Con lentitud y grandes dificultades pudo Manzanillo consolidarse a partir de la segunda mitad del siglo XIX. A partir de 1854, empezaron a arribar los vapores de las líneas Nicaragua e Independiente, haciendo escala tanto de ida como de regreso entre San Francisco y San Juan del Sur y Panamá, cuando logró el permiso del gobierno Guillermo Foster, estadunidense casado con una mexicana y residente en Manzanillo. También fue factor de su desarrollo el establecimiento de las firmas prusianas de Bernhard Oetling y Teodoro Kunhardt, en un principio, a las que siguieron más tarde otras, las cuales, en paralelo a actividades comerciales plenamente legales, supieron beneficiarse del contrabando, sobre todo cuando la guerra se generalizó en el país.
En efecto más de un año después de que se proclamara el Plan de Ayutla llegaron a Colima las fuerzas liberales con Ignacio Comonfort a la cabeza el 29 de julio de 1855; la plaza se rindió de inmediato. Comonfort dirigió una proclama al pueblo de Colima expresando su deseo de que los ciudadanos se acercaran a él "como un padre diligente que anhela vuestro bienestar".
Después de reunirse con algunos vecinos, mediante decreto, Comonfort nombró por jefe político a Manuel Álvarez y erigió una Junta Constituyente, integrada por Ramón R. de la Vega —que resucitaba a la vida política—, Liberato Maldonado, Carlos María Saavedra, Francisco Vaca y Anselmo Cano —estos tres últimos ostentaban el título de licenciados—. Aquella junta se dedicó a elaborar el Estatuto Orgánico del Territorio, con la asesoría de Santos Degollado, quien acompañaba a Comonfort. A este decreto siguieron otros actos de gobierno: el 3 de agosto, el general Comonfort dio cumplimiento al despacho que, con fecha de 15 de julio pasado, había girado Juan Álvarez desde su cuartel de Texca, confiriendo el grado de general de brigada del Ejército Nacional al ciudadano Manuel Álvarez; el 9 de agosto se dio a conocer el anunciado Estatuto "para que os gobernéis por vosotros mismos", como diría el propio Comonfort en un mensaje de despedida a los habitantes de Colima antes de partir con el grueso de su tropa hacia Guadalajara. También dispuso "un plan de hacienda equitativo" con "los decretos y disposiciones bastantes a libertaros de las alcabalas y otros impuestos odiosos", publicó "la alza de prohibiciones y baja de derechos conforme al arancel Ceballos" y facilitó el comercio regional con "la clausura de la aduana terrestre y derogación de peages", además de dejar "en posesión y en ejercicio pleno de sus funciones [a] todas las autoridades".
Aquellas semanas de convivencia entre las fuerzas liberales y el vecindario de Colima, sin duda tuvieron efectos saludables en forma inmediata. En sus palabras de despedida, Comonfort había insistido en que "si antes de ahora hubo divisiones y banderías que mantuviesen el monstruo de la discordia entre vosotros, de hoy en más, deben desaparecer". No desaparecieron por completo las diferencias, pero sí amainaron al ser incorporados a la vida política local hombres como Ramón R. de la Vega. Por otra parte, aún no se exacerbaba el conflicto de conciencia que años después provocaría hondas divisiones. Es más, en el territorio de Colima el radicalismo no era precisamente una tónica. Lo mismo que sucedió décadas atrás cuando la lucha insurgente, en Colima se apostaba siempre al ganador de turno. Ahora era la revolución, y con ella se fueron autoridades y ciudadanos. Como se festejaron en su día el triunfo de Iturbide, su proclamación imperial y su derrumbe, también ahora se hicieron grandes celebraciones al conocerse en Colima la noticia de la partida al exilio de Santa Anna y el pronunciamiento de la guarnición militar de México en favor del ejército restaurador de la libertad.
Además, el general Manuel Álvarez, al frente de la jefatura política, tuvo suficiente tacto y olfato políticos, a la vez que supo granjearse el afecto del pueblo con su generosidad para con los desvalidos y su desprendimiento para cubrir con su sueldo de jefe político e incluso con sus propios caudales obras de interés público.
A fines de octubre o principios de noviembre de aquel mismo año de 1855 se recibió la convocatoria expedida el 17 de octubre para integrar el Congreso Constituyente. El territorio de Colima tenía el derecho de elegir un diputado propietario y su suplente. El 22 de diciembre se instaló el colegio electoral con su presidente —Antonio Brizuela— y tres escrutadores —Joaquín Campos, Sixto de la Vega y Miguel de la Madrid—, además de 18 electores. Sin embargo el 5 de enero de 1856, víspera de la elección, hubo cambios en la mesa directiva, lo que causó algunos sinsabores. Salía de ella Brizuela y entraba a formar parte de la misma Ramón R. de la Vega. También hubo algunos desacuerdos en el curso de la elección celebrada en el Ayuntamiento de Colima el 6 de enero. Sea lo que fuere, los electos resultaron, como propietario, Juan Bautista Ceballos, y suplente, Antonio Brizuela.
En efecto, Colima pretendía ser reconocido como estado libre y soberano, y necesitaba alguien diestro en la lid. Juan Bautista Ceballos había nacido en Durango en 1811, titulándose de abogado en México. Con una rápida carrera había llegado a ser ministro del Supremo Tribunal de Justicia de Michoacán, gobernador de su estado natal, diputado y senador por el mismo, magistrado y presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación y por último, presidente de la República (del 6 de enero al 8 de febrero de 1853). Entre sus actos de gobierno más notorios está el famoso arancel que llevó su apellido. Además, en 1845 había venido a esta ciudad con motivo de un asunto judicial.
Por fin, en 1857, la nueva Constitución proclamada en Querétaro otorgaba a Colima su ansiado sueño: ser estado libre y soberano de la federación. Para entonces, tras una secular lucha con los intereses de Michoacán y Jalisco, se había visto, poco a poco, reducido a estrechos límites territoriales. La marginalidad seguía viva y operante, y los recursos para su desarrollo eran escasos, sobre todo porque estaba estrangulado por una endémica debilidad: la falta de vías de comunicación que facilitaran el tráfico de las mercancías que pudieran entrar o salir del puerto de Manzanillo, así como sus productos agrícolas.
Tarea de Manuel Álvarez fue crear las estructuras de la nueva entidad federativa junto con la clase política local: Higinio Álvarez, Anselmo Cano, José María Cárdenas, Miguel Escoto, Sebastián Fajardo, Miguel de la Madrid, Liberato Maldonado, Ricardo Palacio, Francisco G. Palencia, Gaspar Antonio Rocha, Antonio Rodríguez, Carlos María Saavedra, Juan Manuel Salazar, Antonio M. Solórzano, Francisco Vaca, Ramón R. de la Vega y Sixto de la Vega, entre otros, ocuparon los puestos públicos una vez que se celebraron las elecciones para gobernador y diputados constituyentes el 21 de junio.
