El capit�n Juan Fern�ndez de H�jar, gobernador de la vecina villa de la Purificaci�n, tuvo noticia de la llegada del adelantado y se traslad� inmediatamente al puerto de la Navidad para informarle del angustioso estado en que se hallaba todo el reino de la Nueva Galicia a consecuencia de la sublevaci�n general de los naturales de la regi�n. El capit�n ve�a como obra de la providencia divina la presencia en aquel territorio de la poderosa fuerza que conduc�a un jefe y conquistador de tanta fama, y le rog� que ayudara a los espa�oles que en tan duro aprieto se encontraban y que contribuyera a pacificar los pueblos alzados. Alvarado acept� sin vacilar la petici�n del gobernador y dio orden de que desembarcara su gente, dispuesto a marchar con ella a la ciudad de Guadalajara, que era el punto m�s amenazado por estar rodeado de los pueblos enemigos.
Ocurri�, sin embargo, que el virrey de la Nueva Espa�a, don Antonio de Mendoza, tuvo noticia tambi�n de haber llegado el adelantado al frente de la armada m�s poderosa que hasta entonces hab�a desplegado sus velas en la Mar del Sur. Por diverso motivo, el virrey crey� ver igualmente la mano de la providencia en el arribo del gobernador de Guatemala, y despach� mensajeros al puerto de la Navidad para invitarlo a que se reuniera con �l en un lugar intermedio entre la ciudad de M�xico y costa para tratar de asuntos que a ambos interesaban.
Mendoza estaba empe�ado a la saz�n en una empresa de la que esperaba obtener ping�es provechos. Un fraile visionario de la orden de San Francisco, conocido con el nombre de fray Marcos de Niza, hab�a convencido al virrey de que al norte del territorio de la Nueva Espa�a, donde hoy existe el estado de Nuevo M�xico, exist�a un grupo de pueblos ind�genas de incalculable riqueza, a los cuales daban el nombre de Tz�bola. De orden del virrey el fraile franciscano hab�a hecho un viaje a aquella regi�n, y aunque no vio m�s que de lejos las casas de adobe edificadas por los indios zu�is sobre las mesas naturales, volvi� a M�xico con la sensacional noticia de que en dichos lugares era tan abundante el oro que hasta las vasijas y menesteres de cocina estaban hechos del precioso metal.
Halagado por tan fant�sticas nuevas, el virrey hab�a organizado una expedici�n por tierra que confi� al gobernador de Jalisco, Francisco V�zquez de Coronado, y despach� por mar al capit�n Hernando de Alarc�n para que explorara las aguas de California y buscara desde la costa el acceso al Eldorado del norte.
En el cuadro de esta campa�a encajaba la figura de Pedro de Alvarado, conocido por su esp�ritu aventurero y ambicioso y en posesi�n de una fuerza mar�tima respetable. Enterado de los deseos del virrey, el adelantado dio orden de que su gente se embarcara de nuevo y que la armada se trasladara algo m�s al norte, al puerto de Santiago de Buena Esperanza, en la desembocadura del R�o Grande de Santiago, donde hoy existe el puerto de San Blas, en el estado de Nayarit. En seguida se puso en camino para reunirse con Mendoza.
La reuni�n entre ambos personajes tuvo lugar en el pueblo de Tiripit�o, de la provincia de Michoac�n, que era encomienda de Juan de Alvarado, deudo del adelantado. El virrey se present� en compa��a del oidor de la Audiencia de Nueva Espa�a, licenciado Alonso Maldonado, que hab�a sido juez de residencia y gobernador de Guatemala, y del veedor de M�xico, Peralm�ndez Chirino. El obispo de Guatemala, licenciado don Francisco Marroqu�n, que por negocios de su di�cesis acert� a encontrarse en M�xico en aquella ocasi�n, acompa�aba a Alvarado y le ayud� durante estas negociaciones.
Mendoza record� al gobernador de Guatemala que por una cl�usula de la capitulaci�n de �ste con Su Majestad para el descubrimiento y conquista de las islas del poniente, el soberano le conced�a a aqu�l la tercera parte de los provechos que se obtuvieran, y en consecuencia le propuso que unieran sus fuerzas para dicho descubrimiento y que formaran al mismo tiempo una compa��a para explorar las riquezas de las ciudades de Tz�bola, cuya fama hab�a despertado la ambici�n no s�lo de Mendoza, sino tambi�n de Cort�s, quien por ese tiempo gestionaba directamente en la Corte el privilegio de descubrir ese territorio. Hac�a notar el virrey que estando ya asociados por voluntad del soberano en los descubrimientos de la Mar del Sur, les conven�a a los dos ampliar el campo de sus actividades atendiendo a ambas empresas.
La intromisi�n del virrey contrariaba los proyectos de Alvarado porque limitaba su libertad de acci�n; pero, por otro lado, la idea de participar en la distribuci�n de las riquezas de Tz�bola ha de haber halagado fuertemente su ambici�n. Mendoza reconoce que entre �l y el adelantado hubo "alguna discordia" sobre el concierto de que se trataba, pero que, por fin, teniendo presente lo sucedido en el Per�, donde se encontraron frente a frente las ambiciones de los conquistadores, consiguieron ponerse de acuerdo y convinieron en despachar dos armadas, una para descubrir la costa de la Nueva Espa�a por el rumbo del norte, y otra para que fuese al poniente "en demanda de los Lequios y Catayo".
En efecto, despu�s de tratar largamente del asunto, el virrey y el adelantado suscribieron el 29 de noviembre de 1540 un "asiento y capitulaci�n para la prosecuci�n del descubrimiento de tierra nueva hecho por fray Marcos de Niza".
Faltando una vez m�s al cumplimiento de sus compromisos con la Corona, y "sin el respeto debido a Cort�s", como anota el padre Tello, atra�do por el falso brillo de la pretendida riqueza del pa�s de Tz�bola, Alvarado se obligaba a cooperar al descubrimiento de esos lugares yendo en su busca por el lado del mar, y ced�a al virrey Mendoza la mitad de las mercedes que el rey le hab�a concedido para el descubrimiento de la especier�a. Ced�ale tambi�n la mitad de la armada que ten�a en puertos de la Nueva Espa�a, con todos sus pertrechos, armas, velas, aparejos y bastimentos. A cambio de todos estos bienes y servicios, el adelantado recibir�a un quinto de los aprovechamientos que hasta aquella fecha hubieren obtenido V�zquez de Coronado y Alarc�n, y la mitad de las ganancias de lo que en lo sucesivo se descubriere.
El puerto de Acapulco, del virreinato de la Nueva Espa�a, qued� designado para la carga y descarga de los efectos de la compa��a; y el puerto de Xirabaltique, en la costa de San Miguel, provincia de Guatemala, servir�a para astillero donde se hab�an de fabricar otros nav�os, debidamente aparejados por cuenta de Alvarado.
Examinando los t�rminos de este arreglo, es f�cil advertir que Alvarado iba a soportar todas las cargas del negocio; pon�a en �l sus barcos y cuanto ten�a y aun se obligaba a fabricar y aparejar m�s naves por su exclusiva cuenta, mientras que Mendoza no arriesgaba nada ni contribu�a con cosa alguna para los gastos de las dos empresas. En cambio, las ganancias deb�an distribuirse entre los socios por iguales partes.
El convenio obligaba al adelantado a hacer nuevos gastos para la preparaci�n de la jornada, y por esta raz�n tuvo que permanecer en M�xico durante los siguientes seis meses.