Cinco meses permaneci� el adelantado Alvarado en Honduras despu�s de su regreso de Espa�a. Las negociaciones con Montejo y el dif�cil problema del transporte de su cargamento a trav�s de las monta�as demoraron su llegada a Guatemala. Si duro era para los nativos recorrer bajo pesada carga los estrechos senderos que con el nombre de camino un�an a las dos provincias, la jornada no era menos fatigosa para los espa�oles reci�n llegados y para la lucida comitiva de damas y caballeros que acompa�aban a don Pedro y do�a Beatriz.
Despu�s de muchos d�as de viaje descubrieron los altos volcanes del interior de Guatemala y en un �ltimo esfuerzo llegaron a la ciudad de Santiago el 15 de septiembre de 1539.
Al dia siguiente, el adelantado se present� ante el ayuntamiento de la ciudad y exhibi� las reales provisiones que le confirmaban en la gobernaci�n. A su lado se ve�a al licenciado don Francisco de la Cueva, primo de do�a Beatriz, que hab�a llegado de Espa�a con el adelantado y que estaba destinado a ser su lugarteniente. El licenciado don Alonso Maldonado, gobernador hasta ese momento, presid�a la sesi�n, a la cual asist�an los alcaldes y regidores, los oficiales reales y dem�s personas notables. Alvarado present� la real c�dula de 9 de agosto de 1538 que el escribano del Cabildo ley� con voz clara y reposada. El rey dec�a en ella dirigi�ndose al adelantado: "Por la presente vos prometo que vos mandar� proveer e dar provisi�n de la dicha gobernaci�n de Goathemala para que se�is nuestro Gobernador de ella por t�rmino de siete a�os, y m�s, cuanto nuestra voluntad fuere, no paresciendo en la residencia que agora vos toma por mi mandado el Licenciado Maldonado nuestro oidor de la nuestra Audiencia e Chanciller�a real de la Nueva Espa�a, culpas por que merezc�is ser privado de ella".
No todos los miembros del cabildo eran amigos del adelantado. Gonzalo de Ovalle y otros concejales a quienes hab�a favorecido menos de lo que ellos cre�an merecer objetaron al punto que la provisi�n real no era absoluta y sujetaba la suerte de Alvarado al resultado de la residencia que, por haberse ausentado de la gobernaci�n, estaba sin sentenciar. El astuto capit�n tuvo de esta manera ocasi�n de conocer a sus �mulos, y despu�s de o�r sus pareceres, puso en manos del escribano la segunda c�dula, en la cual, previendo la duda que hab�a de surgir, el soberano le conced�a la gobernaci�n por un periodo de siete a�os sin sujetarlo a condici�n alguna.
El historiador Fuentes y Guzm�n, que relata este episodio, nos ha conservado el texto de la segunda c�dula, que es como sigue:
El Rey.
Licenciado Maldonado, nuestro juez de residencia de la provincia de Goathemala, e a todos los consejos, justicias, regidores, caballeros, escuderos, oficiales e omes buenos de la dicha provincia, e a cada uno de vos a quien �sta mi c�dula fuere mostrada: Sabed que nos hemos prove�do de la gobernaci�n de esa dicha provincia al Adelantado D. Pedro de Alvarado, por t�rmino de siete a�os, e m�s, cuanto fuere nuestra voluntad, seg�n m�s largo se contiene en la provisi�n que de ello le hemos mandado dar. E agora por parte de dicho Adelantado me ha sido hecha relaci�n que a causa de decirse en la que le hace la dicha merced, "no paresciendo en la residencia que vos el dicho Licenciado le tom�is y hab�is tomado, culpas por do merezca ser privado de ella", se teme y recela que no le querr�is recibir al dicho oficio, ni darle posesi�n de �l, poni�ndole en ello alg�n impedimiento, a fin de le hacer da�o, en lo cual �l recibir�a mucho agravio e da�o, a causa de la mucha gente que lleva para la conquista de las islas e provincias del Poniente, cuya conquista e gobernaci�n asimismo le habemos encomendado; e me fue suplicado vos mandase que libremente le recibi�sedes a la dicha gobernaci�n, conforme a su provisi�n, sin le poner en ello impedimento alguno, e como la merced fuese; e yo h�belo por bien. Por ende yo vos mando que luego que con esta mi c�dula fu�redes requeridos, sin embargo de cualesquiera cl�usulas que vayan en la dicha provisi�n que as� mandamos dar a dicho Adelantado, de la gobernaci�n de esa provincia, le recib�is al dicho oficio e al uso y ejercicio de �l, e se le dej�is y consint�is usar y ejercer libremente, por s� o por su lugarteniente, por el tiempo en la dicha nuestra provisi�n contenido, hasta tanto que por nos otra cosa se les env�e a mandar; sin que en ello se le ponga, ni consint�is poner, embargo ni impedimento alguno, e los unos e los otros no fagades ni fagan ende al por ninguna manera, pena de la nuestra merced e de cien mil maraved�s para la nuestra c�mara. Fecha en la villa de Valladolid a 22 d�as del mes de octubre de 1538 a�os. Yo el Rey. Por mandado de S.M., Juan de Samano.
Desvanecida toda duda con la lectura de esta c�dula, el licenciado Maldonado y el cabildo dieron posesi�n al adelantado del cargo de gobernador y lo felicitaron por haber recibido una vez m�s la confianza del emperador. En seguida comenzaron los festejos en que tomaron parte los espa�oles residentes y los nuevamente llegados. Los hombres compitieron en torneos, carreras, juegos de ca�as y otros regocijos durante varios d�as. Por las noches se organizaron saraos y encamisadas en honor a do�a Beatriz y sus veinte doncellas, y para desenga�arlas tambi�n como dice el cronista en caso que hubieran esperado encontrar en estas tierras solamente indios cimarrones y gentes b�rbaras.
Garcilaso de la Vega recogi� en sus Comentarios reales una graciosa an�cdota acerca de las fiestas con que se celebr� el regreso del adelantado de su segundo viaje a Espa�a.
Desta jornada dice el historiador hispanoincaico volvi� casado a la Nueva Espa�a, llev� muchas mujeres nobles para casarlas con los conquistadores que hab�an ayudado a ganar aquel Imperio, que estaban pr�speros con grandes repartimientos. Llegado a Quahuatimallan, D. Pedro de Alvarado fue bien recibido, hici�ronle por el pueblo muchas fiestas y regocijos y en su casa muchas danzas y bailes que duraron muchos d�as y noches. En una de ellas acaesci� que, estando todos los conquistadores sentados en una gran sala mirando un sarao que hab�a, las damas miraban la fiesta desde una puerta que tomaba la sala a la larga. Estaban detr�s de una antepuerta, por la honestidad y por estar encubiertas. Una de ellas dijo a las otras: "Dicen que nos hemos de casar con estos conquistadores". Dijo otra: "�Con estos viejos nos hab�amos de casar? C�sese quien quisiere, que yo, por cierto, no pienso casar con ninguno de ellos. Doylos al diablo �parece que escaparan del infierno seg�n est�n de estropeados: unos cojos y otros mancos, otros sin orejas, otros con un ojo, otros con media cara, y el mejor librado la tiene cruzada una y dos y m�s veces!" Dijo la primera: "No hemos de casar con ellos por su gentileza, sino por heredar los indios que tienen, que seg�n est�n viejos y cansados, se han de morir pronto, y entonces podremos escoger el mozo que quisi�remos en lugar del viejo, como suelen trocar una caldera vieja y rota por otra sana y nueva".
Agrega Garcilaso que un caballero de aquellos viejos, que andaba por all� cerca, oy� toda esta pl�tica, y, no pudiendo sufrir escuchar m�s, la ataj�, vituperando a las se�oras sus buenos deseos. Y en seguida cont� a los dem�s lo que hab�a o�do, aconsej�ndoles casarse con aquellas damas si quer�an, pero anunci�ndoles que por su parte corr�a a casarse con la hija de un cacique de los indios.