En una parihuela improvisada condujeron sus oficiales al adelantado al pueblo de Atenguillo, distante cuatro leguas del lugar del accidente. El gobernador O�ate, que al frente de un pelot�n de veinticinco hombres se hab�a dirigido en pos de Alvarado y su gente a trav�s de las monta�as, presenci� desde una altura el ataque de los espa�oles y su desastrosa retirada, y encamin�ndose r�pidamente a Atenguillo encontr� al conquistador gravemente herido y sufriendo intensos dolores. Sin embargo, pod�a hablar, y entre ambos jefes se entabl� breve conversaci�n.
"Se�or adelantado dijo el gobernador al alma me llega que Vuestra Se�or�a se haya puesto en tanto riesgo y en tal extremo de perder la vida, pues como hombre tan experimentado en la guerra, dije a V.S. no fuese a este castigo, por ser el tiempo contrario y favorable a los enemigos; y es muy diferente gente �sta de la que V.S. ha conquistado." A lo cual, con voz doliente, respondi� el adelantado: "Ya es hecho. �Qu� remedio hay? Curar el alma es lo que conviene". Y agreg�, reconociendo su falta: "Quien no crea a buena madre, crea a mala madrastra; yo tuve la culpa en no tomar consejo de quien conoc�a la gente y tierra, y mi desventura fue traer a un soldado tan cobarde y vil como Montoya, con quien me he visto en muchos peligros por salvarle, hasta que con su caballo y poco �nimo me ha muerto. �Sea Dios loado! Yo me siento muy fatigado y mortal; conviene que con la brevedad posible me lleven a la ciudad para ordenar mi alma".
Al d�a siguiente, la columna reanud� la marcha llevando a su jefe con direcci�n a Guadalajara, distante otras cuatro leguas de tierra llana. O�ate tom� la delantera y despach� desde la ciudad a un sacerdote que sali� al encuentro de Alvarado y oy� su confesi�n bajo los pinos en un descanso del camino. Los moradores de la ciudad lo recibieron con demostraciones generales de sentimiento, y en casa de sus deudos fue alojado y asistido. All� le administraron los sacramentos de la Iglesia, y el 4 de julio dict� sus �ltimas disposiciones ante los escribanos Diego Hurtado de Mendoza y Baltasar de Montoya, causante involuntario de su desgracia. Mand� que sus herederos cumpliesen el convenio hecho entre �l y el virrey Mendoza, y nombr� por su universal heredera del remanente de sus bienes a su mujer do�a Beatriz de la Cueva. Dispuso que las fuerzas situadas en los pueblos de Nueva Galicia no los desamparasen hasta que el virrey dictara las providencias necesarias para la seguridad de la tierra. Orden� que su cuerpo fuera enterrado en la iglesia parroquial de Guadalajara y que de ah� lo trasladaran al convento de Tiripit�o, de religiosos agustinos, y luego al convento de Santo Domingo de M�xico. Mand�, por �ltimo, que, para cubrir los gastos de sus funerales y decirle misas y novenarios, se vendiera la parte que fuera necesaria de los bienes que ten�a en Guadalajara o en M�xico; que en la ciudad hubiere y que se le dijese misa cantada con sus vigilias muy solemnes:
Y por cuanto estoy fatigado de mi enfermedad dec�a por �ltimo y el dicho Obispo de Guatemala sabe las personas a quienes yo puedo ser en cargo poco m�s o menos lo que conviene al descargo de mi conciencia, porque yo con �l muchas veces lo he comunicado, doy todo mi poder cumplido para que �l y Juan de Alvarado, vecino de la ciudad de M�xico, ambos a dos juntamente e no el uno sin el otro, si no fuere con poder el uno del otro, y el otro del otro por la distancia de tierra que haya a Guatemala donde el dicho Obispo est�, hagan y ordenen mi testamento seg�n e como a ellos les pareciere, e vieren que conviene al descargo de mi conciencia.
Aquel mismo d�a, 4 de julio de 1541, en la ciudad de Guadalajara, diciendo: "En tus manos, Se�or, encomiendo mi esp�ritu", muri� el conquistador de M�xico y Guatemala, el adelantado Pedro de Alvarado. Conforme a su deseo, "fue enterrado honrosamente en una capilla de Nuestra Se�ora, en la iglesia de la ciudad, a mano izquierda como entraban en ella, debajo del p�lpito".
A�os m�s tarde sus restos fueron trasladados al convento de Tiripit�o. All� se encontraban en 1563 seg�n se dice en el testamento que el 5 de abril de aquel a�o de su muerte otorg� el obispo Marroqu�n, en el cual figura la siguiente cl�usula: "Declaro que al adelantado yo lo quise mucho y �l asimismo mostr� quererme en obras y en palabras, y yo dex� mandados doscientos ducados al monasterio donde est� enterrado, que es en Tirepati; yo mando se le den de mis bienes y se los env�en al dicho monasterio".
Don Francisco de la Cueva y su esposa do�a Leonor de Alvarado, hija del adelantado, ped�an licencia en 1568 para construir dos b�vedas en la iglesia catedral de Guatemala, a fin de trasladar y enterrar en ellas los huesos de don Pedro de Alvarado y do�a Beatriz de la Cueva, su mujer, y los de don Pedro de Puerto Carrero, su muy cercano deudo. Ped�an asimismo que, para que se conservara a�n m�s la memoria de la persona que gan� esta tierra, se diera facultad para que en un lienzo de la capilla mayor de la iglesia se pudiera hacer un medio arco para colocar en �l el bulto del adelantado con su correspondiente epitafio.
El historiador Fuentes y Guzm�n refiere haber conocido los dos sepulcros en la iglesia catedral que fue demolida en su tiempo para fabricar la nueva, pero advierte que en la �poca en que redactaba su cr�nica (m�s o menos en 1690) ya no se descubr�an. Los restos del adelantado se perdieron desde entonces.