Todos estos cambios supusieron la subsistencia del departamento de Aguascalientes, pues el artículo tercero de las Bases Orgánicas dejaba para un incierto futuro el arreglo definitivo de la cuestión territorial y establecía que todos los departamentos mantendrían por lo pronto sus límites. El general Mariano Chico, uno de los muchos que exigieron la destitución del constituyente, fue nombrado entonces gobernador de Aguascalientes. La junta departamental, que no podía hacer otra cosa, decretó que la toma de posesión del general Chico, que tuvo lugar el 14 de mayo de 1843, se solemnizara de la manera debida, con manifestaciones de público regocijo y todo lo demás que recomendaban las circunstancias.
A Chico ya se le conocía en Aguascalientes porque había ocupado el cargo de administrador de rentas del departamento y había aparecido entre los firmantes del manifiesto que desconocía al Constituyente. Agustín R. González dice que era un tipo alegre y sociable, amigo del bullicio y de la poesía satírica, pero que hizo poco por el progreso de Aguascalientes. En su época tuvo lugar una intentona revolucionaria encabezada por Justo Esparza, que apoyado por "algunos hombres del pueblo" trató en vano de tomar el cuartel. Durante la intentona, que fue fácilmente controlada por la tropa adicta al gobierno, murieron algunos hombres.
El general Chico fue sustituido, a principios de 1844, por Francisco Moreno, un comerciante honrado "pero sin conocimientos administrativos". A los pocos meses su lugar fue ocupado por el doctor Rafael Díaz de León, notable entre los de su oficio, pero poco apto para el desempeño del puesto que se le encomendó. Agustín R. González le critica lo "adusto" de su carácter y sus "ideas retrógradas".
La gestión de Díaz de León también fue muy breve, pues en noviembre de 1844 fue remplazado por Felipe Nieto, quien encabezó una administración "ilustrada y moralizadora". Era Nieto un hombre de costumbres moderadas, de trato agradable y que supo hacerse querer por el pueblo. La junta departamental, a la que consultaba con frecuencia pero cuyas opiniones no siempre escuchaba, la integraban Antonio Rayón, Atanasio Rodríguez y Rafael Díaz de León, entre otros. Nieto pudo normalizar la situación administrativa del departamento, evitar la bancarrota de la hacienda pública y pagar con puntualidad a los empleados. Sin embargo, fue la educación pública el ramo al que dedicó mayor atención, el "objeto de sus constantes desvelos". Mejoró la academia de dibujo, procuró que los hacendados (él lo era) abriesen establecimientos de instrucción elemental en sus fincas, inauguró una buena escuela en el barrio de Triana, abrió diversas cátedras en la escuela de Cristo y trabajó, sin éxito, en la creación de un colegio de instrucción secundaria.
Otra de las mayores preocupaciones de Nieto fue evitar que el general Condell se apoderara de nuevo del gobierno departamental. Al parecer, al veracruzano se le despacharon en toda forma títulos de gobernador, pero diversos acontecimientos estuvieron retrasando su traslado a Aguascalientes. En octubre de 1845 Nieto envió a la ciudad de México algunas cartas en las que descalificaba a Condell y demandaba que el nombramiento de gobernador recayese en sujeto más idóneo.
Mientras tanto, la situación política del país seguía descomponiéndose. Santa Anna, con el apoyo de las Bases Orgánicas, se había erigido en dictador, nulificando a la Junta Legislativa y reduciendo al mínimo las facultades de los gobernadores departamentales, pese a lo cual fue incapaz de imponer el orden y de promover el desarrollo material. En mayo de 1844 estalló una nueva revolución en Guadalajara, que puso fin a la tiranía de Santa Anna, pero que no se tradujo en un alivio para el país.
Para colmo de males, la sombra de una guerra inminente con los Estados Unidos lo complicaba todo. La anexión de Texas a ese país se consumó el 1° de marzo de 1845. En señal de protesta el gobierno mexicano retiró a su embajador. Antes de lanzarse sobre su vecino del sur, el presidente norteamericano Polk trató de negociar con México la venta de California, pero no logró llegar a ningún acuerdo.
El 13 de enero de 1846, finalmente, Polk le ordenó al general Zachary Taylor que ocupara el territorio situado entre los ríos Nueces y Bravo, que era el que reclamaba con mayor insistencia. México, que estaba sumido en la anarquía y que carecía de un gobierno lo suficientemente fuerte y estable para responder en forma adecuada ante una agresión de ese tipo, se limitó realmente a emitir proclamas patrióticas. Un incidente menor le permitió a Polk solicitarle al Congreso, el 11 de mayo de 1846, una formal declaración de guerra.
A pesar de que desde el 18 de mayo las tropas norteamericanas ocuparon el puerto de Matamoros y de que en seguida se adentraron en territorio mexicano, el gobierno esperó hasta el 7 de julio para emitir una declaración formal de guerra. Todos habían estado muy ocupados con el levantamiento del general José María Yáñez, que desde Guadalajara clamó el 20 de mayo por el regreso de Santa Anna. Los ejércitos, que deberían estar ocupados en la defensa de la patria, se agotaban en interminables e impopulares guerras intestinas. El imprescindible Santa Anna, finalmente, arribó de manera triunfal a la ciudad de México el 14 de septiembre de 1846 con el propósito de levantar un ejército que fuera capaz de frenar el avance de los norteamericanos.
