Mientras eso sucedía en Zacatecas, el general Aquiles Bazaine ocupaba Aguascalientes y tenía la desfachatez de nombrar a Juan Chávez, el célebre bandido, encargado del mando político y militar del estado. Poco después fue remplazado por Cayetano Basave y Francisco Ruiz de Esparza, prefecto político el primero y alcalde de la ciudad de Aguascalientes el segundo.
Los liberales que se quedaron en el estado tuvieron oportunidad de seguir participando en la discusión de los asuntos públicos, sobre todo por el hecho de que, en materia de ideas, el imperio encabezado por Maximiliano alimentaba principios muy parecidos a los suyos. Antonio Cornejo y Trinidad Pedroza publicaron su periódico La Libertad de México y, cuando éste fue suspendido por la censura, lo sustituyeron con La Aurora de México.
A principios de 1866 Agustín R. González, Esteban Ávila, Miguel Guinchard, Jesús F. López, Diego Pérez Ortigosa y otros muchos liberales fueron tomados presos. Se les acusaba de conspirar contra el orden establecido y de fomentar entre la población el espíritu de insubordinación. Algunos fueron desterrados y otros, después de ser juzgados sumariamente por una corte marcial francesa, fueron condenados a la pena de muerte. Como se trataba de ciudadanos muy conocidos y, sobre todo, de una monstruosa injusticia, se logró que Maximiliano indultara a los condenados.
Estos años le enseñaron al país que, a pesar de las mayores desventuras, México contaba con una sólida identidad nacional. Ni siquiera la presencia de tropas extranjeras en el país y el control de las más importantes ciudades aseguró el éxito de la aventura imperial. Quienes apoyaron a Maximiliano, en México y en el extranjero, advirtieron que el país no estaba dispuesto a negociar ni a perder su soberanía, a pesar de que el Habsburgo encabezó el espurio imperio por invitación de un grupo de conservadores mexicanos.
Podemos decir que en Aguascalientes el imperio feneció en diciembre de 1866, con la ocupación de la capital por las tropas encabezadas por el general zacatecano Trinidad García de la Cadena. De manera provisional, el coronel Jesús Gómez Portugal se hizo cargo de la gubernatura, ofreció la pronta celebración de elecciones democráticas y le pidió a la gente que, habiendo concluido la guerra, regresara a sus casas y se pusiera de nuevo a trabajar.
En esos momentos de triunfo todos estaban dominados por el entusiasmo y la certidumbre de que se abría para el país una época de prosperidad material y de pacífico desarrollo político y social. Una de las primeras medidas que se tomaron fue la creación de una Junta de Instrucción Pública, en la que figuraba el doctor Ignacio T. Chávez, un personaje que con el paso del tiempo adquiriría gran importancia.
El 15 de enero de 1867 fue inaugurada de manera solemne la Escuela de Agricultura, que después se convirtió en Instituto de Ciencias y que fue el embrión de lo que hoy es la Universidad Autónoma de Aguascalientes. Es muy revelador el hecho de que, a pesar de que la guerra contra los franceses aún no terminaba, el gobierno del estado tomara esta clase de medidas. Ello pone de manifiesto la rapidez con la que se procuraba enfrentar los problemas y la fe que se tenía en la instrucción pública, de la cual se esperaban en un futuro cercano toda clase de bienes.
