El 19 de julio quedaron instalados los poderes Ejecutivo y Legislativo, en solemne ceremonia que tuvo lugar en el Ayuntamiento. Manuel Álvarez, primer gobernador constitucional, dirigió unas palabras al respetable destacando "la dicha inmensa que se ha derramado sobre el territorio de Colima", al ser modificado "nuestro ser político" y sustraerse "de la dependencia absoluta a que fuimos condenados por mucho tiempo". Y agregó: "El Estado de Colima, rico por su agricultura, por su comercio y por esos mares que se azotan en sus deliciosas playas, lo será aún más por su independencia". También Ramón R. de la Vega, presidente del Congreso del Estado, tuvo su parlamento: "al Congreso Constituyente de 1857 debemos el inmenso bien de nuestra independencia local". A continuación, abierto el primer periodo de las sesiones ordinarias, los diputados aprobaron por unanimidad el dictamen que declaraba gobernador electo al general Álvarez, quien volvió a dirigirse a la concurrencia: "Mi gratitud será eterna y sacrificaré gustoso mi existencia, si es necesario para la felicidad pública". Para terminar, dijo: "He puesto a Dios por testigo de que cumpliré con mi deber. Mi juramento no será en vano, pues sé que me obligo delante del cielo y delante de los representantes del pueblo".
El 26 de agosto siguiente, "justamente en el día en que concluyeron los debates de la carta fundamental", como dijera Ramón R. de la Vega, estalló una asonada que encabezaron los capitanes Mariano Véjar y José G. Rubio. Al ser informado, el gobernador armó a algunos hombres y al frente de ellos se encaminó hacia donde estaban los amotinados. Los soldados y paisanos que seguían al general lo dejaron solo, pero él siguió adelante creyendo que podría aquietar a los revoltosos, que se hallaban en los portales de la Plaza Mayor, "pero inmediatamente una bala le atravesó el pecho y cayó sin rastro de vida". Según testimonio de Mariano de la Madrid, quien durante muchos años ocupó la jefatura política de Colima, "a Álvarez le dieron un balazo en el corazón y una puñalada en el pulmón derecho".
Allí, en silencio total y bajo la lluvia, frente a los arcos del Portal Medellín y a los pies de la parroquia, quedó por horas tendido el cadáver de don Manuel Álvarez, el primer gobernador del estado de Colima.
El 7 de septiembre llegaron a Colima procedentes de Guadalajara fuerzas militares al mando del general José Silverio Nuñez, quien de inmediato declaró la capital en estado de sitio. Designado desde México gobernador provisional, el 16 de octubre promulgaba la primera Constitución Política del Estado.
Poco había durado la experiencia de la autonomía que por tanto tiempo se buscó. Ramón R. de la Vega, refiriéndose a estos hechos, dijo: "La maldad y la envidia quiso que pagáramos bien cara nuestra independencia local, y a semejanza de los antiguos, hemos sacrificado en un gran día una joya inestimable".
