entre 1856 y 1867 se registraron mayores avances que en los años anteriores. El partido liberal sostuvo que el gobierno debía asumir el control de la educación y se aplicó el Plan de Enseñanza de 1831. Aumentaron los establecimientos educativos y el número de alumnos; asimismo, se intentó incorporar al sistema de enseñanza mutua los métodos pedagógicos.