Habría que añadir que Flores Alatorre no sólo tuvo que vérselas con un erario empobrecido y una oposición bien organizada y beligerante, sino que además tuvo que sofocar, en mayo de 1838, el pronunciamiento encabezado por Santiago González y secundado por un buen número de hombres armados. González, que se presentaba a sí mismo como "un soldado del pueblo", que se había levantado en armas con Hidalgo en 1810, era en realidad un hombre viejo y achacoso, carente de ideas propias y simple instrumento de Gómez Farías, quien era el verdadero inspirador de este movimiento.
Como fuere, el hecho es que González, con el pretexto de organizar unas carreras de caballos, reunió cerca de la villita de La Encarnación un grupo como de doscientos jinetes, al frente de los cuales pensaba apoderarse de Aguascalientes y de otras plazas de importancia. González creía que al mismo tiempo se levantarían otros caudillos en Zacatecas, Lagos, Fresnillo y demás ciudades de la región, todos en favor de la federación y exigiendo el reconocimiento de la Constitución de 1824, lo que le daría fuerza y alcance al movimiento. Sin embargo, a la hora de la verdad González se quedó solo, rodeado apenas de unos cuantos hombres, dispuestos a todo pero incapaces de poner en aprietos serios al gobierno. Pudo entrar sin problemas en Aguascalientes y someter a la pequeña fuerza que guarnecía la plaza, pero después de varios días de esperar en vano noticias alentadoras procedentes de otros puntos, abandonó la ciudad y vagó un poco hasta que las fuerzas del gobierno lo aprehendieron.
González, que encabezó uno de los 84 pronunciamientos que asolaron al país entre 1837 y 1841, era secundado por hombres honorables y muy conocidos por su apego a la causa federalista, entre los que sobresalían los hermanos Pablo y José María Chávez. Según ellos, la república se hallaba "en el caos más horroroso en que una nación pueda verse" y la causa de sus aflicciones se localizaba en "la ineficacia del actual régimen central", detestado por la mayoría de los mexicanos e incapaz de promover la felicidad pública. Para evitar el triunfo de la anarquía y la "ruina social" consiguiente, ellos, patriotas verdaderos, inflamados por "el entusiasmo más acrisolado y el celo más puro", habían resuelto reconocer como jefe del ejército federal al general José Urrea y luchar con las armas en la mano hasta lograr la completa caída del centralismo despótico.
Por lo demás, los pronunciados declaraban que el departamento de Aguascalientes "será desde este día un partido del estado libre y soberano de Zacatecas y le prestará obediencia tan luego como se halle constituido bajo un régimen representativo, popular-federal".
Aunque no fue la impopularidad de esta demanda lo que determinó el fracaso de González y sus aliados, sino el hecho de que ni en Zacatecas, ni en Jerez, ni en ningún otro lado pudieron los federalistas ir muy lejos. En todos esos lugares, la rápida acción de las tropas adictas al gobierno pudo sofocar las intentonas de alzamiento. En Aguascalientes mismo, a fines de mayo de 1838, el gobernador Flores Alatorre podía informar muy ufano que "el orden se ha restablecido", aunque no dejaba de lamentar que la ciudad no contara con el debido resguardo militar y que por lo mismo seguía en peligro de caer en manos de cualquier aventurero.
En medio de un completo caos, departamental y nacional, el coronel Flores Alatorre dejó la gubernatura. Lo remplazó, a fines de octubre de 1841, el señor José María López de Nava, un liberal de tendencias progresistas que poco pudo hacer realmente por el departamento. Desde luego carecía de los recursos con los cuales promover mejoras de importancia. Además, los primeros años de vida independiente, con sus descalabros y malestares, habían servido para que muchos aguascalentenses renunciaran a la pasión autonomista y añoraran el antiguo estatuto de sujeción. Para colmo de males, en el país imperaban el desorden y la incertidumbre. Los pronunciamientos se sucedían uno a otro, convirtiendo el territorio nacional en el teatro de correrías que muchas veces no tenían otra causa que miras personalistas.
