Con motivo de las elecciones federales que se llevaron a cabo en julio de 1871, la actividad política cobró nueva animación. El gobernador Gómez Portugal contrajo serios compromisos con el ministro Sebastián Lerdo de Tejada, quien presentó su candidatura a la presidencia, en oposición a la de Benito Juárez. El triunfo de este último, sin embargo, le complicó mucho las cosas al gobernador, quien se vio obligado a reconocer los triunfos de la oposición y a solicitar ante el Congreso una licencia de dos meses.
A principios de agosto de 1871 Ignacio T. Chávez se hizo cargo de la gubernatura. En las elecciones a las que de inmediato convocó, sus partidarios obtuvieron un triunfo completo. Carlos Barrón, un hacendado muy rico, resultó electo gobernador del estado.
En total desacuerdo con el nuevo orden de cosas, el coronel Gómez Portugal intentó recuperar la gubernatura. No se valió para ello de los medios señalados por la ley, sino de presiones que se tradujeron para él en un descrédito todavía mayor. Desesperado, se presentó en palacio el 13 de septiembre de 1871 y exigió, montado en su caballo y rodeado de una partida de hombres armados, que se le reinstalase en su cargo. Al final de cuentas, lo único que logró fue protagonizar un gran escándalo, alarmar al vecindario y consolidar su fama de hombre violento.
El día primero de diciembre de 1871, mientras Benito Juárez reasumía la presidencia de la república, Carlos Barrón protestaba como gobernador del estado. En muchas regiones del país reinaba la intranquilidad: en Oaxaca Porfirio Díaz se hallaba alzado en armas contra el gobierno bajo la bandera del Plan de la Noria; en Zacatecas el general Trinidad García de la Cadena le seguía los pasos y en Aguascalientes el coronel Gómez Portugal no dejaba de causar problemas. Barrón, que al parecer no era el hombre enérgico y valiente que las circunstancias recomendaban, pidió un permiso y dejó la gubernatura en manos de Rodrigo Rincón, que venía desempeñando el cargo de jefe político del partido de la capital.
Las fuerzas de García de la Cadena ocuparon la ciudad el 25 de diciembre, obligando a las tropas leales al gobierno a parapetarse en las torres de La Parroquia y La Merced, desde donde ofrecieron resistencia. Todo el día hubo combates en las calles más céntricas de la ciudad. Los rebeldes llegaron a ocupar incluso el templo de La Merced, de donde fueron desalojados en la tarde, optando pocas horas después por una retirada no del todo ordenada.
Ante la renuncia definitiva de Barrón a la gubernatura fue necesario convocar a nuevas elecciones, en las que resultó triunfador el doctor Ignacio T. Chávez. El día primero de julio de 1872 tomó posesión del cargo, iniciándose entonces un periodo de relativa tranquilidad, que contrasta vivamente con los sobresaltos y tumultos de los años anteriores. Ni siquiera la sorpresiva muerte del presidente Juárez, que tuvo lugar el 18 de julio de 1872 y que le permitió a Lerdo de Tejada asumir la primera magistratura de la nación, turbó esa tranquilidad.
La administración encabezada por Chávez procuró de manera sincera promover el desarrollo regional y conservar la paz. Se suprimieron algunos impuestos, se alentó la modernización de la agricultura, se crearon algunas empresas con el fin de explotar de nuevo las minas de Asientos y se levantó un bordo en un paraje muy cercano a la capital del estado.
Los resultados de estos esfuerzos fueron bastante pobres. Tantos años de guerra y desasosiego habían sumido al país en una profunda depresión, de la cual costaría mucho sacarlo. Se carecía de vías de comunicación modernas, escaseaban los capitales, en las fábricas se hacía uso de técnicas muy viejas y subsistían muchas leyes y costumbres que obstruían el desarrollo económico. Las alcabalas, por ejemplo, que eran un impuesto que afectaba el tráfico de mercancías entre los estados, obstruía el comercio y propiciaba muchas prácticas ilegales.
El primero de diciembre de 1875 tomó posesión de la gubernatura Rodrigo Rincón Gallardo, quien pronto tuvo que hacer frente a los partidarios locales de Porfirio Díaz, que de nuevo se había levantado en armas, esta vez bajo la bandera del Plan de Tuxtepec. El panorama se complicó a lo largo del año siguiente, pues algunos personajes de la localidad empezaron a trabajar de manera casi abierta en favor de los alzados. Francisco G. Hornedo, por ejemplo, se carteaba con el general García de la Cadena y animaba con los medios a su alcance a los partidarios de la revolución.
Las diferencias entre Lerdo de Tejada, que fue declarado reelecto para un nuevo periodo presidencial, y José María Iglesias, que declaró nulas las elecciones y se negó a seguir desempeñando su cargo de presidente de la Suprema Corte de Justicia, se tradujeron para el gobierno en una complicación adicional.
El 16 de noviembre fueron derrotados en Tecoac, cerca de Puebla, las tropas adictas al gobierno. El día 20 Lerdo abandonó la capital de la república y el 23 Díaz hizo en ella su triunfal entrada. En Aguascalientes ello implicó el fracaso de las últimas maniobras del gobernador Rincón, quien renunció al cargo. El 25 de diciembre la capital del estado fue ocupada por los ejércitos porfiristas y casi de inmediato Hornedo fue nombrado gobernador y comandante militar del estado.
Este episodio marcó el término de la República Restaurada y el inicio de una época compleja y contradictoria, que se identificaría de manera muy profunda con la personalidad del general Porfirio Díaz. Arribaría con ella el añorado progreso material, pero en el camino se sacrificaron los derechos políticos y sociales.
