De la Vega no pudo hacer más debido a las nuevas circunstancias que pesaban sobre la nación. En efecto, el 6 de enero de 1864, los franceses ocupaban Guadalajara y eran una amenaza para Colima. El 10 de enero, el gobernador Ramón R. de la Vega declaró a Colima en estado de sitio y entregó el gobierno al coronel Julio García. Juárez se vio obligado a designar a José María Arteaga comandante supremo del Ejército del Centro, en sustitución de José López Uraga quien se había pasado al campo contrario.
Una vez más la región se habría de convertir en campo de batalla. Desde Guadalajara, el general Félix Carlos Douay salió el 15 de octubre hacia Colima para encontrarse con las fuerzas de Arteaga en las barrancas de Atenquique, forzándolo a dirigirse hacia Autlán. Desde Zamora, el general Leonardo Márquez hacía lo mismo llegando sin impedimento alguno a Colima el 2 de noviembre, ciudad que había evacuado Julio García.
Los restos del ejército republicano de Julio García se unieron entonces con partidas de guerrilleros que operaban en algunas comarcas aledañas al estado de Colima, entre ellas, las de Antonio Rojas, Simón Gutiérrez, Antonio Neri y Rochín. Amparados en el convenio de Zacate Grullo —según el cual quienes se mostrasen indiferentes a la defensa de la nación serían considerados enemigos y pasados por las armas, que los pueblos que no acogieran a las fuerzas republicanas habrían de ser incendiados y sus habitantes enrolados como soldados rasos— decidieron lanzarse sobre Colima. Era una masa informe y desorganizada: "mezclados entre los cuerpos iban las mulas cargadas con los equipajes, los caballos de mano y las mujeres, lo cual hacía que cada escuadrón o batallón ocupara media legua. No había ni piezas de artillería ni carros [...] Cien hombres bien disciplinados eran más que bastantes para derrotarla".
Las noticias sobre sus saqueos y los incendios de ranchos y haciendas llegaban a Colima aterrorizando a la población. El 28 de diciembre de 1864 acamparon a la vista de la ciudad. Al día siguiente, a marchas forzadas desde Manzanillo, a donde había llevado una conducta, regresó Oronoz con su guarnición y atacó al campamento republicano. La lucha tuvo como escenario el río de Colima y las huertas aledañas. A pesar del gran número de hombres que constituían el ejército republicano, fueron desalojados.
