Los 10 primeros años de vida independiente servirían para que los aguascalentenses experimentaran las dificultades que entrañaba la organización de la vida departamental. Mantener un gobierno propio, darse leyes que fomentasen de manera efectiva las actividades económicas, alcanzar en el terreno de las finanzas el indispensable y difícil equilibrio, respetar los derechos de los particulares sin sacrificar los de la colectividad y evitar los abusos de los poderosos eran para ellos tareas tan novedosas como imposibles. Pronto advertirían que era más fácil quejarse de los desatinos gubernamentales, reales o supuestos, que darse ellos mismos un gobierno justo, honrado y eficiente.
Por si ello fuera poco, las circunstancias por las que atravesaba el país no favorecían la prosperidad general ni alentaban el desarrollo de la agricultura, la industria, el comercio y la instrucción pública, del cual dependían, en última instancia, la felicidad colectiva y la estabilidad de los gobiernos. Fue tanta la desesperación que muy pronto se tuvieron dudas acerca de la posibilidad de que Aguascalientes subsistiera como departamento autónomo. Los mismos que de manera apresurada declararon que el suyo era un territorio rico y casi fatalmente llamado a la prosperidad, tuvieron que reconocer que entre los buenos deseos y su realización había un camino que no conocían lleno de obstáculos que ni siquiera habían imaginado.
El primer gobernador de Aguascalientes fue Pedro García Rojas, el cual poco pudo hacer por un departamento que carecía de rentas, que no contaba con una legislación adecuada y cuyos límites mismos eran imprecisos. Tal vez uno de sus más importantes aciertos fue alentar la preparación del Primer cuadro estadístico del Departamento de Aguascalientes, al cual ya tuvimos oportunidad de referirnos. Más allá de su indudable utilidad como herramienta de conocimiento de lo que era el nuevo departamento, este documento fue muy importante porque demostraba que Aguascalientes tenía su propia personalidad, diferente de la de Zacatecas, y que en esa misma medida podía hacer aportaciones de la mayor importancia al engrandecimiento del país.
En un contexto de extremada precariedad, agravado por la sequía y, consiguientemente, por el alto precio que alcanzó el maíz durante el año de 1837, se puso en marcha la maquinaria legal que daría vida al nuevo régimen centralista. Los antiguos congresos estatales fueron remplazados por asambleas departamentales. La de Aguascalientes, integrada por Francisco Flores Alatorre, Atanasio Rodríguez, Pedro José López de Nava, José María de Ávila, Lucas Mazón, Joaquín de Ávila y Felipe Niego, presentó juramento ante el gobernador el 26 de marzo de 1837.
Esta junta fue la encargada de presentarle al presidente de la república, Anastasio Bustamante, la terna de la cual debía salir el nombre del nuevo gobernador. En ella estaba incluido el propio García Rojas, pero Bustamante se inclinó por Francisco Flores Alatorre, un coronel que conocía mucho mejor los pasillos de palacio que los campos de batalla.
