El régimen político colonial tenía la virtud de resolver las divergencias entre grupos y sectores políticos y económicos en el marco de la estructura política, es decir, sin llegar a la violencia. Al nacer el nuevo país la estructura colonial fue destruida y hubo necesidad de edificar una nueva estructura política capaz de mantener unida a la nación y de preservar el orden público. Como ya se ha visto, ese proceso se caracterizó por las grandes divisiones y enfrentamientos que expresaban precisamente el desacuerdo de los diversos grupos políticos sobre cómo organizar al nuevo país. Si la destitución del emperador Iturbide en 1822 había sido pacífica, y si el ascenso de Bustamante en 1829 había provocado pequeños encuentros armados, la instauración de la república centralista en 1835 había provocado mucha más violencia armada. En Sonora, Coahuila, Zacatecas y Tamaulipas se sucederían los enfrentamientos, y en la última entidad incluso surgieron grupos que propugnaban la creación de una nueva república, la del Río Grande. Yucatán se separó del país entre 1839 y 1848. El centralismo intentaba concentrar las decisiones políticas fundamentales en el gobierno general, lo que significaba limitar grandemente el espacio político creado en torno a los gobiernos y congresos estatales. Tal espacio, como se dijo, había dado entrada por primera vez a las élites regionales al poder. Esas élites fueron las que se opusieron firmemente a la instauración centralista.
Si se compara con lugares como Sonora y Coahuila, puede decirse que en Chihuahua el establecimiento del centralismo no provocó grandes divisiones ni enfrentamientos. Los políticos chihuahuenses mostraban una gran obediencia al gobierno general y hasta presumían de ello. Sin embargo, la división surgiría en 1843, en ocasión de un intento del gobierno general de imponer a sus simpatizantes en el gobierno local para acrecentar el dominio de los militares santanistas.
A fines de 1842 el gobierno general ordenó la remoción de Francisco García Conde, quien había hecho un buen papel como gobernante, en especial en la pacificación de los nómadas. Por esa razón, cuando se supo la noticia de su remoción, los vecinos principales de Chihuahua pidieron al supremo gobierno que rectificara su decisión. Pero el gobierno general no escuchó la voz local y nombró como nuevo gobernador y comandante militar a un general originario de la ciudad de México, José Mariano Monterde.
En junio de 1843 el gobierno centralista expidió las Bases Orgánicas, elaboradas por una asamblea nacional legislativa, cuyo fin era reorganizar la estructura gubernamental del país. Estas disposiciones no alteraban la facultad presidencial de nombrar a los gobernadores de los departamentos, pero sí introducían la modificación importante de que la asamblea departamental tendría facultades legislativas más amplias que las de la junta departamental, figura existente desde 1836. En octubre de 1843, en ocasión de las elecciones para diputados de la asamblea departamental, Monterde intentó manipular el procedimiento para favorecer a sus simpatizantes.
La reacción no se hizo esperar. Encabezados por un rico e influyente personaje de la ciudad de Chihuahua, Ángel Trías, a la sazón senador por el estado, varios grupos se opusieron a las maniobras del gobernador Monterde. Denunciaron los vicios electorales y lograron que el Congreso General declarara nulas las elecciones, que tuvieron que repetirse. La respuesta de Monterde fue violenta. Confiado en el creciente poderío de los militares en el gobierno general, Monterde aprehendió al senador Trías y más tarde lo desterró de Chihuahua. El año de 1844 transcurrió en medio de un enfrentamiento creciente entre el grupo de Trías y el grupo de Monterde. En enero de 1845, poco después de que en la ciudad de México los opositores de Santa Anna habían derrocado al pelele presidente Canalizo, Monterde fue removido. A pesar de su salida, el ex gobernador logró dejar en su lugar a Luis Zuloaga, hermano mayor de Félix, miembros de una familia sonorense radicada en Chihuahua desde tiempo atrás. El grupo de Trías, que ya se denominaba a sí mismo "liberal", mantuvo su oposición al pelele de Monterde. Desgastada la negociación política, los liberales optaron por las armas. Con una buena organización y con gran apoyo en diversas zonas del departamento, las tropas liberales sitiaron la ciudad capital en los primeros días de junio. Sin apoyo militar, pues el comandante militar había abandonado poco antes la ciudad, el gobernador Zuloaga se vio obligado a renunciar. Esta violenta negociación política era cosa inédita en la breve historia estatal.
En agosto de 1845, a los 36 años, el ya general Ángel Trías asumía por primera vez el cargo de gobernador, en medio de la algarabía de ricos y pobres de Chihuahua. Tenía una larga carrera política en el ayuntamiento de Chihuahua y también en las fuerzas locales que combatían a los apaches, lo que le había valido el ascenso en el escalafón militar. Había estudiado en Europa, dominaba siete idiomas e incluso había sido amigo del barón de Humboldt. Sus negocios eran el comercio y la ganadería; era arrendatario de las haciendas de Encinillas y el Sauz, propiedad de la familia Cossío. Junto con sus partidarios, muchos de ellos funcionarios y burócratas locales, abogados y empleados, Trías logró expulsar del gobierno local al grupo político que prefería los intereses centralistas. Pero era la primera gran división política de las élites chihuahuenses, en este caso con una gran participación popular, por lo menos en la ciudad de Chihuahua.
Trías no duró mucho en el gobierno local. Ante el ascenso del general Mariano Paredes y Arrillaga a la presidencia, hecho que logró al derrocar a José Joaquín Herrera en diciembre de 1845, Trías prefirió renunciar antes que reconocer al nuevo mandatario. La caída de Paredes y Arrillaga en agosto de 1846 marcó el final del centralismo, pues sus sucesores restablecieron la Constitución Federal de 1824. Entonces Trías volvió al poder local como gobernador constitucional para el periodo 1847-1849.
Al grupo político de Trías le correspondió enfrentar la guerra contra los Estados Unidos a partir de 1846. Sin gran ayuda del gobierno central, lo que obligó a Trías a gastar parte de su fortuna en la compra de pertrechos militares, las fuerzas chihuahuenses enfrentaron a las tropas invasoras en Temascalitos, no muy lejos de Paso del Norte, el 25 de diciembre de 1846; en febrero siguiente tuvo lugar la batalla de Sacramento. En ambas batallas los mexicanos fueron derrotados con facilidad por las tropas norteamericanas, al mando del coronel Doniphan. La desorganización y falta de armamento de las tropas locales tenía el costo de la derrota. Los invasores ocuparon la capital el 2 de marzo y el gobierno local tuvo que refugiarse en Parral y más tarde en Guadalupe y Calvo. Sin embargo, las tropas extranjeras abandonaron el estado a mediados de mayo con rumbo a Coahuila, lo que permitió al gobierno retornar a la capital. Eso dio un respiro a los chihuahuenses, mas no a los combatientes de otras regiones del país: el 14 de septiembre de 1847 las tropas norteamericanas tomaban la ciudad de México.
Sin embargo, la pesadilla no terminaba. A pesar de que el 2 de febrero de 1848 se firmó el Tratado de Guadalupe Hidalgo, que dio fin a la guerra, tropas norteamericanas comandadas por el brigadier Price cruzaron la frontera de Nuevo México e invadieron de nueva cuenta el estado. El 8 de marzo ocuparon la capital; el gobernador Trías decidió retirarse hacia el sur, hacia Rosales. El 16 de marzo los norteamericanos iniciaron sus ataques sobre esta plaza. Los chihuahuenses resistieron dos días, hasta que agotaron las municiones. Trías, Justiniani y otros jefes y oficiales fueron capturados. Los norteamericanos permanecieron en Rosales hasta el 9 de julio; el 24 de ese mismo mes abandonaron la ciudad de Chihuahua. A principios de agosto concluía la segunda invasión norteamericana. Así terminaba esta nueva clase de guerra por el territorio.
En el Tratado de Guadalupe Hidalgo se establecía la nueva frontera entre los dos países: México cedía el vasto territorio formado por la Alta California y Nuevo México y reconocía plenamente la incorporación de Texas a la Unión Americana. México recibía, a cambio, 15 millones de pesos. Con el triunfo norteamericano se hizo realidad lo que algunos habían previsto desde fines del siglo XVIII, es decir, que si el septentrión novohispano o mexicano no lograba poblarse y desarrollar una economía estable (agrícola), el territorio sería usurpado por los norteamericanos, un país que casi desde el momento de su nacimiento (1776) consideró como cosa natural su expansión territorial a costa de las posesiones mexicanas e inglesas (Canadá). Los mexicanos sabían que las ideas sobre el "Destino Manifiesto" norteamericano no tenían nada de fantasía.
Después de la guerra el pesimismo cundió a lo largo de la república, y más todavía por el estallido de la llamada "guerra de castas" en Yucatán y en la Sierra Gorda, en Querétaro. Además, el norte mexicano entero se vio envuelto en una creciente violencia, propiciada por la intensificación de los ataques de los nómadas, sabedores sin duda de la difícil situación mexicana. Además, el cambio de la frontera permitió a los nómadas atacar en México y huir hacia los Estados Unidos. En el Tratado de Guadalupe Hidalgo, en la cláusula 11, se había establecido el compromiso de los Estados Unidos de evitar el paso de los nómadas hacia México y que, en caso de daños, pagaría indemnizaciones.
Para colmo, una epidemia de cólera-morbus azotó Chihuahua en 1849, causando unas seis mil muertes en el estado. Uno de los muertos fue el general Francisco García Conde. Esta epidemia fue más grave que la de 1833. Como remate, los años de 1849 a 1851 serían sumamente secos, lo que hizo escasear las cosechas y elevar los precios de los alimentos. Ni la aparición del primer fotógrafo en la ciudad de Chihuahua, el francés Frazier en octubre de 1851, alcanzó a compensar el cúmulo de malas noticias. Ahora cabe preguntarse cómo sobrevivió el país en esos años de enorme crisis.
