Flores Alatorre, que tomó posesión de la gubernatura el 24 de julio y se mantuvo en ella hasta fines de 1841, era un hombre bastante rico, dueño entre otras cosas de la hacienda de San José de Guadalupe. Estaba casado con María Josefa Rincón Gallardo y se valió de todos los recursos que encontró para apoderarse de parte del legado testamentario que dejó el presbítero Ignacio José Rincón Gallardo, tío de su esposa. Este pleito, que duró varios años y que le ganó la franca animadversión de muchisíma gente, le permitió convertirse en dueño de la hacienda de La Cantera, una de las más grandes y mejor ubicadas del departamento. Según Agustín R. González, Flores Alatorre era un hombre de "mucho valor personal", aunque su carácter atrabiliario y su vida licenciosa dieron con frecuencia de qué hablar.
Para sus enemigos Flores Alatorre era un hombre sin principios, que había militado bajo todas las banderías políticas y coqueteado con todos los partidos, sin importarle otra cosa que la percepción de un sueldo y la ostentación de un cargo público. Había sido realista e independentista, monárquico y republicano, federalista y centralista, pero a todos había acabado traicionándolos. Lo más grave, sin embargo, era que Flores Alatorre carecía de talento para gobernar, de un buen sentido de los intereses públicos, de habilidad para conciliar a los enemigos, de benevolencia para hacerse amar del pueblo y hasta de decencia para hacerse respetar.
Por si ello no bastara, la actuación de Flores Alatorre al frente del gobierno departamental se cimentaba en una fe quebradiza en las posibilidades que tenía Aguascalientes para subsistir como unidad política independiente. En su opinión, los recursos con los que contaba el departamento eran escasos, aunque se cuidaba mucho de decirlo en voz alta, pues entonces sus enemigos lo habrían acusado de traicionar la confianza de los aguascalentenses, que a ratos cifraban su felicidad y su futuro bienestar en el hecho de no depender de Zacatecas.
Con esta falta de fe en los medios de que disponía y envuelta la época en circunstancias particularmente aciagas, poco podía hacer el gobernador. Además, muy pronto se distanció de la junta departamental, a la que trataba con altanería y sólo le consultaba asuntos de importancia menor.
