El Congreso Nacional, que en medio de la guerra se reunió en la ciudad de México el 6 de diciembre de 1846, promulgó el 21 de mayo de 1847 un acta de reformas a la Constitución de 1824 que le desconocía a Aguascalientes su carácter de entidad federativa y que disponía su reincorporación a Zacatecas en calidad de partido. La noticia fue recibida en Aguascalientes como un balde de agua helada. Aunque no eran pocos los que habían externado su convicción de que la entidad, dadas su pequeñez y su carencia de recursos, no podía sobrevivir como tal, nadie recibió de buen grado la noticia de la reincorporación a Zacatecas. Antes bien, pudo advertirse en los gobernantes, en quienes formaban parte de la milicia y en amplios sectores de la población, el rápido desarrollo de un violento y beligerante localismo. La desaparición de la entidad golpeaba el orgullo de la gente y la reincorporación a Zacatecas se asumía como una inaceptable e injusta humillación.
Por otra parte, el conflicto que provocó esta reanexión vino a enrarecer aún más el clima político del país. A los problemas derivados de la ocupación militar del país se agregaban los ataques de diversas tribus de indios bárbaros, el levantamiento de los polkos en la ciudad de México, las sublevaciones de los indios, las expediciones filibusteras, la guerra de castas en Yucatán y su desconocimiento del pacto federal, la oposición de la mayoría de los estados a pelear contra los norteamericanos fuera de su territorio y, por si fuera poco, la negativa de los aguascalentenses a acatar el acta de reformas del 21 de mayo.
El gobernador Felipe Cosío, quien estimaba que para Aguascalientes era casi bochornoso volver al antiguo estatuto de sujeción, encabezó en forma tenaz y valiente la resistencia. Investido por el Congreso de facultades extraordinarias, suprimió impuestos y convirtió en honoríficos algunos cargos de representación popular. Él y sus amigos se entregaron a la tarea de redactar diversos panegíricos de la vida independiente, enalteciendo sus ventajas y minimizando sus inconvenientes. A las legislaturas estatales se les pidió que dirigiesen ocursos y representaciones al Congreso General en apoyo de la causa de la emancipación.
En Zacatecas se tenía la firme convicción de que los aguascalentenses regresarían finalmente al sendero de la obediencia. El gobernador Cosío era considerado un tipo caprichoso, empecinado en sostener "una situación difícil, anómala y sin esperanzas de un desenlace favorable". Se volvía preciso dictar medidas tendientes a "poner término a la anarquía que allí reinaba". Una de esas medidas fue adoptada el 29 de enero de 1848, pocos días antes de que se firmaran los Tratados de Guadalupe, cuando mediante un decreto del Congreso se dispuso que los municipios de Aguascalientes y Jesús María formasen un partido, y los de Asientos, Rincón de Romos y Calvillo otro, dependiente de la capital del estado. Se reforzaba así el cerco tendido en torno a la ciudad de Aguascalientes y, de paso, se capitalizaban las disputas entre las municipalidades.
En mayo de 1848, en señal de desconocimiento de los Tratados de Guadalupe, estalló en Aguascalientes una rebelión encabezada por el general Mariano Paredes y Arrillaga, que fue secundada por el padre Jarauta en Lagos y por Manuel Doblado en Guanajuato. Los rebeldes prometían darle al país algo que llamaban "instituciones aceptables", proclamaban la reerección del estado de Aguascalientes y prometían en forma velada el ensanchamiento de sus límites. Sin embargo, Paredes fue rápidamente derrotado, y con él Felipe Cosío, que era uno de sus más resueltos partidarios. En Aguascalientes estos sucesos no desanimaron al ayuntamiento, el cual, al lado de una junta de vecinos principales, nombró como nuevo gobernador al licenciado Francisco Borja Belaunzarán.
El gobierno del presidente José Joaquín Herrera, que prestó juramento el 3 de junio de 1848, estaba decidido a castigar a los facciosos y determinó la ocupación de la plaza por tropas federales, que fueron colocadas bajo el mando del general Manuel Arteaga. La ciudad fue abandonada, muchos notables y desde luego aquellos que habían tomado parte en la revolución buscaron refugio en otras capitales. Arteaga tenía órdenes precisas de nombrar nuevas autoridades municipales y de que éstas jurasen la Constitución de 1824 con todo y sus reformas. Sin embargo, era tal el descontento del vecindario, el patriotismo de unos y el temor a la ira del pueblo de otros, que nadie quería desempeñar los nuevos cargos públicos. Aguascalientes era de nuevo un partido del estado de Zacatecas, pero sus habitantes se negaban a aceptarlo. Finalmente, el 26 de julio de 1848, la Constitución fue jurada y las autoridades del partido comenzaron a despachar con cierta regularidad sus asuntos.
Los problemas recomenzaron muy pronto, cuando el general Manuel Arteaga, obedeciendo órdenes superiores, tuvo que abandonar la plaza. El pueblo, que vio desprotegida a la pequeña guarnición zacatecana, se sintió dueño de la situación. Salió a las calles lanzando mueras a los soldados "invasores" y obligándolos a encerrarse en sus cuarteles. La exaltación creció, el pueblo asumió la iniciativa, los comerciantes organizaron una pequeña guardia para evitar desórdenes y cuidar la cárcel. El gobierno zacatecano, que no podía permanecer indiferente, dispuso que la ciudad fuera nuevamente ocupada, sometida por la fuerza si era necesario. Pero la multitud no se resignó: dejó a los soldados el mando de los cuarteles y se apoderó de plazas y calles. Por doquier se veía a parroquianos armados de piedras, palos y puñales, desafiando a la tropa. Se trabaron pequeños combates, advirtiéndose tumultos por todos lados. Las mujeres tomaron parte activa en la resistencia y el pueblo en masa asumió una actitud hostil. Por las noches la exaltación era aún mayor. Parecía inminente un choque sangriento. Empero, no se permitió a la tropa disparar sus fusiles y una noche, a hora muy avanzada, se dispuso la evacuación de la plaza.
El gobierno federal advirtió por fin la gravedad de la situación. En México
los sucesos fueron ampliamente reseñados, diciéndose que las autoridades del
centro no se oponían a que Aguascalientes figurara como estado independiente,
siempre y cuando se valiera de las vías legales. Poco después llegó a Aguascalientes
el general Tomás Requena, sin armas ni soldados, dispuesto a negociar. Requena
prometió que la plaza no volvería a ser ocupada por la tropa zacatecana, pero
pidió a cambio que Aguascalientes aceptara pertenecer de derecho y
en forma momentánea a Zacatecas. La propuesta fue aceptada y en los primeros
días de enero de 1849 el licenciado Jesús Terán figuró como nuevo jefe político.
