Ése fue el contexto en el que, el 2 de septiembre de 1846, Felipe Cosío asumió la gubernatura del estado de Aguascalientes. Cosío era un personaje que a base de medidas atinadas se convirtió en "el gobernador más popular de cuantos ha tenido Aguascalientes". Pese a su notorio afán de diversiones, no descuidó sus obligaciones administrativas; antes bien, procuró el mejoramiento de la instrucción pública, el establecimiento del Tribunal de Justicia y la organización de las elecciones, en las cuales "resultó electo gobernador constitucional con general aplauso". Se ocupó además de la organización de la guardia nacional, la cual "armó, equipó y disciplinó como los mejores cuerpos del ejército" y de la que, llegado el momento, se valió para defender la independencia del estado y para "iniciar una revolución contra el gobierno federal".
Cosío procuró además la pronta instalación del nuevo Congreso del Estado, que tuvo el carácter de Constituyente y del que formaron parte los señores Guadalupe Rivera, Antonio Rayón, Juan N. Muns, Luis Valadez, Ignacio Romo de Vivar y Demetrio Moreno. El Congreso, previas algunas reformas menores, hizo suya la Constitución de Zacatecas, de donde se derivaba su falta de adaptación a las exigencias de la vida local. De cualquier modo constituía un avance, por lo menos teórico, el que esa ley reconociera los derechos básicos de todos los aguascalentenses, incluido el de "hablar, escribir e imprimir sus ideas libremente, sin previa censura y con las limitaciones que imponen las leyes". Aunque casi a renglón seguido se hacía una distinción entre los ciudadanos y los no ciudadanos, categoría esta última que incluía a los que no sabían leer ni escribir y a los vagos.
También se importaron de Zacatecas el reglamento de debates del Congreso y el económico-político de los partidos, aunque, junto con todas estas copias, los diputados emprendieron algo original: expidieron una ley contra ladrones, una ley que a su carácter bárbaro añadía su falta de sentido práctico, lo que le atrajo numerosos críticos. Uno de ellos, Agustín R. González, dice que "hubiera sido preferible" que los diputados evitaran tal rasgo de originalidad. Sin embargo, lo que más distinguió a estos hombres, y en especial al gobernador Felipe Cosío, fue la apasionada defensa que hicieron de la independencia estatal, desconocida en 1847.
A pesar de la indignación del pueblo, que no soportaba la idea de que el territorio nacional estuviese ocupado por un ejército extranjero, no fue posible organizar la defensa. México carecía de un verdadero ejército, el gobierno no tenía el dinero con el cual armar a sus hombres, los estados se preocupaban más por su propia defensa que por sumarse al esfuerzo nacional y la agitación interna no cesaba. Enfrente estaban los Estados Unidos, un país poderoso y poseído por la doctrina del "destino manifiesto", que fue capaz de movilizar un ejército profesional, numeroso y bien pertrechado, y que perseguía un objetivo muy preciso: la anexión de Nuevo México y la Alta California.
El 20 de agosto de 1847 fue tomado el convento de Churubusco, en las goteras de la ciudad de México, lo que obligó a las autoridades mexicanas a aceptar un armisticio y a entablar negociaciones con el comisionado norteamericano. El 6 de septiembre, luego de 10 días de infructuosas pláticas, se reanudaron las hostilidades. El 13 de septiembre fue tomado el Castillo de Chapultepec, último reducto de los mexicanos. Al día siguiente Santa Anna y su ejército abandonaron la ciudad, mientras que el ayuntamiento capitulaba ante los norteamericanos. El 14 de septiembre fue ocupada la ciudad, pese a la resistencia desesperada y hasta heroica de sus habitantes. Al día siguiente, cuando se recordaban el grito de Dolores y la independencia nacional, la bandera de las barras y las estrellas ondeaba sobre palacio.
