El de septiembre es mes de fuertes lluvias en Guatemala. El licenciado Maldonado no pudo emprender su viaje de regreso a M�xico inmediatamente despu�s de la llegada de Alvarado, y todav�a se hallaba en Guatemala el 16 de octubre de 1539, fecha de la carta que escribi� al emperador anunci�ndole que por lo riguroso de la estaci�n a�n no hab�a salido para el norte.
Para Alvarado no era importuna la presencia del oidor de M�xico porque la misi�n de �ste en Guatemala estaba terminada; y no le imped�a ocuparse en despachar los asuntos del gobierno, en atender a las obras de embellecimiento de la ciudad, y en hacer frecuentes viajes al puerto de Iztapa, donde se trabajaba activamente en la f�brica de la armada.
Entre las obras que se constru�an en la ciudad menciona el cronista Fuentes y Guzm�n la casa capitular, un edificio de varios pisos cuyo dise�o y planta dice haber visto en el archivo del cabildo, varios molinos a lo largo del R�o de la Magdalena, que hoy se llama Guacalate y corre al pie de los volcanes, y la introducci�n del agua del Chorrillo para la cual contribuy� el adelantado con los materiales y el estipendio de los peones, asignando para tal fin los servicios de los indios de Tecp�n Guatemala que pose�a en encomienda.
El obispo don Francisco Marroqu�n hab�a construido, en la plaza mayor, la iglesia catedral, con sacrificio de sus propias rentas y de la hacienda particular de los vecinos, gastando en ello m�s de cinco mil castellanos. El adelantado, por su parte, hab�a levantado su propia casa y palacio de gobierno, y los vecinos, siguiendo su ejemplo, edificaban activamente sus residencias, contribuyendo de este modo a mejorar el aspecto material de la capital de la Colonia.
En carta dirigida al emperador el 18 de noviembre de 1539, le informaba Alvarado que ten�a presta para salir a descubrir, una armada compuesta de doce galeras y naos gruesas, una galeota de veinte bancos y un bergant�n de trece que hab�a construido r�pidamente con el prop�sito de embarcarse en el pr�ximo mes de enero. Fundaba la prisa puesta en la f�brica de las naves, en el alto costo de mantenimiento de la mucha gente que hab�a tra�do de Espa�a, la cual, unida a la que en Guatemala estaba esperando su llegada, hac�a un grupo de setecientos hombres de pie y de caballo. A estos setecientos hab�a que agregar ciento y tantos que acababan de desembarcar en Puerto Caballos y que llegaban en busca suya, y muchos m�s que acud�an diariamente, as� de la provincia de Le�n de Nicaragua como del reino del Per�. Esta afluencia de hombres sedientos de aventura le alentaba a emprender pronto la expedici�n, en la cual dec�a que llevaba muy grandes hombres de la mar.
En la probanza de Juan Rodr�guez Cabrillo, hecha en Guatemala en 1560, se dice que a este capit�n le confi� el adelantado la f�brica de la armada y nav�os que hizo en el puerto de Iztapa, y que luego lo nombr� almirante de la misma. Le invisti�, adem�s, de autoridad para mantener en paz a la gente reunida en Iztapa con motivo de la construcci�n de las naves y lo autoriz� para entender en el despacho de la armada hasta que �sta estuvo lista para navegar. De Iztapa llevaron los nav�os a dar la carena al astillero de Jeravaltique, situado en la costa de San Miguel, y finalmente al puerto de Acajutla.
La armada no estaba presta para hacerse a la vela en enero de 1540 como anunciaba el adelantado, quien se encontraba todav�a con su gente en Guatemala en la primavera de aquel a�o. En efecto, el acta del cabildo de 19 de mayo consigna que ese d�a se present� el gobernador y capit�n general y anunci� estar de partida con su armada en demanda de las islas de la Especier�a, y que dejaba encargado del gobierno, como su lugarteniente, al licenciado don Francisco de la Cueva.
Los historiadores coloniales han conservado la consulta que en esta ocasi�n hizo el cabildo al adelantado acerca del destino del rey cakchiquel y del rey quich�, presos en la c�rcel de Guatemala. La consulta constaba en el acta de la sesi�n del cabildo de 19 de mayo de 1540 y dice as�:
Este d�a los dichos se�ores dijeron que su Se�or�a tiene presos a Sinacam y a Sequechul, se�ores de Goathemala, e que su Se�or�a se va agora en su armada e porque, estos indios siempre han sido rebeldes, e de su estada en la tierra se teme que se levantar�n e har�n alg�n alzamiento con que la tierra se pierda; e por ende, que piden a su Se�or�a, que o los lleve en su armada, o si han hecho por qu�, haga justicia de ellos: porque de quedar ellos en la tierra, especialmente si se huyen de la c�rcel, que lo pueden bien hacer, se podr�a recrecer alg�n alzamiento, de que se recrecer�a grande deservicio a Dios nuestro Se�or e a su Majestad, e gran fatiga de guerra a los espa�oles e muertes de ellos. E su Se�or�a dijo, que lo ver�, e har� lo que m�s convenga al servicio de Dios e de su Majestad, e bien de la tierra e pacificaci�n de ella.
Las �ltimas palabras de Alvarado sellaban de antemano la suerte de los desventurados pr�ncipes ind�genas. En las cr�nicas del tiempo de la Colonia se expresa la creencia de que los llev� en la armada y perecieron en lejanas tierras. Xim�nez dice que Alvarado "sali� de Guatemala llevando consigo a los dos caciques Zinac�n y Zequechul inicuamente despojados de sus se�or�os". V�zquez escribe que estuvieron presos muchos a�os "conserv�ndoles las vidas el piadoso don Pedro de Alvarado hasta el a�o de 1540". Y agrega que "es de creer los llevar�a consigo en su armada". Fuentes y Guzm�n dice en un lugar de su historia que el adelantado tom� partido de llevarlos en su armada, probando as� "la misericordia y compasi�n con que trataba a los indios"; y en otro, "haber llevado consigo a los dos reyes de Utatl�n y Goathemala con otros caciques de cuya infidelidad se recelaba".
Los cronistas V�zquez y Fuentes y Guzm�n se caracterizan en la literatura hist�rica guatemalteca como los apologistas incondicionales del conquistador espa�ol. En contra de sus aseveraciones y eufemismos acerca de este asunto, el Memorial de Solol�, escrito por los indios cakchiqueles, asienta en lac�nica frase que "Trece meses despu�s de la llegada de Tunatiuh [Alvarado] fue ahorcado el rey Ahpozotzil Cah� Ymox. El d�a 13 Ganel [26 de mayo de 1540] fue ahorcado por Tunatiuh en uni�n de Quiyavit Caok". El manuscrito ind�gena solamente menciona la muerte en la horca del rey de los cakchiqueles Cah� Ymox a quien los castellanos llamaban Sinac�n. Se supone, sin embargo, que Sequechul, o sea el rey quich� Tepepul, corri� la misma suerte.
Los gobernadores espa�oles acud�an corrientemente al recurso de ahorcar a los jefes ind�genas a fin de mantener aterrorizados y sumisos a los naturales de la tierra. No hab�a transcurrido un a�o desde la muerte del Ahpozotzil cuando el licenciado don Francisco de la Cueva, lugarteniente de Alvarado, mand� a ejecutar en forma semejante a otros se�ores cakchiqueles que hab�an provocado su enojo. Demostrando su imparcialidad y el prop�sito de dar a cada cual lo suyo, el Memorial anota que estas �ltimas muertes las caus� don Francisco y no Alvarado, "quien entonces ya se hab�a marchado para Xuchipillan"