La desaparición del general Santa Anna de la vida pública de México, facilitó el acceso al poder de los abogados y políticos liberales. La Reforma aplazada desde los tiempos de Gómez Farías contó con nuevos defensores: Juárez, Prieto, Ocampo, Lerdo de Tejada.

Dos manifestaciones principales de la nueva política deben destacarse: la ley de desamortización de 25 de junio de 1856 y la Constitución aprobada el 5 de febrero de 1857. La primera exponía "que uno de los mayores obstáculos para la prosperidad y engrandecimiento de la nación es la falta de movimiento o libre circulación de una gran parte de la propiedad raíz, base fundamental de la riqueza pública"; en consecuencia, ordenaba que todas las fincas rústicas y urbanas administradas o pertenecientes a corporaciones civiles o eclesiásticas se adjudicaran en propiedad a los que las tuviesen arrendadas; bajo el nombre de corporaciones eran comprendidas todas las comunidades religiosas de ambos sexos, cofradías y archicofradías, congregaciones, hermandades, parroquias, ayuntamientos, colegios y en general todo establecimiento de duración perpetua o indefinida; las fincas no arrendadas se venderían al mejor postor; "en todas las adjudicaciones de que trata esta ley, quedará el precio de ellas impuesto al seis por ciento anual, y a censo redimible sobre las mismas fincas, pudiendo cuanto quieran los nuevos dueños redimir el todo, o una parte que no sea menor de mil pesos respecto de fincas cuyo valor exceda de dos mil, y de doscientos cincuenta en las que bajen de dicho precio"; quedaron exceptuados de la ley los edificios destinados al servicio de los institutos: conventos, palacios episcopales, colegios, hospitales, etc.; las adjudicaciones y remates se harían dentro del término de tres meses contados desde la publicación del decreto; los arrendamientos celebrados por tiempo indefinido fueron reducidos al plazo de tres años; los nuevos adquirientes enajenarían libremente las propiedades y dividirían los terrenos de las fincas rústicas para su venta, sin que las corporaciones censualistas gozaran de facultad para oponerse; si los adjudicatarios no cumplían con sus obligaciones, la corporación obtendría el remate, pero no adquiriría de nuevo la finca; ninguna corporación civil o eclesiástica tendría capacidad legal para poseer o administrar por sí bienes raíces; "todas las sumas de numerario que en lo sucesivo ingresen en las arcas de las corporaciones, por redención de capitales, nuevas donaciones u otro título, podrán imponerlas sobre propiedades particulares o invertirlas como accionistas en empresas agrícolas, industriales o mercantiles, sin poder por esto adquirir para sí ni administrar ninguna propiedad raíz". Las traslaciones de dominio previstas en la ley causarían una alcabala del cinco por ciento.

Perseguía esta medida fines políticos, económicos y fiscales. En primer lugar se quería obligar al clero a desprenderse de sus propiedades, dejándole la percepción del precio y el uso económico de los capitales; en segundo término, introducíanse en el comercio y se fraccionaban las propiedades rústicas, fomentando la propiedad individual; por último, el gobierno obtenía rentas a consecuencia de los actos jurídicos impuestos por la ley. Se calcula que el clero se deshizo en favor de los particulares de propiedades valuadas en 100 millones de pesos, y que 40 000 propiedades cambiaron de dueño; mas la creación de una clase considerable de pequeños propietarios no se logró; las tierras rematadas pasaron a poder de los hacendados, y al ser dividida la propiedad comunal de los pueblos, respetada desde la época española, los nuevos poseedores —inhábiles para la defensa de sus derechos— se deshicieron de sus bienes en favor de los terratenientes poderosos.

Las ideas de los prohombres de la Reforma en el orden político universal y aplicadas al medio mexicano, se manifestaron elocuentemente en las sesiones del congreso que aprobó la carta de 1857.

La Constitución promulgada entonces establece que los derechos del hombre son la base y el objeto de las instituciones sociales; prohíbe la esclavitud; decreta la enseñanza libre, la libertad de trabajo, de pensamiento y de imprenta; los delitos relativos serían juzgados por un jurado. Siguen otros preceptos sobre derechos de reunión, garantías penales y de propiedad; se prohíbe a las corporaciones civiles o eclesiásticas la adquisición de bienes raíces con la excepción de los edificios destinados inmediata o directamente al servicio u objeto de la institución; la pena de muerte será abolida cuando se establezca el régimen penitenciario; los extranjeros no intentarán otros recursos que los que las leyes conceden a los mexicanos; la soberanía reside en el pueblo; la República es representativa, democrática y federal; el Poder Legislativo se deposita en una asamblea que se denominará Congreso de la Unión (se suprime el Senado); la elección de diputados será indirecta en primer grado y en escrutinio secreto; el Ejecutivo se deposita en un presidente electo de la misma manera; dura en el poder cuatro años; la Corte Suprema de Justicia se compondrá de 11 ministros propietarios, cuatro supernumerarios, un fiscal y un procurador general. Los estados ajustan su régimen interior a la forma de gobierno republicana, representativa y popular. Las facultades que la Constitución no concede expresamente a los funcionarios federales se entienden reservadas a los estados. El día 1 de junio de 1858 quedarían abolidas las alcabalas y aduanas interiores en toda la República. La Constitución podría adicionarse o reformarse mediante el voto de las dos terceras partes del Congreso de la Unión y el consentimiento de la mayoría de las legislaturas de los estados.

Un paso más decidido en la política progresista representaron las leyes dadas por el gobierno de Juárez en Veracruz, en pleno desarrollo de la guerra civil motivada por la oposición del partido conservador a la Reforma. De acuerdo con el manifiesto del jefe liberal, estas medidas tenían por objeto destruir los elementos de despotismo, hipocresía, inmoralidad y desorden que habían impedido que arraigasen en la nación los principios consignados en los códigos políticos. La ley de 12 de julio de 1859 decía que "el motivo principal de la actual guerra, promovida y sostenida por el clero, es conseguir el sustraerse de la dependencia a la autoridad civil"; enumeraba otros cargos para concluir: "entran al dominio de la nación todos los bienes que el clero secular y regular ha estado administrando con diversos títulos, sea cual fuere la clase de predios, derechos y acciones en que consistan". La ley del día 23 explicó que había cesado la delegación hecha por el Estado al clero para que con su sola intervención el matrimonio surtiera efectos civiles; bastaría ahora la comparecencia de los contrayentes ante la autoridad civil para la celebración del acto. Un decreto de fecha 28 estableció los jueces del estado civil. El 31 fueron secularizados los cementerios. El 3 de agosto se mandó retirar la legación de México ante el Vaticano, como resultado de la "perfecta independencia entre los negocios del Estado y los que son puramente eclesiásticos", y por ser nulas las relaciones de México con la jurisdicción temporal del papa. La libertad de cultos fue establecida por ley de diciembre de 1860.

Las vicisitudes militares de la guerra civil llamada de los tres años y la crueldad de los partidos —el odio manifestaba claramente la condición decisiva de la lucha, aplazada desde los tiempos de Santa Anna— no deben distraer nuestra atención del apoyo creciente que los beligerantes recibían del extranjero. Inglaterra había invertido capitales cuantiosos en México; los Estados Unidos, por razón de vecindad, intervenían celosamente; otros países de Europa confiaban todavía en aprovechar estos dominios. El trágico episodio del segundo imperio mexicano iba a decidir la órbita de influencia dentro de la cual se desarrollaría la política de México en el futuro. En 1854 y 1855 el ministro estadounidense Forsyth propuso al gobierno mexicano la cesión de la Baja California y el derecho de paso por el istmo de Tehuantepec. Consta por un protocolo discutido en 1859 entre Ocampo y Lerdo de Tejada a nombre de México y Churchwell en representación de los Estados Unidos, que se continuaba tratando la entrega de la Baja California. El gobierno de Juárez debía autorizar el traspaso a cambio de una remuneración que se convendría. México daría a los Estados Unidos el derecho de tránsito de El Paso, Texas, a Guaymas y a través de Tehuantepec; las compañías norteamericanas obtendrían 10 leguas cuadradas de tierra a los lados de las vías y quedaba su protección a cargo de fuerzas mexicanas o de Estados Unidos. Una parte de la indemnización prometida a México se retendría para saldar los créditos de los súbditos ingleses y norteamericanos. Habría derecho de reciprocidad en el comercio y navegación, y libertad mutua de derechos sobre mercancía en tránsito. Los ciudadanos de las partes contratantes serían protegidos. Para el caso de guerra, se añadiría una estipulación relativa al derecho de vía. En Veracruz, el 4 de abril de 1859, a nombre del gobierno de los Estados Unidos, preguntó Mr. Robert McLane al gobierno de Juárez si estaba decidido a cumplir el pacto; en compensación se declararía "que existe un gobierno en México que posee el derecho político para arreglar honorable y satisfactoriamente las cuestiones que se discutían cuando se suspendieron las relaciones entre los dos países". El 5 de abril respondió el ministro Ocampo que el señor Churchwell había informado con exactitud al presidente de los Estados Unidos sobre la existencia en México de un gobierno capaz y dispuesto a tratar con buena voluntad. Buchanan en su mensaje al Congreso, de diciembre del mismo año, explicaba:

México debe ser una república rica, próspera y poderosa. Posee un territorio extenso, un suelo fértil y una riqueza mineral incalculable. Ocupa una importante posición entre el Golfo y el Océano por vía de tránsito y para el comercio, ¿Es posible que un país como éste pueda ser abandonado a la anarquía y a la ruina, sin que nadie haga un esfuerzo para su recobro y seguridad? ¿Permanecerán las naciones comerciales del mundo que tienen tantos intereses enlazados con él, del todo indiferentes a tal resultado? ¿Pueden los Estados Unidos, especialmente, que deben participar más ampliamente en sus relaciones comerciales, permitir a su vecino inmediato que se destruya a sí mismo y que los perjudique a ellos?

El tratado final celebrado entre McLane y Ocampo estipula que por vía de ampliación del artículo 8 del tratado de 30 de diciembre de 1853, México cede a los Estados Unidos en perpetuidad el derecho de tránsito por el istmo de Tehuantepec, de acuerdo con los detalles expresados en el mismo documento; las fuerzas militares estadounidenses asegurarán en caso necesario o de peligro imprevisto el tránsito de personas y bienes por esa vía. A través del istmo y por la ruta de Guaymas pasarían fuerzas del país vecino, cobrándoles las empresas la mitad del precio ordinario del transporte; las mercancías que podrían negociarse en México fueron enumeradas, "proponiéndose la República Mexicana admitir los artículos de que se trata al más módico tipo de derecho y hasta completamente exentos del mismo, si el Congreso de los Estados Unidos conviene en ello"; los ciudadanos de Estados Unidos radicados en México disfrutarían de libertad de culto y no serían obligados a contribuir a los préstamos forzosos. México recibiría como indemnización 4 millones de duros, de los cuales la mitad respondería del pago de los créditos estadounidenses. En el caso de que la guerra civil obligara a las fuerzas de ambas repúblicas a obrar de concierto, podrían intervenir las de Estados Unidos en defensa de las estipulaciones celebradas con el gobierno de México.

Los conservadores mexicanos trabajaban entretanto en Europa. El Tratado Mon-Almonte de 26 de septiembre admitió indemnizar a las familias de los españoles asesinados en México por bandoleros, aunque especificando, de acuerdo con España, que era un pago ex gratia y que no serviría de base ni antecedente para otros casos de igual naturaleza. La mediación inglesa intentada durante la guerra de Reforma no condujo a ningún resultado decisivo, aunque las partes llegaron a entrevistarse. Juárez, sintiéndose apoyado por los Estados Unidos, defendi6 obstinadamente la legalidad de su gobierno y la conveniencia de que fuera reconocida por las potencias. Miramón no simpatizaba con la exigencia inglesa relativa a la tolerancia religiosa. A una propuesta de mediación de Francia contestó Juárez el 21 de abril de 1860:

El propio gobierno agradece sinceramente el ofrecimiento de S. M. el emperador de los franceses, así como sus deseos de que la República Mexicana disfrute pronto de paz; pero ya él hizo un ensayo sobre armisticio que no produjo otro resultado que el bombardeo de esta ciudad [Veracruz], y no cree prudente exponerse a aumentar los elementos de discordia entre los mexicanos con la adopción o formación de nuevos planes para pacificar al país.

Un episodio militar había fortalecido la posición de Juárez. El presidente conservador Miramón compró en La Habana dos buques para atacar Veracruz; la escuadra norteamericana los apresó bajo el cargo de piratería. La batalla de Calpulalpan, el 22 de diciembre de 1860, puso fin a la guerra en favor de los partidarios de la Reforma. Al entrar Juárez en la ciudad de México, expulsó a los representantes de España, la Santa Sede, Guatemala y Ecuador, que habían apoyado a sus enemigos; al arzobispo de México y a otros eclesiásticos. El 17 de julio suspendió por dos años el pago de la deuda pública. Almonte y otros emigrados mexicanos predicaban en Europa que gobernaba en México una gavilla irresponsable.