En abril de 1860, luego de otros muchos cambios, se consumó el triunfo de los liberales. En Aguascalientes el partido triunfante se escindió en dos bandos: el de los rojos o radicales, que era capitaneado por Esteban Ávila y que en materia de ideas se decía seguidor de Voltaire, Rousseau y algunos otros publicistas franceses, y el de los moderados, cuyo jefe era Pablo N. Chávez.
Esteban Ávila, el gobernador, era el más exaltado de los liberales y el más aguerrido defensor del ideario reformista. Sus partidarios se agruparon en el Club de la Reforma, en el cual se discutió la necesidad de promulgar reformas radicales, que terminaran de una vez por todas con la hegemonía de la Iglesia y el inmenso poder de los latifundistas.
A fines de 1860, con motivo de la elección de nuevos diputados, las divisiones entre radicales y moderados se ahondaron. De la pugna salieron mejor librados los primeros, los cuales controlaban el Congreso. Para la difusión de sus ideas contaban con El Porvenir, que era el periódico oficial del gobierno, mientras que los moderados imprimían otro periódico que se llamaba Las Protestas.
La expedición de una ambiciosa ley agraria, cuya puesta en práctica hubiera implicado la desaparición de todas las grandes propiedades rústicas, marcó el declive de la popularidad del gobernador Esteban Ávila. La ley fue considerada un ataque al derecho de propiedad, que garantizaba la Constitución, y cuya defensa aconsejaba el sentido común.
En octubre de 1861 la noticia de que los ejércitos de Gran Bretaña, España y Francia habían desembarcado en Veracruz facilitó de nuevo la reunión de la familia liberal. Ávila empuñó con firmeza las riendas del gobierno y se propuso organizar las tropas que habrían de defender el territorio nacional. En febrero de 1862, al frente de un ejército no muy bien armado ni entrenado, pero poseído del mayor entusiasmo, abandonó el estado. Se dice que las intrigas de sus enemigos le impidieron enfrentarse a los invasores, ordenándosele a cambio que persiguiera partidas de bandoleros.
A su regreso a Aguascalientes fue poco lo que pudo hacer. Lo sustituyó en el gobierno Ponciano Arriaga, quien trató en balde que la beligerante familia liberal se reuniera de nuevo. Se publicitó por entonces un escrito en el que 51 ciudadanos pedían a los diputados que renunciasen a su cargo o que cediesen su sueldo "para las atenciones de la guerra". El presidente de la diputación permanente consideró que los autores de tal demanda eran "enemigos de la paz pública".
Por indicaciones de la Secretaría de Relaciones Exteriores y Gobernación, Ponciano Arriaga convocó a nuevas elecciones las cuales se llevaron a cabo el 19 de octubre de 1862 resultando triunfador José María Chávez.
Chávez, un artesano muy honrado y trabajador, se hizo cargo del gobierno en el menos propicio de los momentos. No sólo tenía encima la inmensa encomienda de contribuir a la expulsión de los invasores franceses, sino que además se le pedía que promoviera la unidad política y el desarrollo económico de la entidad. Por si ello fuera poco, tenía que combatir numerosas gavillas de bandoleros, que encontraban en el desorden reinante múltiples oportunidades de enriquecerse. El más temible de esos bandidos fue Juan Chávez, que durante una de sus incursiones incendió el Parián y saqueó sus tiendas.
En diciembre de 1863, al frente de un reducido ejército, José María Chávez tuvo que abandonar el estado. Poco después, a fines de marzo de 1864, ordenaría el asalto de la hacienda de Malpaso, en Zacatecas, con la esperanza de obtener un pequeño triunfo sobre los franceses. Se retiró a Jerez, en donde fue sorprendido. En el combate que se trabó resultaron muertos más de 30 patriotas aguascalentenses, mientras que Chávez, herido, fue tomado prisionero y luego juzgado sumariamente. Junto con otros ocho oficiales de su ejército fue fusilado el 5 de abril de 1864, en la hacienda de Malpaso.
